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弱結合条件下の荷電タンパク質間実効相互作用と相挙動における溶媒分子の役割

研究課題

研究課題/領域番号 15K05249
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
研究機関九州大学

研究代表者

秋山 良  九州大学, 理学研究院, 准教授 (60363347)

研究分担者 吉森 明  新潟大学, 自然科学系, 教授 (90260588)
徳永 健  工学院大学, 教育推進機構(公私立大学の部局等), 准教授 (30467873)
研究協力者 末松 安由美  
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード電解質溶液 / 荷電タンパク質溶液 / 液体の積分方程式理論 / 実効相互作用 / DLVO理論 / シミュレーション / コロイド分散系 / サンプリング方法 / 荷電巨大分子 / 分子シミュレーション / 電気二重層斥力 / クーロン系 / 相挙動 / 溶媒の粒子性 / 積分方程式理論 / 粗視化シミュレーション / 平衡クラスター
研究成果の概要

電解質溶液中における同符号荷電巨大分子間の実効相互作用は、ポアソンーボルツマン方程式やその線形化した場合のデバイーヒュッケル理論の解を用いて、ある程度調べられている。液体の積分方程式理論を用いて、デバイーヒュッケル理論で用いられた近似が不十分になる条件で(Intermediate領域で)同符号荷電巨大分子間の実効相互作用を求めた。イオン強度が同じでも共イオンの価数が異なれば距離性に違いが出ることがわかった。これは上記のデバイーヒュッケル領域での結果と定性的に異なる。また、この結果は実験結果と定性的には対応している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

学術的な意義として、クーロン相互作用よりも熱エネルギーが優勢な条件で、イオンの粒子性や価数を考慮した場合の同符号巨大荷電分子間実効相互作用の計算が行われたことが大きい。これまで、クーロン相互作用が十分に優勢な真逆とも言える条件で計算を行ってきたが、そこから従来よく理解されているデバイーヒュッケル理論が妥当な領域までの間を繋げられたことに意義がある。また共イオンの排斥が起きていると思われる結果は興味深い点になり、今回の計算結果を軸にした分子シミュレーションなどが期待される。また、凝集のためのサンプリング法が見えてきたので、相挙動研究の足がかりをつかめた事も大きな収穫である。

報告書

(5件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (55件)

すべて 2018 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (46件) (うち国際学会 12件、 招待講演 9件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Effective potential between negatively charged patches on acidic proteins immersed in various electrolyte solutions2018

    • 著者名/発表者名
      Suematsu Ayumi、Sawayama Takuto、Akiyama Ryo
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 149 号: 7 ページ: 074105-074105

    • DOI

      10.1063/1.5038912

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical approaches for dynamical ordering of biomolecular systems2018

    • 著者名/発表者名
      Okumura Hisashi、Higashi Masahiro、Yoshida Yuichiro、Sato Hirofumi、Akiyama Ryo
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta(BBA) - General Subjects

      巻: 1862 号: 2 ページ: 212-228

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.10.001

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Basic Cell Size Dependence of Displacement for a Solvation Motor in a Lennard-Jones Solvent2018

    • 著者名/発表者名
      Tokunaga Ken, Akiyama Ryo
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: 17 号: 1 ページ: 80-84

    • DOI

      10.2477/jccj.2018-0004

    • NAID

      130006555812

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stick boundary condition at large hard sphere arising from effective attraction in binary hard-sphere mixtures2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Yuka, Yoshimori Akira, Akiyama Ryo, Yamaguchi Tsuyoshi
    • 雑誌名

      THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS

      巻: 148 号: 12 ページ: 124502-124502

    • DOI

      10.1063/1.5025202

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electrostatic double-layer interaction between stacked charged bilayers2017

    • 著者名/発表者名
      Hishida Mafumi, Nomura Yoko, Akiyama Ryo, Yamamura Yasuhisa, Saito Kazuya
    • 雑誌名

