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タンパク質電子構造DBシステムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 15K20929
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生命・健康・医療情報学
システムゲノム科学
研究機関東京大学

研究代表者

平野 敏行  東京大学, 生産技術研究所, 助教 (60451887)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード蛋白質 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / 電子状態 / 電子状態計算 / タンパク質 / 量子化学 / 分子軌道計算 / 波動関数 / 自動計算
研究成果の概要

タンパク質電子状態計算において、計算構造モデリングの自動化とQCLO法に基づく電子状態計算の自動化に関する研究開発を行い、タンパク質電子状態データベースへの計算事例追加をより加速させるための基盤技術を確立した。YAML形式の入力ファイルを採用することで、プログラミングなしに安全かつ簡便にQCLO法を利用したタンパク質電子状態計算が可能となった。開発したソースコードはインターネット上に公開済みである。

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2017 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うちオープンアクセス 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] カノニカル分子軌道計算に基づく線形回帰法を用いたタンパク質原子電荷の開発2016

    • 著者名/発表者名
      金泰煥, 平野敏行, 佐藤文俊
    • 雑誌名

      生産研究

      巻: 68 ページ: 213-217

    • NAID

      130005153090

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 量子化学計算によるオキシトシンの安定構造に関する研究2016

    • 著者名/発表者名
      紀平昌吾, 平野敏行, 佐藤文俊
    • 雑誌名

      生産研究

      巻: 68 ページ: 219-223

    • NAID

      130005153091

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] タンパク質の美しき電子の世界2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤文俊, 平野敏行
    • 学会等名
      日本農芸化学会2017
    • 発表場所
      京都女子大学 (京都)
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A theoretical study of glucose oxidase using canonical molecular orbital calculation2017

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato
    • 学会等名
      The 57th Sanibel Symposium
    • 発表場所
      St. Simons Island (米国)
    • 年月日
      2017-02-19
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 罰則付き回帰法に基づくタンパク質原子電荷の計算と性質2016

    • 著者名/発表者名
      平野敏行, 佐藤文俊
    • 学会等名
      第39回ケモインフォマティクス討論会
    • 発表場所
      静岡大学 (浜松)
    • 年月日
      2016-09-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] グリッドフリー密度汎関数計算におけるエネルギー勾配計算2016

    • 著者名/発表者名
      平野敏行, 佐藤文俊
    • 学会等名
      第10回分子科学討論会
    • 発表場所
      神戸ファッションマート (神戸)
    • 年月日
      2016-09-13
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] An effective grid-free approach based on the third-generation density-functional-theory calculation method2016

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato
    • 学会等名
      The 56th Sanibel Symposium
    • 発表場所
      St. Simons Island (米国)
    • 年月日
      2016-02-14
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] グルコースオキシダーゼ反応機構の理論研究2016

    • 著者名/発表者名
      平野敏行, 佐藤文俊
    • 学会等名
      第3回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • 発表場所
      コクヨホール (東京)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] A Third-generation Density Functional Calculation Program: ProteinDF2015

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato
    • 学会等名
      Pacifichem 2015
    • 発表場所
      Honolulu (米国)
    • 年月日
      2015-12-15
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分散メモリ型超並列計算機に向けた大規模カノニカル分子軌道計算法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      平野敏行
    • 学会等名
      High Performance Computing Chemistry 2015
    • 発表場所
      理化学研究所(神戸)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子化学シミュレーションで観察するタンパク質2015

    • 著者名/発表者名
      平野敏行
    • 学会等名
      東海コンファレンス
    • 発表場所
      信州大学(長野)
    • 年月日
      2015-10-07
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 第三世代密度汎関数計算法の進展2015

    • 著者名/発表者名
      平野 敏行, 王 笛申, 佐藤文俊
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 発表場所
      東京工業大学(東京)
    • 年月日
      2015-09-16
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 自由なフラグメント分割可能な QCLO 法プログラムの開発2015

    • 著者名/発表者名
      平野敏行, 佐藤文俊
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪)
    • 年月日
      2015-05-20
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [備考] ProteinDF software package

    • URL

      https://proteindf.github.io/

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書 2015 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-22  

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