多型マイクロサテライトを用いた東アジア人の遺伝的特性に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号	16012260
研究種目	特定領域研究
配分区分	補助金
審査区分	生物系
研究機関	独立行政法人産業技術総合研究所
研究代表者	田宮元独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 研究員 (10317745)
研究期間 (年度)	2004
研究課題ステータス	完了 (2004年度)
配分額 *注記	5,000千円 (直接経費: 5,000千円) 2004年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
キーワード	東アジア人 / 連鎖不平衡 / ヒトゲノム / マイクロサテライト / SNP / ハプロタイプ
研究概要	現在、ヒトゲノム上に多くの多型マーカーが同定され、これを利用した連鎖不平衡マッピングにより、多遺伝子性疾患関連遺伝子の同定が試みられようとしている。一方で、そのような解析に必須となる人類集団の遺伝的特性に関する知見は少なく、特に日本人など東アジア人集団における情報は非常に少ない。疾患によっては、民族集団をうまく用いたエスニックマッピングを行うことが必須と考えられ始めている。申請者はこれまで、多型マイクロサテライトをゲノム全体にわたり約100kbに1個という高密度で配置するという研究を行ってきた。そこで、本研究は、これら約30,000個にもおよぶ多型マイクロサテライトを利用して、東アジア人の遺伝的特性やその進化的類縁関係を研究することを目的とした。平成16年度は、350人の日本人DNAを用い、上記領域に存在する多型マイクロサテライトマーカー計50個に関してPCR増幅を行い、遺伝子型判定を行った。マイクロサテライトマーカーの近傍に散在する計193個のSNPsについて公的DBから選択し、TaqMan法を用いたタイピングを行った。最尤推定法による遺伝子頻度の計算を行い、ハーディ・ワインベルグ平衡検定を行った。また、隣り合う2遺伝子座間のハプロタイプ頻度と連鎖不平衡強度を推定した。その結果、マイクロサテライトで連鎖不平衡が観察された領域では、同じくSNPsでも連鎖不平衡が観察され、SNPsマーカーによるLDブッロク上のハプロタイプと特定のマイクロサテライト対立遺伝子が対応関係にあることが観察された。もっとも強い連鎖不平衡は6p21.3に見出された。以上の得られた情報(多型情報、ハプロタイプ情報、統計指標ほか)をデータベース化するための設計を行った。また、グラフィカルな結果表示機能を持たせるためのツール開発を行った。