ゲノム・エピゲノム情報の統合を通した作物の減数分裂期組み換え位置の特徴解明

研究課題

研究課題/領域番号	15K14633
研究種目	挑戦的萌芽研究
配分区分	基金
研究分野	遺伝育種科学
研究機関	国立研究開発法人農業生物資源研究所
研究代表者	土生芳樹国立研究開発法人農業生物資源研究所, ゲノム機能改変研究ユニット, 上級研究員 (80266915)
研究期間 (年度)	2015-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス	完了 (2015年度)
配分額 *注記	1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円) 2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワード	減数分裂期組み換え / イネ / エピゲノム
研究成果の概要	日本晴ｘカサラスF2集団（333個体）の次世代シーケンサデータについて、これまでSNP情報に基づいた減数分裂期組み換え位置の推定に加えて、組換え位置推定の精度をさらに上げることを目的として、InDel情報を加えた解析を行った。解析の結果、ゲノム全域で7214箇所の組み換え位置を検出し、10 kb以内に候補領域が狭められた組み換え位置は1219箇所、2 kb以内に狭められた組み換え位置は97箇所だった。組み換え位置情報とゲノム情報（遺伝子・反復配列などとの位置関係）およびエピゲノム情報（ヌクレオソーム密度、ヒストンH3K9me2密度、DNAメチル化率）を統合し、ブラウザ上で可視化した