| 研究課題/領域番号 |
15K14423
|
|---|
| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
|
| 配分区分 | 基金 |
|---|
| 研究分野 |
ゲノム生物学
|
|---|
| 研究機関 | 日本大学 |
|---|
研究代表者 |
桑田 文幸 日本大学, 歯学部, 特任教授 (60120440)
|
|---|
| 研究分担者 |
谷口 奈央 福岡歯科大学, 口腔歯学部, 准教授 (60372885)
中野 善夫 日本大学, 歯学部, 教授 (80253459)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
|
| 配分額 *注記 |
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
|
|---|
| キーワード | 菌叢解析 / サポートベクターマシン / 遺伝子伝播 / 細菌叢 / 系統解析 |
|---|
| 研究成果の概要 |
ゲノム塩基配列の報告されている真正細菌について４～６連続塩基の出現頻度を集計した。その頻度に基づき距離を計算し、16SrRNA遺伝子配列では系統分類が難しい属について系統解析が可能になった。菌叢構成種解析については、口腔内細菌の人工的な環境細菌叢試料を作り、５塩基配列の出現頻度による構成種比率を求めたところ精度の高い計算結果が得られた。水平伝播遺伝子解析については、同データベースを用いて１クラス・サポートベクターマシンを使って抽出された領域には遺伝子転位に係る遺伝子や転写・翻訳、移動性因子に関係する遺伝子が際立って多かった。機能がまだ報告されていない遺伝子がおよそ半数に達した。
|
