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ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 16063101
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

高木 利久  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

研究分担者 伊藤 隆司  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90201326)
小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
辻 省次  東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612)
小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
菅野 純夫  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
久原 哲  九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320)
林 哲也  宮崎大学, フロンティア科学実験総合センター, 教授 (10173014)
加藤 和人  京都大学, 人文科学研究所, 准教授 (10202011)
研究期間 (年度) 2004 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
483,600千円 (直接経費: 483,600千円)
2009年度: 94,500千円 (直接経費: 94,500千円)
2008年度: 94,500千円 (直接経費: 94,500千円)
2007年度: 94,800千円 (直接経費: 94,800千円)
2006年度: 93,700千円 (直接経費: 93,700千円)
2005年度: 102,600千円 (直接経費: 102,600千円)
2004年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
キーワード生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
研究概要

本総括班では、ゲノム特定4領域の一つである「生命システム情報」の4つの研究項目間の緊密な連携を図り、領域全体を有機的に円滑に運営し、研究を効率良く進める為の活動を行った。また、「生命システム情報」だけでなく、本領域と一体として設計・設定された3つの特定領域「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」をあわせたゲノム特定4領域全体の有機的、効率的運営の為の活動もあわせて展開した。

報告書

(7件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (170件)

すべて 2010 2009 2008 2007 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (131件) (うち査読あり 61件) 学会発表 (17件) 図書 (10件) 備考 (12件)

  • [雑誌論文] Figure classification in biomedical literature to elucidate disease mechanisms, based on pathways2010

    • 著者名/発表者名
      Ishii, N.
    • 雑誌名

      Artificial Intelligence in Medicine ((印刷中)掲載確定)

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid pathway evolution facilitated by horizontal gene transfers across prokaryotic lineages2009

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W., Takagi, T.
    • 雑誌名

      PLoS Genetics 5(3)

      ページ: 1000402-1000402

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid Pathway Evolution Facilitated by Horizontal Gene Transfers across Prokaryotic Lineages2009

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W.
    • 雑誌名

      PLoS Genetics 5(3)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Classifying biomedical figures using combination of bag of keypoints and bag of keywords2009

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      Proc. of 2nd Int. Workshop on Intell. Inform. in Biol. and Med 1(印刷中)(掲載確定)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Differential binding profiles of StpA in wild-type and has mutantcells : a comparative analysis of cooperative partners by chromatin immunoprecipitation-microarray analysis2009

    • 著者名/発表者名
      Uyar, E.
    • 雑誌名

      J Bacteriol 191

      ページ: 2388-2391

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Physcomitrella genome reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants2008

    • 著者名/発表者名
      Rensing, SA., Lang, D., Zimmer, AD., Terry, A., Salamov, A., Shapiro, H., Nishiyama, T., Perroud, PF., Lindquist, EA., Kamisugi, Y., Tanahashi, T., Sakakibara, K., Fujita, T., Oishi, K.,Shin-I, T., Kuroki, Y., Toyoda, A., Suzuki, Y., Hashimoto, S., Yamaguchi, K., Sugano, S., Kohara, Y., Fujiyama, A., Anterola, A., Aoki, S., Ashton, N., Barbazuk, WB., Barker, E., Bennetzen, JL., Blankenship, R., Cho, SH., Dutcher, SK., Estelle, M., Fawcett, JA., Gundlach, H., Hanada, K., Heyl, A., Hicks, KA., Hughes, J., Lohr, M., Mayer, K., Melkozernov, A., Murata, T., Nelson, DR., Pils, B., Prigge, M., Reiss, B., Renner, T., Rombauts, S., Rushton, PJ., Sanderfoot, A., Schween, G., Shiu, SH., Stueber, K., Theodoulou, FL., Tu, H., Van de Peer Y., Verrier, PJ., Waters, E., Wood, A., Yang, L., Cove, D., Cuming, AC., Hasebe, M., Lucas, S., Mishler, BD., Reski, R., Grigoriev, IV., Quatrano, RS., Boore, JL.
    • 雑誌名

      Science 319(5859)

      ページ: 64-69

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a high-throughput microarray-based resequencing system for neurological disorders and its application to molecular genetics of amyotrophic lateral sclerosis2008

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, Y., Seki, N., Ishiura, H., Mitsui, J., Matsukawa, T., Kishino, A., Onodera, O., Aoki, M., Shimozawa, N., Murayama, S., Itoyama, Y., Suzuki, Y., Sobue, G., Nishizawa, M., Goto, J., Tsuji, S.
    • 雑誌名

      Arch Neurol 65(10)

      ページ: 1326-1332

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Figure Classification in Biomedical Literature towards Figure Mining2008

    • 著者名/発表者名
      Ishii, N.
    • 雑誌名

      2008 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine

      ページ: 263-269

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The functional analysis of YabA, which interacts with DnaA and regulates initiation of chromosome replication in Bacillus subtils2008

