１塩基マイクロサテライトＤＮＡの高精度分析法による葉緑体ゲノム変異研究の新展開

• 研究課題/領域番号: 15K14758
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 森林科学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 白石 進 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (70226314)
• 研究分担者: 後藤 栄治 九州大学, 大学院農学研究院, 助教 (90614256)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円); 2015年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
• キーワード: DNA分子マーカー / 葉緑体ゲノム / １塩基マイクロサテライト / ハプロタイプ / 裸子植物 / ハプロタイピング

研究成果の概要

裸子植物の葉緑体ゲノムは父性遺伝することから，葉緑体DNAマーカーは森林遺伝・育種・生態学的研究において必要不可欠である。しかし，葉緑体ゲノムにおける塩基配列変異のほとんどは，1塩基SSR（ホモポリマー）変異である。このため，1塩基の繰返し数を高精度で検出するための新たな分析系（HoPPE：homopolymer primer extension）の開発を行った。また，HoPPE分析データからDNAタイピングを行う処理システムを構築した。さらに，スギにおいて，葉緑体ゲノムに存在するホモポリマー領域を探索し，その頻度を定量的に評価した。