| 研究課題/領域番号 |
15K18590
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生物多様性・分類
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| 研究機関 | 琉球大学 (2016)
東北大学 (2015) |
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研究代表者 |
佐藤 行人 琉球大学, 戦略的研究プロジェクトセンター, 特命講師 (20566418)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2015年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | 環境DNA / 魚類 / 脊椎動物 / 次世代シークエンサー / ビッグデータ / 解析パイプライン / 環境生態 / ミトコンドリアDNA / メタバーコーディング |
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| 研究成果の概要 |
海水や河川水など環境媒質の懸濁物として存在する動物由来物（粘液・鱗・皮膚片・排泄物等）をDNA分析することで、生息する動物を網羅検出する「環境DNA解析」のためのデータ解析パイプラインを作成した。本研究では主に脊椎動物ミトコンドリアゲノムの12S-rRNA部分配列（約170塩基）を種判別マーカーとしたメタバーコーディング解析を行い、次世代シークエンサーで得る1,000万本単位の配列について、クオリティ・フィルタリング等の前処理と、オリジナル配列データベースとの照合解析を自動化した。さらにLODスコアによる結果の定量的評価や分子系統解析の機能を実装し、多様性評価や新種発見に活用できるようにした。
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