      PHYSICAL REVIEW E

      巻: 96 号: 4 ページ: 040601-040601

    • DOI

      10.1103/physreve.96.040601

    • NAID

      120007134697

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isotactic poly(4-methyl-1-pentene) melt as a porous liquid: Reduction of compressibility due to penetration of pressure medium2017

    • 著者名/発表者名
      Chiba Ayano、Inui Masanori、Kajihara Yukio、Fuchizaki Kazuhiro、Akiyama Ryo
    • 雑誌名

      THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS

      巻: 146 号: 19 ページ: 194503-194503

    • DOI

      10.1063/1.4983508

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of interactions between depletants in phase diagrams of binary hard-sphere systems2016

    • 著者名/発表者名
      A. Suematsu, A. Yoshimori and R. Akiyama
    • 雑誌名

      EPL (Europhysics Letters)

      巻: 116 号: 3 ページ: 38004-38004

    • DOI

      10.1209/0295-5075/116/38004

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 大きさの異なる粒子を含む剛体球系の動径分布関数2018

    • 著者名/発表者名
      中村有花, 荒井翔太, 秋山良, 吉森明, 木下正弘
    • 学会等名
      日本物理学会2018年秋季大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 剛体球の動径分布関数から計算する大きな粒子の拡散係数2018

    • 著者名/発表者名
      中村有花, 吉森明, 秋山良, 荒井翔太, 木下正弘
    • 学会等名
      日本物理学会2018年秋季大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 基礎セミナー2「生物物理に理論は必要か」2018

    • 著者名/発表者名
      吉森明
    • 学会等名
      第58回生物物理若手の会 夏の学校, ぼくらの生物物理の教科書
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多価カチオンを含む電解質中におけるタンパク質表面の負に帯電した酸素間の実行相互作用2018

    • 著者名/発表者名
      末松安由美、菱田真史、秋山良
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 溶媒の密度分布で決まる粒子表面の境界条件2018

    • 著者名/発表者名
      中村有花, 吉森明, 秋山良, 山口毅
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 荷電脂質膜が作る多重層ベシクルの表面電位2018

    • 著者名/発表者名
      菱田真史, 秋山良, 山村泰久, 齋藤一弥
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 荷電コロイド粒子の結晶化に影響する平均力ポテンシャルの斥力2018

    • 著者名/発表者名
      田村雄大, 末松安由美, 吉森明, 秋山良
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Effective attraction between negatively charged oxygen atoms on protein surface in an electrolyte solution2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama, Ayumi Suematsu
    • 学会等名
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 蛋白質の結晶化に対する理論的手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      田村雄大、吉森明、末松安由美、秋山良
    • 学会等名
      「水和とATPエネルギー」研究会
    • 発表場所
      秋保、仙台
    • 年月日
      2017-03-05
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] SIMULATIONS OF LIKE-CHARGED MACROIONS IN AN ELECTROLYTE SOLUTION BASED ON THE EFFECTIVE INTERACTION2017

    • 著者名/発表者名
      Ayumi Suematsu, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 5 th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • 発表場所
      Universiry of Tokyo, Tokyo, Japan
    • 年月日
      2017-01-21
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 2成分剛体球系での固体表面への分子吸着における活性化自由エネルギー及び吸着量のモル分率依存性2017

    • 著者名/発表者名
      大島 章生、秋山 良
    • 学会等名
      凝縮系の理論化学2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 統計力学的手法による2成分剛体球系の相挙動の研究2017

    • 著者名/発表者名
      末松安由美、吉森輝、秋山良
    • 学会等名
      凝縮系の理論化学2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Selectivity of large hard sphere on a hard wall immersed in binary hard-sphere fluid2017

    • 著者名/発表者名
      Akio Oshima, Ayano Chiba, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 10th Liquid Matter Conference
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effective potential and crystallization by depletion effect in binary hard-sphere systems2017

    • 著者名/発表者名
      Ayumi Suematsu, Akira Yoshimori, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 10th Liquid Matter Conference
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Statistical Mechanics Study of Reentrant Phase Behavior of Proteins in an Electrolyte Solution2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 17th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Exclusion of coions from space between two macroions in an electrolyte solution: the charge dependence2017

