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圧縮率からみた蛋白質の構造ゆらぎと機能発現機構

研究課題

研究課題/領域番号 16041231
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関広島大学

研究代表者

月向 邦彦  広島大学, 大学院理学研究科, 教授 (10023467)

研究分担者 片柳 克夫  広島大学, 大学院理学研究科, 助教授 (20291479)
大前 英司  広島大学, 大学院理学研究科, 助手 (30284152)
研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
9,100千円 (直接経費: 9,100千円)
2005年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
2004年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
キーワード蛋白質 / 圧縮率 / 構造ゆらぎ / 機能発現機構
研究概要

本年度は超音波音速測定装置を新しく立ち上げ,また,基準振動解析用コンピュータを整備し,実験・理論両面から種々の蛋白質系の構造・圧縮率・機能相関について調べた。得られた成果の概要を以下に示す。
ウシすい臓リボヌクレアーゼA(RNase A)を消化切断したリボヌクレアーゼS(RNase S)は,S-ペプチド(1-20残基)とS-プロテイン(21-124残基)の複合体であるにもかかわらず,その二次構造は切断前とほとんどかわらず,活性も80%程度保存されている。これらの断熱圧縮率は,RNase A>RNase S>S-プロテインの順に減少し,基準振動解析から得られた等温圧縮率の順序と一致した。このことから,20-21位での切断により分子全体のゆらぎはむしろ減少し,機能の低下をもたらしたものと考えられる。
基準振動解析により蛋白質のアミノ酸置換による等温圧縮率の違いを計算した。細胞壁分解酵素のリゾチームにおいて,ニワトリなどのキジ目(Galliforms)の蛋白質のアミノ酸配列には,コアを構成するThr40,Ile55,Ser91およびSer40,Val55,Thr91のいずれかのみが現存している。そこで本研究では,両者の野生型と,進化的中間体として可能性のある5種類の変異体について,それらの結晶構造をもとに基準振動解析により等温圧縮率を計算し,分子進化におけるゆらぎの役割について考察した。現存するニワトリとコリンウズラの野生型リゾチームには,各波数領域において同程度の体積のゆらぎが観測され,分子全体の等温圧縮率も一致することがわかった。しかし進化的中間体ではいずれも等温圧縮率は大きく,ゆらぎの大きい構造であったと推測される。また,これらの進化的中間体の等温圧縮率と酵素活性の間には正の相関がみられ,ゆらぎは機能発現に有利に働いていることが示唆された。

報告書

(2件)
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (8件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Effects of point mutation at a Met42 of Eschelichia coli dihydrofolate reductase on the stability and function2005

    • 著者名/発表者名
      Eiji Ohmae
    • 雑誌名

      J.Biochem. 137

      ページ: 643-652

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Vacuum-ultraviolet circular dichroism of L-alanine in aqueous solution investigated by time-dependent density functional theory2005

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Fukuyama
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem., A 109

      ページ: 6928-6933

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 1000気圧の環境下でもはたらくタンパク質の不思議:深海好圧性微生物の探索とその耐圧酵素2005

    • 著者名/発表者名
      加藤千明
    • 雑誌名

      BIONICS 2

      ページ: 36-41

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A linear correlation between the energetics of allosteric communication and protein flexibility in E.coli cyclic AMP receptor protein revealed by mutation-induced changes in compressibility and amide hydrogen/deuterium exchange2004

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Gekko
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 3844-3852

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] タンパク質の水和と分子体積・圧縮率2004

    • 著者名/発表者名
      月向邦彦
    • 雑誌名

      熱測定 31

      ページ: 186-193

    • NAID

      10029864630

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] キャビティー・部分体積・部分圧縮率2004

    • 著者名/発表者名
      月向邦彦
    • 雑誌名

      熱測定 31

      ページ: 200-200

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] ジヒドロ葉酸還元酵素のループ機能解析2004

    • 著者名/発表者名
      月向邦彦
    • 雑誌名

      生物物理 44

      ページ: 70-74

    • NAID

      110001158633

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Evolutional design of a hyper-active cysteine- and methionine -free mutant of Escherichia coli dihydrofolate reductase

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Iwakura
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] 部分体積と圧縮率「実験化学講座第5版 6巻 温度・熱・圧力」(日本化学会編)2005

    • 著者名/発表者名
      月向邦彦
    • 出版者
      丸善
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2018-03-28  

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