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次世代シーケンサーを用いた種間共有SNP解析による雑種起源ササ類の遺伝学的検証

研究課題

研究課題/領域番号 15K14745
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 森林科学
研究機関東北大学

研究代表者

陶山 佳久  東北大学, 農学研究科, 准教授 (60282315)

連携研究者 蒔田 明史  秋田県立大学, 生物資源科学部, 教授 (60315596)
研究協力者 米倉 浩司  東北大学, 植物園, 助教
菅野 敬雅  東北大学, 大学院農学研究科, 大学院生
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2016年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード雑種識別 / MIG-seq法 / 集団遺伝学 / NGS / ササ / ホンシャクナゲ / アズマザサ属
研究成果の概要

生物種間の雑種の起源について遺伝学的に検証するためには、親種間で共有する核ゲノムDNAマーカーが必須である。しかし、種間共有できるマーカーを多数得るのは、これまでの技術では一般に困難であった。そこで本研究では、次世代シーケンサーを用いた新たなDNA分析手法(MIG-seq法)により、簡便に共有マーカーを得て、これまで容易には解決できなかったササ類における雑種起源の一例を明らかにした。さらに別の生物種(ツツジ属)における雑種起源の推定も実施し、本研究の手法が雑種起源の検証法として有効であることを示した。

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Inconsistency between morphological traits and ancestry of individuals in the hybrid zone between two Rhododendron japonoheptamerum varieties revealed by a genotyping-by-sequencing approach2017

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Tamaki, Watanabe Yoichi, Yu Matsuki, Yoshihisa Suyama, Mizuo Mizuno
    • 雑誌名

      Tree Genetics & Genomes

      巻: 13 号: 1 ページ: 4-4

    • DOI

      10.1007/s11295-016-1084-x

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Improvement of MIG-seq: as an effective method for conservation genetics of Mangroves2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama, Yoshihiro Tsunamoto, Chika Mitsuyuki
    • 学会等名
      The 3rd International Workshop for Conservation Genetics of Mangroves
    • 発表場所
      琉球大学熱帯生物学研究センター西表研究施設(沖縄県八重山郡竹富町)
    • 年月日
      2016-10-18
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] MIG-seq: rapid SNP genotyping for conservation genetics using NGS2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama
    • 学会等名
      The 7th EAFES International Congress
    • 発表場所
      Daegu(韓国)
    • 年月日
      2016-04-19
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Population genetic analysis for identifying hybrid origin of a dwarf bamboo species in Sasaella2016

    • 著者名/発表者名
      Takamasa Kanno, Yoshihisa Suyama
    • 学会等名
      The 13th International Symposium on Integrated Field Science: Conservation and Utilization of Biodiversity
    • 発表場所
      東北大学大学院農学研究科(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-03-09
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-22  

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