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分散共有メモリクラスタを用いた疎行列線形代数演算ライブラリの効率的な実装技術

研究課題

研究課題/領域番号 16016225
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関東京大学

研究代表者

西田 晃  東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 助手 (60302808)

研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
11,400千円 (直接経費: 11,400千円)
2005年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
2004年度: 6,400千円 (直接経費: 6,400千円)
キーワードソフトウェア学 / 計算機システム / ハイパフォーマンス・コンピューティング / シミュレーション工学 / 計算物理 / 疎行列線形代数演算ライブラリ / 並列処理 / ソフトウェア分散共有メモリ / PCクラスタ / 高性能ネットワーク / コモディティ技術 / InfiniBand / PCI Express
研究概要

本研究では,コモディティハードウェアによる高性能な計算環境の実現を目的として,PCI Express技術を用いたクラスタ環境を構築し,比較対象として分散共有メモリ型並列計算機のSGI Altix 3700を用いてその性能を評価するとともに,コモディティ技術の可能性と実装上の問題について検討した.GbEネットワークおよびInfiniBandネットワークを使用した疎行列反復解法ライブラリでの評価の結果,同一の計算性能,レイテンシのネットワークにおいても,帯域幅が小さい場合にはスケーラビリティに限界があり,性能低下が見られることが分かった.このことは,疎行列線形計算においては(レイテンシよりも)帯域幅が性能を制約していることを示している.また,Altixとの比較結果から,PCI Express技術の活用によって既存の並列計算機を上回る計算性能が実際にコモディティハードウェア上で得られることを示した.
さらに,平成17年度10月からは,より大規模な構成のOpteronサーバと複数のPCI Expressスロットを利用した広帯域なクラスタシステムを構築するとともに,筑波大学の協力を得て,MPIを通信レイヤに用いたソフトウェア分散共有メモリ環境向けOpenMPコンパイラOmni/SCASH MPIの移植・評価を行い,ソフトウェア分散共有メモリ技術の可能性と問題点について検討した.この結果,ノード間の通信帯域幅及びノード内のメモリ帯域幅の確保に重点を置いて計算環境を構築することにより,4-wayサーバを利用したクラスタ環境においても,スケーラブルな計算性能を実現できることを示した.ただし,疎行列処理においてはバリア同期等の前処理に必要なコストが他の計算に比べて大きいことから,ノード内での処理オーバヘッドを一層低減する必要があると考えられる.

報告書

(2件)
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2006 2005 2004 2003

すべて 雑誌論文 (15件)

  • [雑誌論文] 広帯域ネットワークを用いたソフトウェア分散共有目折の実現と性能評価2006

    • 著者名/発表者名
      西田 晃
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告 2006(20)

      ページ: 187-192

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Performance Evaluation of Parallel Sparse Matrix--Vector Products on SGI Altix37002006

    • 著者名/発表者名
      H.Kotakemori, H.Hasegawa, T.Kajiyama, A.Nukada, R.Suda, A.Nishida
    • 雑誌名

      Proceedings of First International Workshop on OpenMP (IWOMP2005) (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] SILC : a Flexible and Environment Independent Interface to Matrix Computation Libraries2006

    • 著者名/発表者名
      T.Kajiyama, A.Nukada, H.Hasegawa, R.Suda, A.Nishida
    • 雑誌名

      Proceedings of the Sixth International Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics (PPAM2005), (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] InfiniBandクラスタを用いた疎行列線形代数演算ライブラリの効率的な実装技術2005

    • 著者名/発表者名
      西田 晃
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告 2005(81)

      ページ: 97-102

    • NAID

      110002952257

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Evaluation of Parallel Aggregate Creation Orders : Smoothed Aggregation Algebraic Multigrid Method2005

    • 著者名/発表者名
      A.Fujii, A.Nishida, Y.Oyanagi
    • 雑誌名

      IFIP International Federation for Information Processing Vol.172

      ページ: 99-122

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Performance Evaluation of a Parallel Iterative Method Library using OpenMP2005

    • 著者名/発表者名
      H.Kotakemori, H.Hasegawa, A.Nishida
    • 雑誌名

      Proceedings of The 8th International Conference on High Performance Computing in Asia Pacific Region (HPC Asia 2005)

      ページ: 432-436

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Parallel Matrix Distribution Library for Sparse Matrix Solvers2005

    • 著者名/発表者名
      A.Fujii, R.Suda, A.Nishida
    • 雑誌名

      Proceedings of The 8th International Conference on High Performance Computing in Asia Pacific Region (HPC Asia 2005)

      ページ: 213-219

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] LAPACK in SILC : Use of a Flexible Application Framework for Matrix Computation Libraries2005

    • 著者名/発表者名
      T.Kajiyama, A.Nukada, H.Hasegawa, R.Suda, A.Nishida
    • 雑誌名

      Proceedings of The 8th International Conference on High Performance Computing in Asia Pacific Region (HPC Asia 2005)

      ページ: 205-212

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Network-aware Data Mapping on Parallel Molecular Dynamics2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Hourai, A.Nishida, Y.Oyanagi
    • 雑誌名

      Proceedings of 11th International Conference on Parallel and Distributed Systems (ICPADS2005)

      ページ: 126-132

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Performance Evaluation of Parallel AMG Preconditioned Conjugate Gradient Methods for Large Scale Eigenproblems2004

    • 著者名/発表者名
      A.Nishida
    • 雑誌名

      IPSJ SIC Notes 2004(20)

      ページ: 205-210

    • NAID

      110002774623

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Parallel AMG Preconditioned Conjugate Residual Methods for Nonsymmetric Eigenproblems and its Evalutation2004

    • 著者名/発表者名
      A.Nishida
    • 雑誌名

      IPSJ SIC Notes 2004(81)

      ページ: 85-90

    • NAID

      110002914116

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] The Evaluation of The Aggregate Creation Orders : Smoothed Aggregation Algebraic MultiGrid Method2004

    • 著者名/発表者名
      A.Fujii, A.Nishida, Y.Oyanagi
    • 雑誌名

      Proceedings of International Symposium on High Performance Computational Science and Engineering CDROM

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Performance Evaluation of Low Level Multithreaded BLAS Kernels on Intel Processor based cc-NUMA Systems2003

    • 著者名/発表者名
      A.Nishida, Y.Oyanagi
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 2858

      ページ: 500-510

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Parallel AMG Algorithm by Domain Decomposition2003

    • 著者名/発表者名
      A.Fujii, A.Nishida, Y.Oyanagi
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Advanced Computing Systems Vol.44,No.SIG 6

      ページ: 9-17

    • NAID

      110002952942

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Improvement and evaluation of Smoothed Aggregation MG for anisotropic problems2003

    • 著者名/発表者名
      A.Fujii, A.Nishida, Y.Oyanagi
    • 雑誌名

      Proceedings of Symposium on Advanced Computing Systems and Infrastructures

      ページ: 137-144

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2018-03-28  

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