大規模ベイジアンネットワーク構造探索並列アルゴリズムの研究

• 研究課題/領域番号: 15K20965
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 計算科学; 知能情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 玉田 嘉紀 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (80435495)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円); 2016年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2015年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: ベイジアンネットワーク / グラフ探索アルゴリズム / 並列アルゴリズム / 最適DAG探索アルゴリズム / 大規模並列計算

研究成果の概要

2次元トーラスネットワークを持つスーパーコンピュータ向けの最適DAG探索アルゴリズムを研究・開発し、FX10 4800計算ノードを用いて36変数200サンプルの DAG 探索（ベイジアンネットワーク）に11時間38分で計算させることに成功した。36変数の最適DAG探索が可能なことを示した世界初の成果である。その後、本アルゴリズムを改良し京コンピュータ20768計算ノードを用いて37変数の最適DAG探索に成功し現在論文準備中である。

研究成果

• [雑誌論文] Efficient Parallel Algorithm for Optimal DAG Structure Search on Parallel Computer with Torus Network (2016)
  • 著者名/発表者名: H. Honda, Y. Tamada, R. Suda
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science 巻: 10048 ページ: 483-502
  • DOI: 10.1007/978-3-319-49583-5_37
  • ISBN: 9783319495828, 9783319495835
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 「京」を使った大規模データ解析によるがんのシステム異常の網羅的解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 宮野 悟, 伊東 聰, Heewon Park, 白石 友一, 島村 徹平, 玉田 嘉紀, 井元 清哉
  • 雑誌名: 実験医学増刊 巻: 34 ページ: 733-738
• [雑誌論文] The hnRNP-Htt axis regulates necrotic cell death induced by transcriptional repression through impaired RNA splicing (2016)
  • 著者名/発表者名: Y. Mao, T. Tamura, Y. Yuki, D. Abe, Y. Tamada, S. Imoto, H. Tanaka, H. Homma, K. Tagawa, S. Miyano and H. Okazawa
  • 雑誌名: Cell Death and Disease 巻: 7 号: 4 ページ: e2207-e2207
  • DOI: 10.1038/cddis.2016.101
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Elevated β-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakata A, Yoshida R, Yamaguchi R, Yamauchi M, Tamada Y, Fujita A, Shimamura T, Imoto S, Higuchi T, Nomura M, Kimura T, Nokihara H, Higashiyama M, Kondoh K, Nishihara H, Tojo A, Yano S, Miyano S, Gotoh N
  • 雑誌名: Scientific Report 巻: 5 号: 1 ページ: 13076-13076
  • DOI: 10.1038/srep13076
  • NAID: 120005764206
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Oncogenic roles of TOPK and MELK, and effective growth suppression by small molecular inhibitors in kidney cancer cells (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Kato, H. Inoue, S. Imoto, Y. Tamada, T. Miyamoto, Y. Matsuo, Y. Nakamura and J.H. Park
  • 雑誌名: Oncotarget 巻: 7 号: 14 ページ: 17652-17664
  • DOI: 10.18632/oncotarget.7755
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] Cancer Genome Research with Gene Network Analysis using Bayesian Networks (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Tamada
  • 学会等名: The second Workshop on Advanced Methodologies for Bayesian Networks
  • 発表場所: Hiyoshi Campus, Keio University, 神奈川県横浜市
  • 年月日: 2015-11-18
  • 国際学会
• [学会発表] The Cancer Network Galaxy: A Database of Cancer Gene Networks Estimated by SiGN-BN with K (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Tamada, G. Tremmel, A. Niida, R. Yamaguchi, S. Imoto, and S. Miyano
  • 学会等名: Supercomputational Life Science 2015
  • 発表場所: Takeda Hall, The University of Tokyo, 東京都文京区
  • 年月日: 2015-10-20
  • 国際学会
• [備考] SiGN-BN
  • URL: http://sign.hgc.jp/signbn/index.html