全ゲノムシーケンス法による放射線誘発突然変異率の計測

• 研究課題/領域番号: 15K16125
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 放射線・化学物質影響科学
• 研究機関: 広島大学
• 研究代表者: 金井 昭教 広島大学, 原爆放射線医科学研究所, 助教 (60549567)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2016年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: 放射線 / 全ゲノム解析

研究成果の概要

本研究において、次世代シーケンサーHiSeq2500を用いて放射線がゲノムDNAに与える損傷の種類と頻度を直接計測することを試みた。HT1080細胞1細胞に84 mGy, 390 mGy, 1885 mGyのγ線照射を行いその細胞を培養して増殖させてからDNAを抽出し全ゲノムシーケンスを行った。ラージデリーションについては検出数自体がほとんどなく線量が増加しても差は見られなかったが、1塩基置換や挿入・欠失の数は1885 mGyにおいて増加していることが確認された。

研究成果

• [雑誌論文] A novel LSD1 inhibitor NCD38 ameliorates MDS-related leukemia with complex karyotype by attenuating leukemia programs via activating super-enhancers. (2017)
  • 著者名/発表者名: Sugino N, Kawahara M, Tatsumi G, Kanai A, Matsui H, Yamamoto R, Nagai Y, Fujii S, Shimazu Y, Hishizawa M, Inaba T, Andoh A, Suzuki T, Takaori-Kondo A.
  • 雑誌名: Leukemia 巻: in press 号: 11 ページ: 2303-2314
  • DOI: 10.1038/leu.2017.59
  • 査読あり
• [雑誌論文] Acquired expression of CblQ367P in mice induces dysplastic myelopoiesis mimicking chronic myelomonocytic leukemia (2017)
  • 著者名/発表者名: Nakata Y, Ueda T, Nagamachi A, Yamasaki N, Ikeda KI, Sera Y, Takubo K, Kanai A, Oda H, Sanada M, Ogawa S, Tsuji K, Ebihara Y, Wolff L, Honda ZI, Suda T, Inaba T, Honda H.
  • 雑誌名: Blood 巻: 129 号: 15 ページ: 2148-2160
  • DOI: 10.1182/blood-2016-06-724658
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Propagation of tri-methylated H3K27 regulated by EED is required for embryogenesis, hematopoietic maintenance, and tumor suppression. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ueda T, Nakata Y, Nagamachi A, Yamasaki N, Kanai A, Matsui H, Honda ZI, Oda H, Wolff L, Inaba T, Honda H.
  • 雑誌名: PNAS 巻: 113(37) 号: 37 ページ: 10370-10375
  • DOI: 10.1073/pnas.1600070113
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Maintenance of the functional integrity of mouse hematopoiesis by EED and promotion of leukemogenesis by EED haploinsufficiency (2016)
  • 著者名/発表者名: Ikeda K-I, Ueda T, Yamasaki N, Nakata Y, Sera Y, Nagamachi A, Miyama T, Kobayashi H, TakuboK, Kanai A, Oda H, Wolff l, Honda Z-1, Ichinohe T, Matsubara A, Suda T, Inaba T, Honda H
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 6 号: 1 ページ: 29454-29454
  • DOI: 10.1038/srep29454
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The loss of Ezh2 cooperates with an active JAK2 mutant in the pathogenesis of myelofibrosis and sensitizes tumor-initiating cells to bromodomain inhibition. (2016)
  • 著者名/発表者名: Sashida G, Wang S, Tomioka T, Oshima M, Kazumasa Aoyama K, Kanai A, Mochizuki-Kashio M, Harada H, Shimoda K, Iwama A.
  • 雑誌名: J Experimenta l Medicine 巻: 213 号: 8 ページ: 1459-1477
  • DOI: 10.1084/jem.20151121
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] ALKR1275Q perturbs extracellular matrix, enhances cell invasion and leads to the development of neuroblastoma in cooperation with MYCN. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ueda T, Nakata Y, Yamasaki N, Oda H, Sentani K, Kanai A, Onishi N, Ikeda K, Sera Y, Honda ZI, Tanaka K, Sata M, Ogawa S, Yasui W, Saya H, Takita J, Honda H.
  • 雑誌名: Oncogene. 巻: 無 号: 34 ページ: 4447-4458
  • DOI: 10.1038/onc.2015.519
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] H-NS Facilitates Sequence Diversification of Horizontally Transferred DNAs during Their Integration in Host Chromosomes (2016)
  • 著者名/発表者名: Higashi K., Tobe T., Kanai A., Uyar E., Ishikawa S., Suzuki Y., Ogasawara N., Kurokawa K., and Oshima T
  • 雑誌名: PLoS genetics 巻: 12 号: 1 ページ: e1005796-e1005796
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1005796
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] AF4 uses the SL1 components of RNAP1 machinery to initiate MLL fusion- and AEP-dependent transcription. (2015)
  • 著者名/発表者名: Okuda H, Kanai A, Ito S, Matsui H, Yokoyama A.
  • 雑誌名: Nat Commun. 巻: 23;6 号: 1
  • DOI: 10.1038/ncomms9869
  • NAID: 120005672585
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Fbxl10 overexpression in murine hematopoietic stemcells induces leukemia involving metabolic activation and upregulation of Nsg2 (2015)
  • 著者名/発表者名: Ueda T, Nagamachi A, Takubo K, Yamasaki N, Matsui H, Kanai A, Nakata Y, Ikeda K Konuma T, Oda H, Wolff L, Honda Z, Wu X, Helin K, Iwama A, Suda T, Inaba T, Honda H.
  • 雑誌名: Blood 巻: 125 号: 22 ページ: 3437-3446
  • DOI: 10.1182/blood-2014-03-562694
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [学会発表] Analysis of radiation induced mutations using next generation sequencer. (2017)
  • 著者名/発表者名: Akinori Kanai, Akiko Nagamachi, Hidehiko Kawai, Hirotaka Matsui, Kenji Kamiya, Toshiya Inaba
  • 学会等名: 放射線災害・医科学研究拠点 第 1 回国際シンポジウム
  • 発表場所: 広島市 広島大学
  • 年月日: 2017-02-21
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜市 パシフィコ横浜 広島市
  • 年月日: 2016-11-30
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • 学会等名: 日本放射線影響学会第59回大会
  • 発表場所: JMSアステールプラザ
  • 年月日: 2016-10-26
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • 学会等名: 第４０回中国地区放射線影響研究会
  • 発表場所: 広島大学
  • 年月日: 2015-07-17
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • 学会等名: NGS現場の会第四回研究会
  • 発表場所: つくば国際会議場
  • 年月日: 2015-07-01
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • 学会等名: 平成27年度広島大学・長崎大学連携研究カンファランス
  • 発表場所: 広島大学
  • 年月日: 2015-06-06
• [学会発表] Analysis of radiation induced mutations using next generation sequencer. (2015)
  • 著者名/発表者名: Akinori Kanai, Akiko Nagamachi, Hidehiko Kawai, Hirotaka Matsui, Kamiya Kenji, Toshiya Inaba
  • 学会等名: 15th International Congress of Radiation Research (ICRR)
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center
  • 年月日: 2015-05-25
  • 国際学会