    • 著者名/発表者名
      A. Suematsu, R. Akiyama and M. Hishida
    • 学会等名
      11th Mini Symposium on liquids
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] System Size Dependence of the Motion of Solvation Motor2017

    • 著者名/発表者名
      Ken Tokunaga, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      11th Mini Symposium on liquids
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Short and long range effects of an effective ectiveg range effects of an effective force on crystallization of like-charged colloidal particles2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Tamura, A. Suematsu, A. Yoshimori, R. Akiyama
    • 学会等名
      11th Mini Symposium on liquids
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] マクロアニオン間の実効相互作用と凝集挙動2017

    • 著者名/発表者名
      秋山良
    • 学会等名
      「水和とATPエネルギー」研究会
    • 発表場所
      秋保、仙台
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 空隙のある高分子結晶P4MP1およびsPSへの分子吸蔵(II)2017

    • 著者名/発表者名
      千葉文野、折戸朗子、秋山良
    • 学会等名
      日本物理学会第72回年次大会
    • 発表場所
      大阪大学豊中キャンパス、大阪
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Appearance and Disappearance of Strong Attraction between Negatively Charged Macromolecules in an Electrolyte Solution2016

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 4th International Kyushu Colloid Colloquium
    • 発表場所
      Kyusyu University, Fukuoka, Japan
    • 年月日
      2016-09-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 巨大分子を使った寄木細工の為の方針の2つ2016

    • 著者名/発表者名
      秋山良
    • 学会等名
      『分子を使った寄せ木細工』:自己組織化したソフトマテリアルが織り成す『かたち』と機能
    • 発表場所
      島根大学教育学部(島根県松江市)
    • 年月日
      2016-05-27
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 同符号コロイド粒子間相互作用における同符号イオンの価数依存性2016

    • 著者名/発表者名
      山下拓海、秋山 良
    • 学会等名
      日本物理学会 第71回年次大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2016-03-19
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 電解質溶液中で働く強い同符号荷電間実効引力の理論的研究とタンパク質の凝集挙動2016

    • 著者名/発表者名
      秋山良
    • 学会等名
      福岡大学化学科談話会
    • 発表場所
      福岡大学(福岡市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] HNC-OZ理論による電解質溶液中同符号コロイド粒子間相互作用に基づくモンテカルロシミュレーション2016

    • 著者名/発表者名
      末松安由美、秋山良
    • 学会等名
      日本物理学会2016年秋季大会
    • 発表場所
      金沢大学(金沢市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 空隙のある高分子結晶P4MP1およびsPSへの分子吸蔵2016

    • 著者名/発表者名
      千葉文野、 秋山良
    • 学会等名
      日本物理学会2016年秋季大会
    • 発表場所
      金沢大学(金沢市)
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Radial distribution function of interaction between the charged colloid particles obtained by the Montecarlo simulation using effective interaction calculated by the HNC-OZ theory2016

    • 著者名/発表者名
      Ayumi Suematsu, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 10th Mini-Symposium on Liquids
    • 発表場所
      Okayama University, Okayama, Japan
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 積分方程式理論で計算した電解質溶液中の同符号荷電粒子間実効 相互作用2016

    • 著者名/発表者名
      秋山良
    • 学会等名
      第6回ソフトマター研究会
    • 発表場所
      北海道大学、札幌
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular simulation of macroanions in an electrolyte solution based on the effective potential2016

    • 著者名/発表者名
      Ayumi Suematsu, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場、つくば
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 電解質溶液中の同符号荷電コロイド粒子間実効引力と蛋白質溶液の相図2015

    • 著者名/発表者名
      秋山 良
    • 学会等名
      慶応義塾大学理工学部物理学科談話会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2015-11-24
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Effective attraction between negatively charged sites on proteins and ordering of proteins in an electrolyte solution2015

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 4th International Symposium “Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for creation of integrated functions”(新学術領域研究『動的秩序と機能』第4回国際シンポジウム)
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-11-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Aggregation of acidic proteins and effective attraction between like-charged particles2015

