| 研究課題/領域番号 |
15K00410
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 金城学院大学 |
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研究代表者 |
中川 節子 金城学院大学, 生活環境学部, 教授 (50050711)
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| 連携研究者 |
Marian Christel M. Heinrich Heine University, Institute of Theoretical and Computational Chemistry, 教授
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| 研究協力者 |
Weingart Oliver Heinrich Heine University, Institute of Theoretical and Computational Chemistry, 研究員
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2017年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2016年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2015年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
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| キーワード | 分極力場 / 分極率 / 誘起双極子 / 点電荷 / 核酸 / ブロック分子 / ブロックモデル / DNA |
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| 研究成果の概要 |
分子動力学シミュレーションは、タンパク質・核酸など生体高分子の動的構造を研究する上で有力な方法である。生体系のように多数の電荷をもつ不均一な系では、分極効果を取り入れた分極力場を使用して計算精度を上げる必要があると考えられる。しかし、DNAのようにリン酸イオンを多数含む系では、原子上の電荷と分極率を切り離して設定することが難しいので、高い精度を持つ分極力場を構築することができていない。そこで、電荷と分極率をブロック単位で求め、DNAに適応可能な実践的な方法を提案した。A、B、Z型のトリヌクレオチド二本鎖を用いて検証し、十分な精度を持つ分極ブロックモデルポテンシャルを開発した。
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