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一塩基多型(SNPs)検出のための修飾DNAアプタマーの創製

研究課題

研究課題/領域番号 16011206
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関群馬大学

研究代表者

桑原 正靖  群馬大学, 工学部, 助手 (40334130)

研究期間 (年度) 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
2004年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
キーワード核酸 / 有機化学 / バイオテクノロジー / 生体生命情報学
研究概要

ミスマッチ、バルジ、インターナルループなど二重鎖核酸中の非ワトソン?クリック塩基対部位に特異的に結合する分子は、一塩基多型(SNPs)など遺伝子型の違いを検出するのに利用できる。例えば、患者のあるmRNAのcDNAとそれに対応する健常者のDNAをハイブリダイズ(結合)させると、塩基配列中に一塩基多型部位が存在するなら、その部位でシングルミスマッチ構造が生じる。これに蛍光物質などで標識化した「非ワトソン?クリック塩基対結合分子」を加えることでSNPsの存在を知ることができる。このような非ワトソン?クリック塩基対に特異的に結合する分子として修飾DNAアプタマーの創製を試験管内選択法によって試みた。ヒトステロイド5-αレダクターゼ(SRD5A1)遺伝子の一塩基多型領域をターゲットとしてアミノ基修飾DNAアプタマーの試験管内選択を進めたところ、ミスマッチ構造を含む二重鎖DNAターゲットに対して親和性を示すものの濃縮が確認された。そこで濃縮された修飾DNAライブラリをクローニングによって単離し、ターゲットに対する親和性をそれぞれアッセイしたところ、ミスマッチ構造を含むターゲットに対して優位に結合するいくつかのアミノ基修飾DNAアプタマーを見出した。ゲルシフト法(gel-shift assay)やSPR(表面プラズモン共鳴)法を用いて、ターゲットに対する結合解離定数や結合特異性の測定を行い、さらに円偏光二色性スペクトルや熱融解曲線の測定および一次配列解析によって、導入された修飾基が分子認識にもたらす効果について知見を得ることが期待できる。

報告書

(1件)
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2004

すべて 雑誌論文 (3件)

  • [雑誌論文] Sialyllactose-binding modified DNA aptamer bearing additional functionality by SELEX2004

    • 著者名/発表者名
      Masud M.Mohammad, Masayasu Kuwahara, Hiroaki Ozaki, Hiroaki Sawai
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry 12(5)

      ページ: 1111-1120

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Screening of modified DNA aptamers that recognize DNA secondary structure2004

    • 著者名/発表者名
      Masayasu Kuwahara, Toshiyuki Kasamatsu, Masatoshi Hasegawa, Atsushi Shoji, Hiroaki Ozaki, Hiroaki Sawai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.Sym.Ser. 48

      ページ: 265-266

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 5位置換ピリミジンヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドの合成とその性質2004

    • 著者名/発表者名
      尾崎広明, 桑原正靖 澤井宏明
    • 雑誌名

      有機合成化学協会誌 62(12)

      ページ: 1238-1248

    • NAID

      10014119789

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2018-03-28  

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