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変異に対して頑強なゲノムの進化的構築

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0078
研究種目

基盤研究(B)

配分区分基金
応募区分特設分野
研究分野 構成的システム生物学
研究機関東京大学 (2017-2018)
大阪大学 (2015-2016)

研究代表者

津留 三良  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)

研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)
2017年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2016年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2015年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワードゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ / 大腸菌 / 変異率 / 進化 / ゲノム進化 / 進化生物学
研究成果の概要

本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じやすいことが分かった。これらの発見は、生じた変異への頑強さを付与する遺伝子の同定だけでなく、変異そのものが生じにくいゲノムを設計する上で重要な基礎的知見であると考えられる。

研究成果の学術的意義や社会的意義

変異は、遺伝情報に生じるエラーであり、病気の原因となるだけでなく、有用物質の生産性を低下させる原因になるなど、私たちの日常社会と深い関わりがあります。そのため、変異や変異の影響を抑制する原理の発見や技術開発が多くの学術分野で望まれています。本研究で得られた成果は、変異が細胞の増殖に与える悪影響に注目し、どのような遺伝子群が変異の有害作用の抑制に関わっており、どのような塩基配列であれば変異そのものが生じにくくなるかについて、示唆に富む情報を提供しています。本研究で得られた情報を基礎として発展させれば、変異に頑強でより安定な人工ゲノムを開発するなどの応用が可能になると期待されます。

報告書

(5件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2019 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 8件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 6件)

  • [国際共同研究] University of Exeter/Newcastle university(United Kingdom)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Exeter(英国)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Development of an Automated UV Irradiation Device for Microbial Cell Culture2018

    • 著者名/発表者名
      Shibai Atsushi、Tsuru Saburo、Yomo Tetsuya
    • 雑誌名

      SLAS TECHNOLOGY: Translating Life Sciences Innovation

      巻: 2472630318800283 号: 3 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1177/2472630318800283

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Enhancement of K-strategy evolution in histidine utilization using a container with compartments2018

    • 著者名/発表者名
      Komori Takahiro、Shibai Atsushi、Saito Hiromi、Akeno Yuya、Germond Arno、Horinouchi Takaaki、Furusawa Chikara、Tsuru Saburo
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 23 号: 10 ページ: 893-903

    • DOI

      10.1111/gtc.12640

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mutation accumulation under UV radiation in Escherichia coli2017

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Shibai, Yusuke Takahashi, Yuka Ishizawa, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7(14531) 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41598-017-15008-1

    • NAID

      120007128813

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Density-Dependent Recycling Promotes the Long-Term Survival of Bacterial Populations during Periods of Starvation2017

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Takano, Bogna J. Pawlowsk, Ivana Gudelj, Tetsuya Yomo, Saburo Tsuru
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 8 号: 1 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1128/mbio.02336-16

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Molecular Clock of Neutral Mutations in a Fitness-Increasing Evolutionary Process2015

    • 著者名/発表者名
      Kishimoto T, Ying BW, Tsuru S, Iijima L, Suzuki S, Hashimoto T, Oyake A, Kobayashi H, Someya Y, Narisawa D, Yomo T
    • 雑誌名

      PLOS Genetics

      巻: 11(7) 号: 7 ページ: 1-18

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005392

    • NAID

      120007136182

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolutionary Consequence of a Trade-Off between Growth and Maintenance along with Ribosomal Damages2015

    • 著者名/発表者名
      Ying BW, Honda T, Tsuru S, Seno S, Matsuda H, Kazuta Y, Yomo T
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 10(8) 号: 8 ページ: e0135639-e0135639

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0135639

    • NAID

      120007136183

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genomic confirmation of nutrient-dependent mutability of mutators in Escherichia coli2015

    • 著者名/発表者名
      Tsuru S, Ishizawa Y, Shibai A, Takahashi Y, Motooka D, Nakamura S, Yomo T
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 20(12) 号: 12 ページ: 972-981

    • DOI

      10.1111/gtc.12300

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The propagation of perturbations in rewired bacterial gene networks2015

