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縦列反復配列の正確な塩基配列決定

研究課題

研究課題/領域番号 15K14435
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関京都大学

研究代表者

古賀 章彦  京都大学, 霊長類研究所, 教授 (80192574)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード塩基配列決定 / 反復配列 / 変異導入 / コンセンサス配列 / コンティグ配列 / コンセスサスハイレツ / トランスポゾン / 塩基配列 / バイオテクノロジー
研究成果の概要

縦列反復配列は、通常のショットガン解析法では正確な塩基配列は得られないことが多い。研究代表者は、縦列反復配列を正確に解読する方法(位置情報併用法)を、5年前に開発した。今回、別の方法(変異導入法)を考案し、その開発を行った。
2年の期間で、開発の最終段まで到達した。塩基配列の正確さは、位置情報併用法と同様に、通常のショットガン解析法より格段に高いことがわかった。しかし、解読に要する期間、またコストは、位置情報併用法に勝るまでに至っていない。
細部の改善が必要である。その基盤となるデータの蓄積とはなっており、新しいアイデアを試すという挑戦的萌芽研究の趣旨に沿った研究にはなったと、自負している。

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] カセサート大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Night monkey hybrids exhibit de novo genomic and karyotypic alterations: the first such case in primates2017

    • 著者名/発表者名
      *Hirai H, Hirai Y, Morimoto M, Kaneko A, Kamanaka Y, Koga A
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 9 (4) 号: 4 ページ: 945-955

    • DOI

      10.1093/gbe/evx058

    • NAID

      120006822503

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Formation of functional CENP-B boxes at diverse locations in repeat units of centromeric DNA in New World monkeys.2016

    • 著者名/発表者名
      Kugou K, Hirai H, Masumoto H, Koga A.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 27833-27833

    • DOI

      10.1038/srep27833

    • NAID

      120005818231

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CENP-B box, a nucleotide motif involved in centromere formation, occurs in a New World monkey2016

    • 著者名/発表者名
      Suntronpong A, Kugou K, Masumoto H, Srikulnath K, Ohshima K, Hirai H, *Koga A
    • 雑誌名

      Biology Letters

      巻: 12 号: 3 ページ: 20150817-20150817

    • DOI

      10.1098/rsbl.2015.0817

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Amplification of tandem repeat DNA may be responsible for a rapid shift from diurnality to nocturnality in a primate taxon2016

    • 著者名/発表者名
      Koga A, Tanabe H, Hirai H
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] セントロメア反復配列の急速な入れ替わり:テナガザルとヨザルの例2016

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦、平井啓久
    • 学会等名
      日本遺伝学会第88回大会
    • 発表場所
      日本大学国際関係学部(静岡県三島市)
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Rapid replacement of centromeres by a varianttype repetitive DNA in a primate taxon2016

    • 著者名/発表者名
      Koga A
    • 学会等名
      Society for Molecular Biology and Evolution Conference 2016
    • 発表場所
      Gold Coast Convention and Exhibition Centre (Australia)
    • 年月日
      2016-07-03
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CENP-B box is likely to confer a selective advantage on its host organism2015

    • 著者名/発表者名
      Suntronpong A, 久郷和人、舛本寛、平井啓久、古賀章彦
    • 学会等名
      第87回日本遺伝学会大会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス(仙台市)
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Higher-order repeat structure in centromere-region satellite DNA occurs in a wide range of primates2015

    • 著者名/発表者名
      Koga A, Hirai Y, Sujiwattanarat P, Thapana W, Baicharoen S, Srikulnath K, Hirai H
    • 学会等名
      The 5th Asian Chromosome Colloquium
    • 発表場所
      カセサート大学(タイ王国)
    • 年月日
      2015-04-29
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] ヒトと類人猿に見られる非コードDNAの大きな違い(小林武彦編「ゲノムを司るインターメア:非コードDNAの新たな展開」の第15章)2015

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2022-02-16  

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