| 研究課題/領域番号 |
15K14433
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
システムゲノム科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
小林 徹也 東京大学, 生産技術研究所, 准教授 (90513359)
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| 連携研究者 |
堀 昌平 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50392113)
横田 亮 東京大学, 生産技術研究所, 特任研究員 (80733154)
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| 研究協力者 |
堅山 耀太郎
神永 祐貴
金子 和正
梶田 真司
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2016年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | T細胞 / T細胞受容体 / 免疫レパートリ / 免疫レパトア / 適応免疫 / 複雑系 / 次世代シーケンサー / T細胞レセプター / NGS / 1細胞 / レパトア / バイオインフォマティクス / 低次元化 / LDA |
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| 研究成果の概要 |
獲得免疫を構成する T 細胞などの多様(レパトア) をを解析するため、次世代シーケンサーにより得られた 個々の T 細胞のレセプター (TCR) 配列の情報を元に、免疫レパトアが持つ隠された構造を明らかにする情報技術を構築を行った。
TCR配列の相同性を保持したまま、データを低次元に射影し、データの低次元構造を取り出した。また低次元空間内での密度分布間の差異を元に異なるサンプル間の差異や、差異を作り出している重要な配列群を同定することに成功した。我々の方法で得られたサンプル間の関連は、先行研究と整合した結果を与えるだけでなく、より高次元性・疎性が高いデータに関して、安定していることが確認された。
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