細菌感染における非コードRNAの機能解析

• 研究課題/領域番号: 15K07923
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物系薬学
• 研究機関: 千葉大学
• 研究代表者: 今村 亮俊 千葉大学, 大学院薬学研究院, 日本学術振興会特別研究員(PD) (60741923)
• 研究分担者: 秋光 信佳 東京大学, アイソトープ総合センター, 教授 (40294962)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: 核内RNA分解 / サルモネラ感染 / 長鎖非コードRNA / 細菌感染

研究成果の概要

申請者は、本研究期間全体を通じて、サルモネラ感染によって、核内RNA分解に関与するMTR4とRRP6が消失し、その結果、核内lncRNAが安定化することで下流の遺伝子発現を制御していることを見出した。また、この意義を解明する目的で、、核内lncRNAのKO細胞を作出し解析した結果、この安定化はサルモネラ感染抵抗性に寄与していることを見出した。さらに、本研究遂行過程において、新規核内RNA分解因子を発見することが出来た。

研究成果

• [雑誌論文] 5'-Bromouridine IP Chase (BRIC)-Seq to Determine RNA Half-Lives. (2018)
  • 著者名/発表者名: Yamada T, Imamachi N, Onoguchi-Mizutani R, Imamura K, Suzuki Y, Akimitsu N.
  • 雑誌名: Methods Mol Biol. 巻: 1720 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1007/978-1-4939-7540-2_1
  • ISBN: 9781493975396, 9781493975402
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Diminished nuclear RNA decay upon Salmonella infection upregulates antibacterial noncoding RNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: Katsutoshi Imamura, Akiko Takaya, Yo-ichi Ishida, Yayoi Fukuoka, Toshiki Taya, Ryo Nakaki, Miho Kakeda, Naoto Imamachi, Aiko Sato, Toshimichi Yamada, Rena Onoguchi-Mizutani, Gen Akizuki, Tanzina Tanu, Kazuyuki Tao, Sotaro Miyao, Yutaka Suzuki, Masami Nagahama, Tomoko Yamamoto, Torben Heick Jensen, Nobuyoshi Akimitsu
  • 雑誌名: EMBO Journal 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the chemical structure and innate immune-stimulating activity of an extracellular polysaccharide from <i>Rhizobium</i> sp. strain M2 screened using a silkworm muscle contraction assay (2017)
  • 著者名/発表者名: Urai Makoto、Aizawa Tomoko、Imamura Katsutoshi、Hamamoto Hiroshi、Sekimizu Kazuhisa
  • 雑誌名: Drug Discoveries & Therapeutics 巻: 11 号: 5 ページ: 238-245
  • DOI: 10.5582/ddt.2017.01045
  • NAID: 130006210838
  • ISSN: 1881-7831, 1881-784X
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Analysis of RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance (2015)
  • 著者名/発表者名: Sho Maekawa, Naoto Imamachi, Takuma Irie, Hidenori Tani, Kyoko Matsumoto, Rena Mizutani, Katsutoshi Imamura, Miho Kakeda, Tetsushi Yada, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki and Nobuyoshi Akimitsu.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 16 号: 1 ページ: 154-154
  • DOI: 10.1186/s12864-015-1358-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-Wide Analysis of Long Noncoding RNA Turnover (2015)
  • 著者名/発表者名: Hidenori Tani, Naoto Imamachi, Rena Mizutani, Katsutoshi Imamura, Yeondae Kwon, Satoru Miyazaki, Sho Maekawa, Yutaka Suzuki, Nobuyoshi Akimitsu
  • 雑誌名: Nuclear Bodies and Noncoding RNAs: Methods and Protocols 巻: 1262 ページ: 305-320
  • 査読あり
• [学会発表] Loss of RNA degradation factors upon Salmonella infection stabilizes nuclear long non-coding RNAs involving antibacterial response (2017)
  • 著者名/発表者名: Imamura K
  • 学会等名: The Start of New Genomics
  • 発表場所: 伊藤国際学術研究センター、東京
  • 年月日: 2017-01-10
  • 国際学会
• [学会発表] サルモネラ感染に対する核内 RNA 分解機構による応答 (2017)
  • 著者名/発表者名: 今村亮俊
  • 学会等名: 第19回 日本RNA学会年会
• [学会発表] Loss of RNA degradation factors upon Salmonella infection stabilizes nuclear long non-coding RNAs involving antibacterial response (2017)
  • 著者名/発表者名: Katsutoshi Imamura
  • 学会等名: EMBO Conference Eukaryotic RNA turnover
  • 国際学会
• [学会発表] Functional analysis of long noncoding RNAs induced by Salmonella infection (2016)
  • 著者名/発表者名: 今村亮俊
  • 学会等名: 第89回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 大阪国際交流センター
  • 年月日: 2016-03-23