    • 著者名/発表者名
      Rebecca Baumstark, Sonja H?nzelmann, Saburo Tsuru, Yolanda Schaerli, Mirko Francesconi, Francesco M. Mancuso, Robert Castelo & Mark Isalan
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6(10105) 号: 1

    • DOI

      10.1038/ncomms10105

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] トランスポゾーム発現大腸菌によるゲノム縮小の進化実験2019

    • 著者名/発表者名
      金井雄樹, 津留三良, 古澤力
    • 学会等名
      定量生物学の会第九回年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 高変異率条件における細菌の長期実験進化2018

    • 著者名/発表者名
      芝井厚, 堀之内貴明, 古澤力, 津留三良
    • 学会等名
      日本進化学会第20回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 分子進化速度の発現量依存性2018

    • 著者名/発表者名
      分子進化速度の発現量依存性
    • 学会等名
      新学術領域:進化制約方向性理論情報交換会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] A persisting constraint on the rate of protein sequence evolution2018

    • 著者名/発表者名
      Saburo Tsuru
    • 学会等名
      46th Naito Conference
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] タンパク質の進化速度における進化的制約の持続性2018

    • 著者名/発表者名
      津留三良, 芝井厚, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      第12回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌ゲノムへの遺伝子不活化変異の蓄積2018

    • 著者名/発表者名
      芝井厚, 津留三良, 堀之内貴明, 古澤力
    • 学会等名
      12回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質の進化速度における進化的制約の持続性2018

    • 著者名/発表者名
      津留三良
    • 学会等名
      第43回生命の起源および進化学会学術講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞の増殖能力は変異に対してどれほど頑強か2017

    • 著者名/発表者名
      芝井厚, 石澤裕佳, 高橋祐輔, 元岡大祐, 中村昇太, 津留三良
    • 学会等名
      日本進化学会第19回大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] バクテリアの長期定常期における密度依存的なリサイクリング活動2017

    • 著者名/発表者名
      高野壮太朗, Pawlowska Bogna J., Gudelj Ivana, 四方哲也, 津留三良
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Maintenance of bacterial population survival during starvation realised by interactions between dead and viable cells2016

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Takano, Saburo Tsuru
    • 学会等名
      International Conference on Systems Biology 2016 (ICSB 16)
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2016-09-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Prediction and experimental verification of experimental evolution of Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Shibai, Shigeto Seno, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Yoshihiro Sakatani, Mari Otokura, Hiromi Saito, Taro Furubayashi, Chikara Furusawa, Norikazu Ichihashi, Saburo Tsuru
    • 学会等名
      16th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 16)
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      2016-08-21
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Modeling of bacterial persistence by population density-dependent recycling during long-term starvation2016

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Takano, Bogna J. Pawlowska, Ivana Gudelj, Saburo Tsuru
    • 学会等名
      16th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 16)
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      2016-08-21
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reductive evolution towards primitive life: What will we see?2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Shibai, Daisuke Motooka, Shota Nakamura and Saburo Tsuru
    • 学会等名
      The 15th International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems
    • 発表場所
      Cancun, Mexico
    • 年月日
      2016-07-04
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 栄養依存的な変異率のゲノムワイドな実証2016

    • 著者名/発表者名
      津留 三良、石澤 裕佳、芝井 厚、高橋 佑輔、元岡 大祐、中村 昇太
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京工業大学 大岡山キャンパス(東京)
    • 年月日
      2016-03-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Mutation accumulation of bacterial genome toward genomic inactivation2015

    • 著者名/発表者名
      Saburo Tsuru, Atsushi Shibai
    • 学会等名
       第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(金沢)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Bacterial genome reduction through experimental evolution2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Shibai, Saburo Tsuru,Tetsuya Yomo
    • 学会等名
      QBiC Symposium 2015
    • 発表場所
      RIKEN Quantitative Biology Center (QBiC)(大阪)
    • 年月日
      2015-08-24
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2015-07-14   更新日: 2020-03-30  

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