| 研究課題/領域番号 |
15K07021
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
寺田 透 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 (40359641)
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| 研究協力者 |
根上 樹 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任研究員
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2015年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
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| キーワード | 分子動力学シミュレーション / タンパク質 / リガンド / パスウェイ / 粗視化モデル / 自由エネルギープロファイル / マルコフ状態モデル / transition path theory / リガンド結合パスウェイ / 最小自由エネルギー経路 / タンパク質－リガンド結合 / リガンド結合シミュレーション / 粗視化分子動力学法 / 変異体 |
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| 研究成果の概要 |
タンパク質の周囲にリガンドをランダムに配置し、リガンドのタンパク質への結合過程を追跡する粗視化分子動力学シミュレーションを多数回実施し、このトラジェクトリからマルコフ状態モデルを構築した。さらに、transition path theoryに基づき、マルコフ状態モデルから遷移状態とリガンド結合パスウェイを求めた。その結果、遷移状態は基質ポケットの縁に存在し、寄与の大きなパスウェイは、タンパク質表面の溝に沿う傾向があることが示された。これは、研究代表者らが提唱している「リガンド結合パスウェイ仮説」を支持する結果であると言える。
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