多量体蛋白質の接触面二次構造による分類とデータベース公開

• 研究課題/領域番号: 15K00409
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 創価大学
• 研究代表者: 藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2017年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円); 2016年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円); 2015年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
• キーワード: 蛋白質複合体 / 相互作用面 / 二次構造 / 分類 / 蛋白質-蛋白質相互作用面 / 蛋白質間接触面 / データベース / 蛋白質複合体座標データ

研究成果の概要

生命現象に関する研究では、多量体タンパク質の立体構造データの利用は非常に有効である。本研究では、蛋白質複合体の接触面のアミノ酸が属する構造を3種類にわけて、2つの接触面の間で接触している構造ペアの調査を行った。また、接触面全体の構造ペアの割合を6桁の数値として表現することで、複合体の分類を行うことができた。さらに、これらの分類情報を、WEBサイトOLIGAMIにて閲覧できるように開発を行った。これにより、蛋白質全体の構造の特徴と接触面の特徴の両面から検索を行えるようになった。

研究成果

• [学会発表] 二次構造に基づいた蛋白・蛋白相互作用面の階層的分類 (2017)
  • 著者名/発表者名: 藤井 貴志、藤原 和夫、池口 雅道
  • 学会等名: 日本生物物理学会
• [学会発表] 蛋白質複合体データベース：OLIGAMI (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤原和夫、池口雅道
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2016
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2016-10-05
• [学会発表] 蛋白質複合体データベースOLIGAMIの改良 (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤原和夫、池口雅道
  • 学会等名: 日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 2016-06-07
• [備考] OLIGAMI
• [備考] OLIGAMI
  • URL: http://protein.t.soka.ac.jp/oligami/