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遺伝子同時転写単位同定にもとづく新規DNA修復関連タンパク質の予測

研究課題

研究課題/領域番号 16014227
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関特殊法人日本原子力研究所

研究代表者

由良 敬  特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 副主任研究員 (50252226)

研究期間 (年度) 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2004年度: 2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
キーワードゲノム / DNA修復 / 蛋白質 / 転写 / 発現制御
研究概要

本研究では、放射線抵抗性細菌であるDeinococcus radioduransをモデル生物として、機能未知遺伝子がコードするタンパク質の中から新規のDNA修復関連タンパク質を予測し実証実験によって予測を確かめることを試みた。D. zadioduransの全ゲノム配列を取得し、Open Reading Frame (ORF) をアサインした。ORF間スペーサー領域の塩基数を測定して、既知のオペロンにおけるスペーサー領域の塩基数をもとに、新規オペロンの推定をおこなうことができた。推定オペロンと開発継続中のDNA修復関連タンパク質のデータベースを組み合わせることで、D. radioduransのゲノムからDNA修復関連タンパク質とともにオペロンを形成する機能未知遺伝子を見いだした。これら遺伝子はDNA修復関連タンパク質と同時に転写される可能性がある。これら遺伝子のうち、約60%が新規のDNA修復関連タンパク質であろうことを理論的にみつもることができた。新規DNA修復関連タンパク質と推定された遺伝子の中から数個を選び、日本原子力研究所高崎研究所において実証実験をおこなった。その結果、これらの機能未知タンパク質をコードする遺伝子のうち、2っはDNA修復関連タンパク質をコードしていることが実証できた。ひとつはDNA架橋剤による損傷修復に関与する亜鉛フィンガーをもつD. zadioduTansとその近縁種にのみみられる遺伝子であり (Kiuchi et al., J. Bacteriol. 投稿中)、もう一つはγ線損傷の修復に関連するアセチル転移酵素と推定された (Yura, Narumi, et al., Mol. Microbio1. 投稿準備中)。

報告書

(1件)
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて 2004

すべて 図書 (1件)

  • [図書] 基礎と演習バイオインフォマティクス(第6章 データベースの構築と活用)(郷 道子、 高橋建一編)2004

    • 著者名/発表者名
      由良 敬(分担執筆)
    • 総ページ数
      220
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2018-03-28  

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