研究課題
特定領域研究
[1]evolutionary trace法の新たな定量化手法の開発と既存定量化手法との比較:aquaporinとCIC chloride ion channelは、いずれも膜タンパク質で、N末ドメインC末ドメインがタンデムに重複しているが、二つのドメインの膜に対する配向は逆転している。二つのドメインのマルチプル・アラインメントを構築し、各サイトの差異を定量的に評価し、統計的に有意に大きな差異を有するサイトを選択し、二つのドメインで異なる選択圧が作用しているサイトを検出する方法を開発した。その結果、選択されたサイトはチャンネル部分に統計的に有意に集中していることが明らかとなった。また、開発手法を修飾すると、positive-inside ruleに関連する残基も検出できた。[2]肺サーファクタントタンパク質Cの分子進化的解析:肺サーファクタント蛋白質Cはサーファクタントの表面活性作用をいる。今回、肺サーファクタント蛋白質Cの進化的起源に関して、分子系統解析を行った。[3]Class A GPCR複合体のインターフェイス予測法の開発:GPCRは複合体を形成することが知られているが、その会合様式はGPCRによって異なっている。そこで、立体構造既知のロドプシンをメンバーとして含むClass A GPCRについて、そのインターフェイスを予測する方法を開発した。まず、注目するサブファミリーについてのアラインメントを構築し、保存残基を同定する。次に、ロドプシンの立体構造の構成残基を、主成分分析を利用して2次元空間に射影した。射影残基中、GPCRの表面を構成する残基のみに注目し、2次元空間中で保存残基が有意に集中する領域を検出するという形でインターフェイスを予測する方法を開発した。本手法は、高い予測精度を示した。
すべて 2005 2004
すべて 雑誌論文 (6件) 図書 (1件)
PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 58
ページ: 644-660
Protein Eng Des Sel. 17
ページ: 235-244
J.Jpn.Med.Soc.Biol.Interface 35
ページ: 24-31
Genes to Cells 9
ページ: 479-495
PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 57
ページ: 381-391
Bioinformatics 20
ページ: 2853-2856
