| 研究課題/領域番号 |
15K07175
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
進化生物学
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| 研究機関 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 (2016-2017)
国立研究開発法人農業生物資源研究所 (2015) |
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研究代表者 |
伊藤 剛 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, チーム長 (80356469)
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| 連携研究者 |
坂井 寛章 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 主任研究員 (20455322)
熊谷 真彦 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, 任期付研究員 (80738716)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2016年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
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| キーワード | 栽培化 / 分岐時間 / 集団の大きさ / 大規模ゲノム解析 / 塩基置換推定 / 負の二項分布 / ポワソン分布 / ガンマ分布 / 分子進化 / 分岐年代推定 / 作物栽培化 |
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| 研究成果の概要 |
作物栽培化過程の重要な側面として分岐の時間や集団の大きさを明らかにするため、大規模配列解析による方法の構築を行った。これは大量のゲノム配列決定が安価に行えるようになったことにより、可能となった。全ゲノム配列を二つの近縁種や近縁集団から取得し、まず全ゲノムでの置換数の分布を作成する。この分布が、座位間で均一な置換発生を仮定する単純なポワソン分布に合わないことは非常にはっきりしているが、負の二項分布に当てはめるよりむしろ種分岐と祖先多型の両方を考慮したモデルの方がよく当てはまることが分かった。例えばアジアとアフリカのイネでは、従来言われていた40万年よりはるかに小さな値を推定することができた。
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