| 研究課題/領域番号 |
15K07169
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
進化生物学
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| 研究機関 | 名古屋市立大学 |
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研究代表者 |
熊澤 慶伯 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 教授 (60221941)
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| 連携研究者 |
柴田 弘紀
矢部 隆
井上 潤
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| 研究協力者 |
孙 垚
山田 知江美
クスマ ワーユ エンドラ
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | カメ / ミトコンドリア遺伝子 / 核遺伝子 / 系統的有用度 / 翻訳フレームシフト / RNAシーケンシング / 分子進化 / 系統解析 / cDNA / RNA-Seq / 分子進化速度 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、カメ類の代表種からミトコンドリアゲノム全塩基配列と核遺伝子に関するオーソロガスcDNA塩基配列データセットを取得し、以下の諸点を明らかにした。１）カメ類の様々な系統で、ミトコンドリアタンパク質遺伝子の読み枠に新しい翻訳フレームシフトを発見し、フレームシフト部位におけるmRNA構造上の特徴を示した。２）カメ類の分子進化速度はカメ類全体で一様に低下しておらず、カメ類の系統ごとに異なる。３）系統的有用度の極大値を示す年代域に関して、多くの核遺伝子はミトコンドリア遺伝子よりも大幅に古い。４）カメ類の高次系統解析に適した単一コピー核遺伝子の候補を50個以上見出した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究では、様々なカメ類からミトコンドリアゲノムと核ゲノムにコードされる遺伝情報を迅速に決定して系統解析に利用する方法を探求した。分岐年代が7千万年前を超えるような高次の系統解析には、ミトコンドリア遺伝子よりも核遺伝子の方が概して有用性が高いことを示し、今後の研究で利用可能な核遺伝子の候補をいくつか提案した。核遺伝子の情報を網羅的に取得するには特定臓器を用いたRNAシーケンシングの手法が優れていることも示した。
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