| 研究課題/領域番号 |
15K06905
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム生物学
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| 研究機関 | 高知大学 |
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研究代表者 |
櫻井 哲也 高知大学, 教育研究部総合科学系複合領域科学部門, 准教授 (90415167)
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| 研究分担者 |
野村 俊尚 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 特別研究員 (20722771)
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| 連携研究者 |
持田 恵一 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 副チームリーダー (90387960)
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| 研究協力者 |
吉田 拓広 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, テクニカルスタッフ
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2017年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2016年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
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| キーワード | ゲノム塩基配列決定 / 遺伝子発現プロファイル / 植物 / ゲノム解析 / 環境耐性 / トランスクリプトーム解析 |
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| 研究成果の概要 |
ホンモンジゴケのゲノム塩基配列解読に先立ち、培養原糸体を用い、核DNAのPI染色によるフローサイトメトリー法によるゲノムサイズの見積もりを行った結果、1億1千万から1億3千万塩基と推定された。長鎖読み取り型シークエンサPacBio RSIIを使用して、ゲノム塩基配列データを獲得し、およそ1億4千万塩基のドラフトゲノム塩基配列データを作成した。
得られたドラフトゲノム塩基配列データおよび各種生育条件下のコケ植物体から得たRNAサンプルによるRNA-seqデータを使用して、遺伝子領域予測を行った結果、およそ1万9千個の遺伝子領域が同定され、予測された転写産物数は、およそ2万5千であった。
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