| 研究課題/領域番号 |
15K16084
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 鳥取大学 |
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研究代表者 |
藤原 伸一 鳥取大学, 医学部, 准教授 (00362880)
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| 研究協力者 |
網崎 孝志
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2017年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2016年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
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| キーワード | 結合自由エネルギー / 分子動力学 / タンパク質 / リガンド / プロトン化状態 / pH / MM/GBSA |
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| 研究成果の概要 |
本研究の目的は、タンパク質とリガンドの結合親和性を予測する計算法の正確度向上である。そのために、プロトン化状態が異なる立体配座を、一度に複数発生させることができる分子シミュレーションを利用した手法を考案し、本手法の有用性について検討した。
モデルタンパク質を対象とした計算実験では、プロトン化状態を変えない従来法と比べて、本手法では結合親和性の予測値が大きく異なり、様々なプロトン化状態を計算に取り入れたことに伴う影響が確認された。ただし、この予測値は実験から求めた値と比べて依然としてずれがあり、例えばプロトン化状態を考慮すべきアミノ酸残基数を絞るなどの工夫が、正確度改善のために必要と推察された。
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