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高速DNAシーケンサーによる微小動物の生物多様性モニタリング技術の高精度化

研究課題

研究課題/領域番号 15K16137
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 環境影響評価
研究機関琉球大学

研究代表者

齋藤 星耕  琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 特命研究員 (10623754)

研究協力者 中森 泰三  横浜国立大学, 大学院環境情報研究院, 准教授 (50443081)
青山 洋昭  琉球大学, 戦略的研究プロジェクトセンター, 特命助教 (20468078)
藤井 佐織  アムステルダム自由大学, JSPS海外特別研究員 (50648045)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2016年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードメタバーコーディング / 定量性 / 微小動物 / 土壌動物 / metabarcoding / quantification / Collembola / Soil organism / DNAバーコード / DNA metabarcoding / トビムシ / 小型節足動物 / 環境DNA
研究成果の概要

遺伝子配列から生物の分類同定行う技術 DNAバーコーディングに、近年普及したDNAを大量に解読する技術を組み合わせて、生物多様性を迅速に明らかにする技術がメタバーコーディングである。しかし、従来この技術では、ある生物が存在するかどうかはわかっても、多いのか少ないのかという量的な情報を得ることが出来なかった。研究代表者らは、「大地のプランクトン」とも呼ばれるトビムシ類を材料として、メタバーコーディングの分析手順を改良した結果、生物の多寡を量的に比較可能となる精度を達成した。これによって、個体群密度の増減の追跡など、従来メタバーコーディングが適用できなかった目的にも利用可能となると期待される。

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] A quantitative protocol for DNA metabarcoding of springtails (Collembola)2016

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, S., Aoyama, H., Fujii, S., Sunagawa, H., Nagahama, H., Akutsu, M., Shinzato, N., Kaneko, N., Nakamori, T.
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 59 号: 9 ページ: 705-723

    • DOI

      10.1139/gen-2015-0228

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 土壌小型節足動物の局所群集の形成過程: 移動分散の制限とハビタットの異質性の寄与を探る2017

    • 著者名/発表者名
      齋藤星耕, 菱拓雄, 武田博清
    • 学会等名
      日本生態学会第64回全国大会
    • 発表場所
      早稲田大学, 新宿区, 東京都
    • 年月日
      2017-03-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Multiple mitochondrial sequence types from single collembolan specimens: pseudogenes in Collembola?2016

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, S., Aoyama, H., Fujii, S., Park, S., Yamada, A., Shinzato, N., Kaneko, N., Nakamori, T.
    • 学会等名
      XIV International Colloquium on Apterygota
    • 発表場所
      Nara Kasugano International Forum IRAKA, Nara, Japan
    • 年月日
      2016-08-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA metabarcoding of springtails (Collembola)2015

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, S. Aoyama, H., Fujii, S., Sunagawa, H., Nagahama, H., Akutsu, M., Shinzato, N., Kaneko, N., & Nakamori, T.
    • 学会等名
      6th International Barcode of Life Conference
    • 発表場所
      University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada
    • 年月日
      2015-08-18
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] トビムシ類のDNAバーコーディングとメタバーコーディング手法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      齋藤星耕, 青山洋昭, 藤井佐織, 砂川春樹, 長濱秀樹, 阿久津雅子, 新里尚也, 金子信博, 中森泰三.
    • 学会等名
      日本土壌動物学会第38回大会
    • 発表場所
      香川大学
    • 年月日
      2015-05-23
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-22  

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