    • 著者名/発表者名
      Takuto Sawayama, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 4th International Symposium “Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for creation of integrated functions”(新学術領域研究『動的秩序と機能』第4回国際シンポジウム)
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-11-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effects of depletion interaction on the crystallization
2015

    • 著者名/発表者名
      Ayumi Suematsu, Akira Yoshimori, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 4th International Symposium “Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for creation of integrated functions”(新学術領域研究『動的秩序と機能』第4回国際シンポジウム)
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-11-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dependence of effective interaction between macroanions in electrolyte solution on valence of co-ions2015

    • 著者名/発表者名
      Takumi Yamashita, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 4th International Symposium “Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for creation of integrated functions”(新学術領域研究『動的秩序と機能』第4回国際シンポジウム)
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-11-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 電解質溶液中のマクロアニオン間実効相互作用に同符号イオンの価数が与える効果2015

    • 著者名/発表者名
      山下拓海、秋山良
    • 学会等名
      第38回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      高知
    • 年月日
      2015-10-21
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 電解質溶液内におけるマクロアニオン凝集の相図の計算2015

    • 著者名/発表者名
      澤山拓斗、秋山良
    • 学会等名
      第38回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      高知
    • 年月日
      2015-10-21
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Spatiotemporal dynamic ordering regulated by ATP hydrolysis and effective attraction between negatively charged sites in a biofluid, International2015

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Formation of spatiotemporal dynamic ordering mediated by ATP hydrolysis (新学術 領域研究『動的秩序と機能』共催シンポジウム)
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Aggregation behavior of macroanions immersed in electrolyte solution2015

    • 著者名/発表者名
      Takuto Sawayama, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Effects of Preferential Solvation on Partial Molar Enthalpies in Binary Mixture Systems: Molecular Simulation Study2015

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Kawabata, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] マクロアニオン間相互作用に対する同符号小イオンの価数依存性2015

    • 著者名/発表者名
      山下拓海、秋山良
    • 学会等名
      第66回コロイドおよび界面化学討論会
    • 発表場所
      鹿児島
    • 年月日
      2015-09-11
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Effects of Co-ions with Different Valences on Effective Interaction between Macroanions in an Electrolyte Solution2015

    • 著者名/発表者名
      Takumi Yamashita, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      2015 International Conference of Colloids and Interface Science
    • 発表場所
      Taipei
    • 年月日
      2015-07-21
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Phase behavior of Acidic Protein electrolyte solution: Theoretical approach with a simple model2015

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama, Takuto Sawayama
    • 学会等名
      2015 International Conference of Colloids and Interface Science
    • 発表場所
      Taipei
    • 年月日
      2015-07-21
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Aggregation behavior of macroanions in an electrolyte solution2015

    • 著者名/発表者名
      Takuto Sawayama, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 9th Mini Symposium on Liquids
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-07-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Dependence of Effective Potential of Mean Force between Negatively Charged Colloidal Particles Immersed in an Electrolyte Solution on Charge of Small Anion2015

    • 著者名/発表者名
      Takumi Yamashita, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 9th Mini Symposium on Liquids
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-07-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Solute Size Dependence of Preferential Interaction in Hard-Sphere Mixture2015

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Kawabata, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 9th Mini Symposium on Liquids
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-07-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Energy Conversion Efficiency of Solvation Motor driven by a Reaction on the Motor Surface2015

    • 著者名/発表者名
      Ken Tokunaga, Ryo Akiyama
    • 学会等名
      The 9th Mini Symposium on Liquids
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2015-07-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [図書] Theoretical Studies of Strong Attractive Interaction Between Macro-anions Mediated by Multivalent Metal Cations and Related Association Behavior: Effective Interaction Between ATP-Binding Proteins Can Be Regulated by Hydrolysis "The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery" (Ed. Makoto Suzuki)2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Akiyama
    • 総ページ数
      353
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811084591
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] 安池智一、秋山良2016

    • 著者名/発表者名
      エントロピーからはじめる熱力学
    • 総ページ数
      300
    • 出版者
      放送大学教育振興会
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2020-03-30  

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