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腫瘍ゲノムにおけるトランスポジショナル変異の解析

研究課題

研究課題/領域番号 15K08397
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 実験病理学
研究機関浜松医科大学

研究代表者

華表 友暁  浜松医科大学, 医学部, 助教 (40416665)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード腫瘍 / HERV / NGS / 変異 / 多型 / がんゲノム / 内在性レトロウイルス / 挿入変異 / 次世代シーケンサー / 肺がん / 胃がん / 大腸がん / レトロトランスポジション
研究成果の概要

生物内の全遺伝情報がひとまとめになったものがゲノムである。ヒトゲノム内にあるヒト内在性レトロウイルス(HERV)はレトロトランスポゾンとして知られており、現在の外来性レトロウイルスの遺伝情報に似ている。本研究では、腫瘍組織内のHERV挿入変異の存在を検証した。次世代シーケンサー(NGS)の結果では、複数のHERV挿入変異の候補部位が同定されたが、長鎖PCRを用いた手法ではそれらを確認することはできなかった。個人間でHERVの遺伝情報量には違いがあり、それは挿入多型として知られているが、本研究の解析の過程で際立った特徴を持つHERV挿入多型が同定された。

報告書

(4件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2017 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Insertionally polymorphic sites of human endogenous retrovirus-K (HML-2) with long target site duplications.2017

    • 著者名/発表者名
      Kahyo T, Yamada H, Tao H, Kurabe N, Sugimura H
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 18 号: 1 ページ: 487-494

    • DOI

      10.1186/s12864-017-3872-6

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Application of digital PCR with chip-in-a-tube format to analyze Adenomatous polyposis coli (APC) somatic mosaicism.2017

    • 著者名/発表者名
      Kahyo T, Iwaizumi M, Yamada H, Tao H, Kurachi K, Sugimura H
    • 雑誌名

      Clin Chim Acta.

      巻: 475 ページ: 91-96

    • DOI

      10.1016/j.cca.2017.10.015

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Application of digital PCR with chip-in-a-tube format to analyze Adenomatous polyposis coli (APC) somatic mosaicism2017

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Kahyo, Moriya Iwaizumi, Hidetaka Yamada, Hong Tao, Kiyotaka Kurachic, Haruhiko Sugimura
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会年次会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] A frameshift germline mutation of SMAD4 gene in massive gastric polyposis2016

    • 著者名/発表者名
      華表 友暁
    • 学会等名
      第75回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2016-10-06
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] A comprehensive investigation of insertional variations of human endogenous retrovirus elements in tumor tissues2015

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Kahyo, Hidetaka Yamada, Hong Tao, Yusuke Inoue, Nobuya Kurabe, Kazuya Shinmura, Haruhiko Sugimura
    • 学会等名
      American Association for Cancer Research
    • 発表場所
      Philadelphia (米国)
    • 年月日
      2015-04-18
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [備考] TKahyo GitHub

    • URL

      https://github.com/TKahyo/

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2015-04-16   更新日: 2019-03-29  

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