腫瘍内エピゲノム不均一性を解明する1細胞クロマチン構造解析技術の開発

• 研究課題/領域番号: 15K21113
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 腫瘍生物学; 人類遺伝学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 田中 梓 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(PD) (70749796)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2016年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2015年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: エピゲノム / 細胞分化 / 成人T細胞白血病 / クロマチン

研究成果の概要

エピゲノムの異常をターゲットとした創薬の開発が期待される一方、多種多様なヒストンマークを1つずつ調べる従来の手法では、エピゲノムの全体像を理解することは難しい。そこで本研究では、オープンクロマチン領域をゲノムワイドで検出するATAC-seqという技術に改良を加え非常に少数の細胞を用いたクロマチン構造解析を行った。細胞数の限られる成人T細胞白血病(ATL)の臨床サンプル30例のクロマチン構造を健常人サンプルと比較解析することでATLで特異的に機能が亢進している転写因子と、機能が減弱している転写因子の絞り込みを行った。

研究成果

• [雑誌論文] HTLV-1 Alters T Cells for Viral Persistence and Transmission (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Azusa、Matsuoka Masao
  • 雑誌名: Frontiers in Microbiology 巻: 9 ページ: 461-461
  • DOI: 10.3389/fmicb.2018.00461
  • NAID: 120006697284
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Autologous Induced Stem Cell-Derived Retinal Cells for Macular Degeneration (2017)
  • 著者名/発表者名: M. Mandai, A. Watanabe, Y. Kurimoto, 他36名
  • 雑誌名: New England Journal of Medicine 巻: 376 号: 11 ページ: 1038-1046
  • DOI: 10.1056/nejmoa1608368
  • 査読あり
• [雑誌論文] Myotonic dystrophy type 1 patient-derived iPSCs for the investigation of CTG repeat instability. (2017)
  • 著者名/発表者名: Ueki J, Nakamori M, Nakamura M, Nishikawa M, Yoshida Y, Tanaka A, Morizane A, Kamon M, Araki T, Takahashi MP, Watanabe A, Inagaki N, Sakurai H.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 13 号: 1 ページ: 42522-42522
  • DOI: 10.1038/srep42522
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Epigenetic Variation between Human Induced Pluripotent Stem Cell Lines Is an Indicator of Differentiation Capacity (2016)
  • 著者名/発表者名: ③M. Nishizawa, K. Chonabayashi, M. Nomura, A. Tanaka, M. Nakamura, A. Inagaki, M. Nishikawa, I. Takei, A. Oishi, K. Tanabe, M. Ohnuki, H. Yokota, M. Koyanagi-Aoi, K. Okita, A. Watanabe, A. Takaori-Kondo, S. Yamanaka, Y. Yoshida
  • 雑誌名: Cell Stem Cell 巻: 19 号: 3 ページ: 341-354
  • DOI: 10.1016/j.stem.2016.06.019
  • 査読あり
• [雑誌論文] OVOL2 Maintains the Transcriptional Program of Human Corneal Epithelium by Suppressing Epithelial-to-Mesenchymal Transition (2016)
  • 著者名/発表者名: ④K. Kitazawa, T. Hikichi, T. Nakamura, K. Mitsunaga, A. Tanaka, M. Nakamura, T. Yamakawa, S. Furukawa, M. Takasaka, N. Goshima, A. Watanabe, K. Okita, S. Kawasaki, M. Ueno, S. Kinoshita, S. Masui
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: 15 号: 6 ページ: 1359-1368
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2016.04.020
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 成人T細胞白血病細胞のクロマチン構造解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田中 梓, 安永 純一朗, 藤本 明洋, 松岡 雅雄
  • 学会等名: 第4回日本HTLV-1学会学術集会
• [学会発表] Human T-cell leukemia virus alters the epigenetic landscape and core regulatory circuitry in infected cells (2017)
  • 著者名/発表者名: Azusa Tanaka, Jun-ichirou Yasunaga, Masao Matsuoka, Akihiro Fujimoto
  • 学会等名: Keystone Symposia Conference: Single Cell Omics
  • 国際学会
• [学会発表] Dynamics of Epigenome During CardiacDifferentiation: A New Approach to Chromatin Status at Ultra-low Level (2015)
  • 著者名/発表者名: 田中梓、中村正裕、渡辺亮
  • 学会等名: 第40回 内藤コンファレンス
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2015-09-15