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種間比較トランスクリプトーム解析に立脚したスプライシング操作薬の作用機序の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15K18459
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 ゲノム医科学
研究機関京都大学

研究代表者

飯田 慶  京都大学, 医学研究科, 特定助教 (00387961)

研究協力者 佐久間 真紀  京都大学, 医学研究科
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2017年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2015年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードスプライシング / ケミカルバイオロジー / 比較ゲノム / 比較トランスクリプトーム / 筋ジストロフィー / バイオインフォマティクス / 個別化医療
研究成果の概要

3年間の研究期間を通じて当初の目標として掲げたように、スプライシング操作化合物に対する応答を種間(ヒトーマウス)で比較トランスクリプトーム解析するという新しい手法を開発し、これによりスプライシング操作化合物の標的配列の推定や、組織特異性の解明につながる成果を得た。これらの解析成果は、本研究で扱ったTG003やRECTAS等の化合物が塩基配列依存的に特定のエキソン群に作用することを示しており、ヒトゲノム配列を入力とした「個人ゲノム配列―薬剤感受性スコアリングシステム」の構築につながった。さらに、種間比較情報はこのスコアリングシステムの精度の向上に寄与し得ることを示すことができた。

報告書

(4件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Deciphering targeting rules of splicing modulator compounds: case of TG003.2015

    • 著者名/発表者名
      Sakuma M, Iida K, Hagiwara M
    • 雑誌名

      BMC Mol Biol.

      巻: 16 号: 1 ページ: 16-16

    • DOI

      10.1186/s12867-015-0044-6

    • NAID

      120005758276

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 種間比較解析に基づく、スプライシング操作化合物標的エキソン探索アルゴリズムの改良2017

    • 著者名/発表者名
      飯田 慶、豊島 裕美、佐久間 真紀、出縄 政嗣、萩原 正敏
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 化合物応答スプライシング変動の種間比較に基づくスプライシング制御配列の保存性の解析2017

    • 著者名/発表者名
      飯田 慶、豊島 裕美、佐久間 真紀、出縄 政嗣、萩原 正敏
    • 学会等名
      第19回日本進化学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] スプライシング操作化合物TG003の標的エキソン探索アルゴリズムの開発、および改良2017

    • 著者名/発表者名
      飯田 慶、豊島 裕美、佐久間 真紀、出縄 政嗣、萩原 正敏
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Computational characterization of targeting rules of splicing-modulating small molecule: TG003 in differentiated and undifferentiated muscle cells.2016

    • 著者名/発表者名
      Kei IIDA, Maki Sakuma, Hiromi Toyoshima, Masatsugu Denawa, and Masatoshi Hagiwara
    • 学会等名
      RNA 2016
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分化状態の異なる筋肉細胞におけるスプライシング操作化合物TG003の効果の違い2016

    • 著者名/発表者名
      飯田慶、佐久間真紀、豊島裕美、出縄政嗣、萩原正敏
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] スプライシング操作化合物の作用エキソンの特徴を発見するためのバイオインフォマティクス研究2015

    • 著者名/発表者名
      飯田 慶、萩原 正敏
    • 学会等名
      第17回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      札幌、日本
    • 年月日
      2015-07-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] エキソン認識を変化させる化合物の標的塩基配列同定のためのバイオインフォマティクス研究2015

    • 著者名/発表者名
      飯田 慶、萩原 正敏
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会、第10回年会
    • 発表場所
      仙台、日本
    • 年月日
      2015-06-10
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2019-03-29  

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