| 研究課題/領域番号 |
15K06919
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| 研究種目 |
基盤研究(Ｃ)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
システムゲノム科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
門田 幸二 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60392221)
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| 研究協力者 |
寺田 朋子
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| 研究期間 (年度) |
2015-10-21 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2015年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | RNA-seq / 発現変動解析 / バイオインフォマティクス / R / トランスクリプトーム / クラスタリング / 発現変動 |
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| 研究成果の概要 |
生命科学分野では、生物を構成するサンプル内で働いている数多くの転写物（トランスクリプトームと呼ばれる）の塩基配列を調べたり、その働いている量（発現量）を網羅的に調べる作業が行われる。具体的には、様々な条件間で取得されたサンプル同士が発現量の観点でどの程度似ているかや、どの転写物（遺伝子と同じ意味）の発現量が比較する条件間で異なっているかを調べる作業が行われる。
本研究では、任意の条件間でデータの類似度をこれまで使われてこなかったスコアを用いて客観的に示せること、その数値が条件間で発現が異なる転写物の割合と大まかな相関があること、そのやり方をウェブツールTCC-GUI内に実装して提供した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
サンプル間の全体的な類似傾向を眺めるクラスタリングは、トランスクリプトームデータ解析において、必ずといっていいほどよく行われる作業である。しかしながら、得られる結果を都合よく主観的に評価することもできるため、任意のグルーピングにおける全体的な類似度を客観的に評価する必要性やその枠組みの提供は重要である。本研究で提案したシルエットスコアは、クラスタリング結果だけでなく、発現変動解析結果の解釈にも援用できるものであり意義深いものと考える。
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