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超ロングリードを用いた包括的全ゲノム配列解析の確立と神経疾患解明への応用

研究課題

研究課題/領域番号 15K20941
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 人類遺伝学
神経内科学
研究機関東京大学

研究代表者

石浦 浩之  東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40632849)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2015年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードロングリードシーケンス / 全ゲノム配列解析 / 神経変性疾患 / ハプロタイプ解析
研究成果の概要

神経疾患の原因としては、一塩基多型や小さな挿入・欠失変異のみならず、構造変異やリピート伸長変異といった変異が原因となることがある。現在中心的に行われているshort readのシーケンスでは、構造変異などの変異を十分には検出することができず、またエクソーム解析では非翻訳領域やイントロンの変異を検出することができない。本研究では、短鎖シーケンサーによる全ゲノム配列解析に加えて、長鎖シーケンサーによる全ゲノム配列解析を施行した。短鎖シーケンサーでは解析しきれない変異が長鎖シーケンサーで検出できた例もあり、本方法は今後神経疾患の原因究明のために有用であると考える。

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 1件)

  • [雑誌論文] SCD・MSA病型の新研究 遺伝型の最新研究進歩2016

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 雑誌名

      難病と在宅ケア

      巻: 22 ページ: 23-26

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノムビッグデータの解析2016

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 雑誌名

      神経内科

      巻: 84 ページ: 585-589

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] 次世代シーケンサー、次々世代シーケンサーとクリニカルシーケンシング2016

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 雑誌名

      遺伝子医学MOOK

      巻: -

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] 神経遺伝医学研究の歴史的背景と今後の課題2016

    • 著者名/発表者名
      辻省次、三井純、石浦浩之
    • 雑誌名

      遺伝子医学MOOK

      巻: -

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Epidemiology and molecular mechanism of frontotemporal lobar degeneration/amyotrophic lateral sclerosis with repeat expansion mutation in C9orf72.2015

    • 著者名/発表者名
      Ishiura H, Tsuji S.
    • 雑誌名

      J Neurogenet

      巻: 29 号: 2-3 ページ: 85-94

    • DOI

      10.3109/01677063.2015.1085980

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-22  

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