次世代シークエンサーを用いた古代病原菌解析法の開発

• 研究課題/領域番号: 15K14615
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 自然人類学
• 研究機関: 独立行政法人国立科学博物館
• 研究代表者: 篠田 謙一 独立行政法人国立科学博物館, その他部局等, 研究調整役 (30131923)
• 研究分担者: 神澤 秀明 独立行政法人国立科学博物館, 人類研究部, 研究員 (80734912)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2017年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2016年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: 古代DNA解析 / メタゲノム解析 / 次世代シークエンサー / 縄文人 / 歯石 / 江戸時代人 / バクテリアDNA / 古代ゲノム解析 / 細菌 / メタゲノム / 口腔細菌 / 次世代シークエンサ / 古代ＤＮＡ解析 / バクテリアＤＮＡ

研究成果の概要

古人骨から病原性の微生物や歯石に含まれる細菌のDNAを解析できれば、従来の研究では知ることのできなかった病の起源や口腔環境の再現などの情報を得ることができる。。本研究では実際の古人骨から抽出したゲノム情報をもとに，その可能性を追求した。病原菌のゲノム解析では、明瞭な結果を得ることができなかったが、ポリオに罹患していると判断されてきた縄文人について、ゲノム解析から筋ジストロフィーに罹患していた可能性が示された。また、縄文人と江戸時代人の口腔細菌のゲノム解析では、両者に違いが見られ、食性と口腔細菌叢の間に関係がある可能性が示された。

研究成果

• [国際共同研究] The University of Adelaide(オーストラリア)
• [雑誌論文] Ethnic derivation of the Ainu inferred from ancient mitochondrial DNA data (2018)
  • 著者名/発表者名: Adachi N, Kakuda T, Takahashi R, Kanzawa-Kiriyama H, Shinoda K
  • 雑誌名: American Journal of Physical Anthropology 巻: 165 号: 1 ページ: 139-148
  • DOI: 10.1002/ajpa.23338
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 佐世保市岩下洞穴および下本山岩陰遺跡出土人骨のミトコンドリアDNA分析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 篠田 謙一, 神澤 秀明, 角田 恒雄, 安達 登
  • 雑誌名: Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ （Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｓｅｒｉｅｓ） 巻: 125 号: 1 ページ: 49-63
  • DOI: 10.1537/asj.170509
  • NAID: 130006832294
  • ISSN: 1344-3992, 1348-8813
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan. (2017)
  • 著者名/発表者名: Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, Jinam TA, Hosomichi K, Saso A, Suwa G, Ueda S, Yoneda M, Tajima A, Shinoda KI, Inoue I, Saitou N. A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan
  • 雑誌名: J Hum Genetics 巻: 印刷中 号: 2 ページ: 213-221
  • DOI: 10.1038/jhg.2016.110
  • NAID: 40021064864
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 日本人の起源に関する最近のＤＮＡ人類学の動向 (2017)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 雑誌名: 岩波科学 巻: 87 ページ: 162-165
• [雑誌論文] 人類史研究の最前線 -化石とゲノムの研究はどこに向かうのか-. (2016)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 雑誌名: 生物の科学遺伝 巻: 70 ページ: 442-445
• [雑誌論文] 遺伝情報から見た日本人の起源と成立の過程 (2015)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 雑誌名: 細胞工学 巻: 34 ページ: 902-905
• [雑誌論文] Human genetic diversity in the Japanese Archipelago: dual structure and beyond (2015)
  • 著者名/発表者名: Jinam A.T., Kanzawa-Kiriyama H., Saitou N.
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 90 号: 3 ページ: 147-152
  • DOI: 10.1266/ggs.90.147
  • NAID: 130005105466
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Unique characteristics of the Ainu population in Northern Japan (2015)
  • 著者名/発表者名: Jinam A.T., Kanzawa-Kiriyama H., Inoue I., Tokunaga K., Omoto K., Saitou N. 2015
  • 雑誌名: Journal of human genetics, 巻: 60 ページ: 565-571
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Analysis of the ancient human genome (2017)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 第71回日本人類学会大会
• [学会発表] ゲノムから探る日本人の成り立ち (2017)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 第９回泌尿器抗加齢医学研究会.
  • 招待講演
• [学会発表] 古代ゲノムで読む日本人の起源と成立 (2016)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 平成２８年動物学会近畿支部秋の公開講演会
  • 発表場所: 京都大学（京都府、京都市）
  • 年月日: 2016-09-10
  • 招待講演
• [学会発表] DNAで探る人類の拡散と日本人のルーツ (2016)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 読売テクノフォーラム
  • 発表場所: 読売新聞本社（東京都、千代田区）
  • 年月日: 2016-09-09
  • 招待講演
• [学会発表] ＤＮＡ分析で知る日本列島住民の起源と成り立ち (2016)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 基盤研セミナー
  • 発表場所: 医薬基盤・健康・栄養研究所（大阪府、吹田市）
  • 年月日: 2016-08-05
  • 招待講演
• [学会発表] DNAから見た日本人の形成と北東アジア (2015)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 東北大学東北アジア研究センター創立20周年記念国際シンポジウム
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2015-12-05
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] DNAで読む日本人の形成史 (2015)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 学会等名: 國學院大學国際研究フォーラム「日本文化」研究の展望.
  • 発表場所: 國學院大學渋谷キャンパス 学術メディアセンター（東京都・渋谷区）
  • 年月日: 2015-10-25
  • 招待講演
• [学会発表] DNA analysis of Kaizuka skeletal remains excavated from Ie Island in Okinawa. (2015)
  • 著者名/発表者名: Shinoda, K., Kanzawa-Kiriyama, H., Adachi, N., Kakuda, T., Tamae, T., Doi, N.
  • 学会等名: 第69回日本人類学会総会
  • 発表場所: 産業技術総合研究所 臨海副都心センター（東京都・港区）
  • 年月日: 2015-10-10
• [学会発表] 古代日本列島人の核ゲノム解析（第３報） (2015)
  • 著者名/発表者名: 神澤秀明，Kirill Kryukov，Timothy Jinam，佐藤孝雄，奈良貴史，安達登，細道一善，田嶋敦，井ノ上逸朗，斎藤成也，篠田謙一
  • 学会等名: 第69回日本人類学会大会
  • 発表場所: 産業技術総合研究所 臨海副都心センター（東京都・港区）
  • 年月日: 2015-10-10
• [学会発表] 縄文人核ゲノム分析から見た日本列島人の成立史 (2015)
  • 著者名/発表者名: 神澤秀明，Kirill Kryukov，Timothy Jinam，細道一善，佐宗亜衣子，諏訪元，植田信太郎，米田穣，田嶋敦，井ノ上逸朗，篠田謙一，斎藤成也
  • 学会等名: 第17回日本進化学会大会
  • 発表場所: 中央大学（東京都・文京区）
  • 年月日: 2015-08-20
• [学会発表] 縄文人核ゲノムから見る東ユーラシア人の成立史 (2015)
  • 著者名/発表者名: 神澤秀明
  • 学会等名: 第4回NGS現場の会
  • 発表場所: つくば国際会議場（茨城県・つくば市）
  • 年月日: 2015-06-03
• [図書] ＤＮＡで語る日本人起源論 (2015)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一
  • 総ページ数: 245
  • 出版者: 岩波書店