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アミノ酸配列単純化法を用いた蛋白質のフォールディング・溶解度を定量的に調べる研究

研究課題

研究課題/領域番号 16041247
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関東京農工大学

研究代表者

黒田 裕  東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究部, 助教授 (10312240)

研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
11,100千円 (直接経費: 11,100千円)
2005年度: 6,100千円 (直接経費: 6,100千円)
2004年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
キーワード蛋白質の折り畳み / 構造安定性 / 熱測定 / 溶解度 / 蛋白質と水 / シミュレーション
研究概要

天然蛋白質の配列は、その立体構造を決定する視点から、「雑音」となる様々な情報を含む。そこで、我々は以前、仔牛膵臓トリプシン阻害蛋白質(BPTI)の構造及び活性を変えずに、雑音となる情報の冗長性を除いた単純化アミノ酸配列の作製が可能であると実験的に示した。「単純化配列」とは、構造安定性への寄与が小さい残基位置をスペーサー役のアラニンに置き換えた配列を示す。本研究課題では、単純化酸配列からなる蛋白質と天然配列から成る蛋白質の比較から、蛋白質の構造形成・構造安定性及び溶解性の分子機構を、定量的に解明することを目指して研究を進め、以下の成果を得た。
1.配列を単純化した6種類のBPTI変異体(BPTI-[5,55],-21,-22,-26,-27)のDSC測定を行い、変生に伴うエンタルピー差(ΔH_<vH>及びΔH_<cal>)、エントロピー差(ΔS)、変性温度(Tm)と熱容量差(ΔCp)を求め、単純化配列からなる蛋白質の熱力学を初めて明らかにした(長岡技術大学・城所俊一博士と共同研究)。
2.BPTI-21に2つの変異を導入したダブル変異体(BPTI-21/A14V・A38G)の安定性がBPTI-21より10℃以上高いことを明らかにした。現在、それぞれの単独変異の安定化への寄与を調べるため、BPTI-21/A14V及び-21/A38G(シングル変異体)を構築し、解析中である。
3.蛋白質の溶解度を向上させる一般的な方法の開発。我々は、BPTI-22のN末及びC末に10残基程度の短い親水性配列を付加することで、溶解度が最大で5倍向上することを明らかにした。溶解度を向上させることで、従来の1/8の時間でNMR(HSQC)が測定可能になり、SN比、ピーク形態が共に改善された。この手法は、対象蛋白質の配列を変えないため、一般的な方法となることが期待される。(東京大学・桑島邦博博士との共同研究)

報告書

(2件)
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (4件) 図書 (2件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Computer-aided NMR assay for detecting natively folded structural domains2006

    • 著者名/発表者名
      T.Hondoh, A.Kato, S.Yokoyama, Y.Kuroda
    • 雑誌名

      Protein Science (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Improvement of domain linker prediction by incorporating loop length-dependent characteristics2006

    • 著者名/発表者名
      T.Tanaka, S.Yokoyama, Y.Kuroda
    • 雑誌名

      Biopolymers (Peptide Science) 82(4)

      ページ: 161-168

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural and functional characterization of a mutant of Pseudocerastes persicus natriuretic peptide2006

    • 著者名/発表者名
      M.M.Elmi, M.Amininasab, T.Hondoh, J.Kikuchi, Y.Kuroda, H.Naderi-Manesh, M.N.Sarbolouki
    • 雑誌名

      Protein and Peptide Letters 13(3)

      ページ: 295-300

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] ProteoMix : an integrated and flexible system for interactively analyzing large numbers of protein sequences, Bioinformatic2004

    • 著者名/発表者名
      Chikayama E., Kurotani A., Kuroda Y., Yokoyama S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20

      ページ: 2836-2838

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] 生物物理ハンドブック(石渡信一、桂勲、桐野豊、美宅成樹 編)2006

    • 著者名/発表者名
      黒田裕
    • 出版者
      朝倉書店(出版予定)
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] 計算手法を用いて見るタンパク質立体構造概論「東京大学バイオインフォマティクス集中講義」(高木利久(監修))2004

    • 著者名/発表者名
      黒田裕, 横山茂之
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [産業財産権] 国立大学法人東京農工大学2005

    • 発明者名
      加藤淳, 黒田裕
    • 権利者名
      東京農工大学
    • 出願年月日
      2005-12-12
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [産業財産権] 国立大学法人東京農工大学2004

    • 発明者名
      加藤 淳, 黒田 裕
    • 権利者名
      東京農工大学
    • 出願年月日
      2004-12-10
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2018-03-28  

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