細胞内タンパク質ネットワーク動態の定量的モニタリングテクノロジー

• 研究課題/領域番号: 15K18466
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 谷内江 望 東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 (60636801)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2015年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: DNAバーコード / インタラクトーム / 超並列DNAシークエンシング / 酵母ツーハイブリッド / タンパク質間相互作用 / DNA barcode / タンパク質進化 / 次世代DNAシークエンサー

研究成果の概要

複数の遺伝型が関わる細胞の生育を一斉に計測することのできるDNA Barcode Fusion Genetics (BFG) 法を開発し、これをタンパク質の相互作用をスクリーニングする酵母ツーハイブリッド (Y2H) 法と組み合わせたBarcode Fusion Genetics (BFG)-Y2H法を開発した。さらに、BFG-Y2H法が既存のY2H法と同等の精度をもつことを示し、任意のタンパク質スペースが関わるインタラクトームを1人の研究者が2-3週間でスクリーニング可能であること、最低でも250万のタンパク質ペアについて一斉にインタラクトームを得られることを実証した。

研究成果

• [国際共同研究] Laval University/University of Toronto/Mt Sinai Hospital(カナダ)
• [国際共同研究] Harvard University(米国)
• [国際共同研究] University of Toronto/Mt Sinai Hospital/Laval University(カナダ)
• [国際共同研究] Harvard Medical School(米国)
• [国際共同研究] University of Toronto/Mt. Sinai Hospital/Laval Univeristy(カナダ)
• [雑誌論文] Highly efficient CRISPR gene editing in yeast enabled by double selection (2018)
  • 著者名/発表者名: Despres Philippe C、Dube Alexandre K、Nielly-Thibault Lou、Yachie Nozomu、Landry Christian R
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: 262808 ページ: 262808-262808
  • DOI: 10.1101/262808
• [雑誌論文] Systematic analysis of Ca2+ homoeostasis in Saccharomyces cerevisiae based on chemical-genetic interaction profiles (2017)
  • 著者名/発表者名: Ghanegolmohammadia F, Yoshida M, Ohnuki S, Sukegawa Y, Okada H, Obara K, Kihara A, Suzuki K, Kojima T, Yachie N, Hirata D & Ohya Y
  • 雑誌名: Molecular Biology of the Cell 巻: 28 号: 9 ページ: 3415-3427
  • DOI: 10.1101/gr.211649.116
  • 査読あり
• [雑誌論文] Yeast genetic interaction screen of human genes associated with amyotrophic lateral sclerosis: identification of MAP2K5 kinase as a potential drug target (2017)
  • 著者名/発表者名: Jo M, Chung AY, Yachie N, Seo M, Jeon H, Nam Y, Seo Y, Kim E, Zhong Q, Vidal M, Park HC, Roth FP & Suk K
  • 雑誌名: Genome Research 巻: 27 ページ: 1487-1500
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAバーコードおよびゲノム編集用いた細胞系譜の一斉追跡技術 (2017)
  • 著者名/発表者名: 石黒 宗, 森 秀人 & 谷内江 望
  • 雑誌名: 生体の科学 巻: 68 ページ: 273-281
• [雑誌論文] オミクス科学における実験数の組合せ爆発に挑むDNAバーコード技術 (2017)
  • 著者名/発表者名: 石黒 宗, 増山 七海 & 谷内江 望
  • 雑誌名: 生化学 巻: 89 ページ: 538-545
• [雑誌論文] Siri of the Cell---生物学はiPhoneから何を学べるだろうか (2017)
  • 著者名/発表者名: Anne-Ruxandra Carvunis & Trey Ideker 翻訳：森 秀人 & 谷内江 望
  • 雑誌名: 実験医学別冊あなたのラボにAI×ロボットがやってくる 巻: NA ページ: 116-123
• [雑誌論文] AI・LabDroidと交わす言葉をつくりだす (2017)
  • 著者名/発表者名: 山本-エヴァンス 楠, 谷内江 望
  • 雑誌名: 実験医学別冊あなたのラボにAI×ロボットがやってくる 巻: NA ページ: 124-129
• [雑誌論文] 長鎖DNA合成のオートメーション化による生命科学の未来 (2017)
  • 著者名/発表者名: 谷内江 望
  • 雑誌名: 実験医学別冊 あなたのラボにAI×ロボットがやってくる 巻: NA ページ: 80-91
• [雑誌論文] Robotic crowd biology with Maholo LabDroids. (2017)
  • 著者名/発表者名: Yachie N; Robotic Biology Consortium (inc. Masaki Matsumoto)., Natsume T.
  • 雑誌名: Nature Biotechnology 巻: 35 号: 4 ページ: 310-312
  • DOI: 10.1038/nbt.3758
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] タンパク質間相互作用ネットワークの超高速マッピング (2017)
  • 著者名/発表者名: 増山七海, 山本-エヴァンス 楠 & 谷内江望
  • 雑誌名: バイオサイエンスとインダストリー 巻: 75
  • NAID: 40021066275
• [雑誌論文] DNAバーコードによる生命科学実験の限界突破 (2017)
  • 著者名/発表者名: 石黒 宗, 森 秀人 & 谷内江 望
  • 雑誌名: 実験医学増刊 巻: 35
• [雑誌論文] Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems (2016)
  • 著者名/発表者名: Nishida, K., Arazoe, T., Yachie, N., Banno, S., Kakimoto, M., Tabata, M., Mochizuki, M., Miyabe, A., Araki, M., Hara, K.Y., Shimatani, Z. and Kondo, A.
  • 雑誌名: Science 巻: 353 号: 6305 ページ: 6305-6305
  • DOI: 10.1126/science.aaf8729
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] バーコードフージョン遺伝学 (2016)
  • 著者名/発表者名: 山本-エヴァンス 楠, 増山 七海 & 谷内江 望
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 259 ページ: 832-838
• [雑誌論文] Pooled-matrix protein interaction screens using Barcode Fusion Genetics (2016)
  • 著者名/発表者名: Yachie N, Petsalaki E, Mellor JC, Weile J, Jacob Y, Verby M, Ozturk SB, Li S, Cote AG, Mosca R, Knapp JJ, Ko M, Yu A, Gebbia M, Sahni N, Yi S, Tyagi T, Sheykhkarimli D, Roth JF, Wong C, Musa L, Snider J, Liu Y-C, Yu H, Braun P, Stagljar I, Hao T, Calderwood MA, Pelletier L, Aloy P, Hill DE, Vidal M & Roth FP
  • 雑誌名: Molecular Systems Biology 巻: 12 号: 4
  • DOI: 10.15252/msb.20156660
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The Effects of Cis-Regulatory Mutations in the SUL1 Gene on Sulfate-Limited Fitness in Yeast (2016)
  • 著者名/発表者名: Rich MS, Payen C, Rubin AF, Ong GT, Sanchez MR, Yachie N, Dunham MJ & Fields S
  • 雑誌名: Genetics 巻: TBA 号: 1 ページ: 191-202
  • DOI: 10.1534/genetics.116.188037
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著