    • 著者名/発表者名
      Cho, E.
    • 雑誌名

      Genes Genet Sys 83

      ページ: 111-125

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolomics approach for determining growth-specific metabolites based on Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry2008

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, H.
    • 雑誌名

      Anal Bioanal Chem 391

      ページ: 2769-2782

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The genome of the moss Physcomitrella patens reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants.2008

    • 著者名/発表者名
      Rensing, S, A. (Fujiyama, A., Kohara, Y., Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Science 319(5859)

      ページ: 64-69

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Familial cases presenting very early onset autosomal dominant Alzheimer's disease with I143T in presenilin-1 gene: Implication for genotype-phenotype correlation.2008

    • 著者名/発表者名
      Arai, N. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Neurogenetics (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of high-throughput microarray-based resequencing system for neurological disorders and its application to molecular genetics of amyotrophic lateral sclerosis.2008

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, Y. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Arch Neurol. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total deletion and a missense mutation of ITPR1 in Japanese SCA15 families.2008

    • 著者名/発表者名
      Hara, K. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Neurol. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discrimination between stable and dynamic components of proteincomplexes by means of quantitative proteomics.2008

    • 著者名/発表者名
      Kito, K. (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Proteomics (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DBTSS:database of transcription start sites, progress report 2008.2008

    • 著者名/発表者名
      Wakaguri, H. (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 36

      ページ: 97-100

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life2007

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W., Takagi, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 23(13)

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution2007

    • 著者名/発表者名
      Kasahara, M., Naruse, K., Sasaki, S., Nakatani, Y., Qu, W., Ahsan, B., Yamada, T., Nagayasu, Y., Doi, K., Kasai, Y., Jindo, T., Kobayashi, D., Shimada, A., Toyoda, A., Kuroki, Y., Fujiyama, A., Sasaki, T., Shimizu, A., Asakawa, S., Shimizu, N., Hashimoto, S., Yang, J., Lee, Y., Matsushima, K., Sugano, S., Sakaizumi, M., Narita, T., Ohishi, K., Haga, S., Ohta, F., Nomoto, H., Nogata, K., Morishita, T., Endo, T., Shin-I, T., Takeda, H., Morishita, S., Kohara, Y.
    • 雑誌名

      Nature 447(7145)

      ページ: 714-719

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrotransposon silencing by DNA methylation can drive mammalian genomic imprinting2007

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, S., Ono, R., Narita, T., Pask, AJ., Shaw, G., Wang, C., Kohda, T., Alsop, AE., Marshall, Graves, JA., Kohara, Y., Ishino, F., Renfree, MB., Kaneko-Ishino, T.
    • 雑誌名

      PLoS Genet. 3(4)

      ページ: 55-55

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The C. elegans CBFbeta homologue BRO-1 interacts with the Runx factor, RNT-1, to promote stem cell proliferation and self-renewal2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima, H., Nimmo, R., Saad, N., Tanaka, J., Miwa, Y., Mitani, S., Kohara, Y., Woollard, A.
    • 雑誌名

      Development 134(21)

      ページ: 3905-3915

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The entire organization of transcription units on the Bacillus subtilis genome2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H., Akitomi, J., Fujii, N., Kobayashi, K., Altaf-Ul-Amin, M., Kurokawa, K., Ogasawara, N., Kanaya, S.
    • 雑誌名

      BMC Genomics 8

      ページ: 197-197

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct class of putative "non-conserved" promoters in humans: comparative studies of alternative promoters of human and mouse genes2007

    • 著者名/発表者名
      Tsuritani, K., Irie, T., Yamashita, R., Sakakibara, Y., Wakaguri, H., Kanai, A., Mizushima-Sugano, J., Sugano, S., Nakai, K., Suzuki, Y.
    • 雑誌名

      Genome Res. 17(7)

      ページ: 1005-1014

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Axial patterning in cephalochordates and the evolution of the organizer2007

    • 著者名/発表者名
      Yu, JK., Satou, Y., Holland, ND., Shin-I, T., Kohara, Y., Satoh, N., Bronner-Fraser, M., Holland, LZ.
    • 雑誌名

      Nature 445(7128)

      ページ: 613-617

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system2007

    • 著者名/発表者名
      Yamato, KT., Ishizaki, K., Fujisawa, M., Okada, S., Nakayama, S., Fujishita, M., Bando, H., Yodoya, K., Hayashi, K., Bando, T., Hasumi, A., Nishio, T., Sakata, R., Yamamoto, M., Yamaki, A., Kajikawa, M., Yamano, T., Nishide, T., Choi, SH., Shimizu-Ueda, Y., Hanajiri, T., Sakaida, M., Kono, K., Takenaka, M., Yamaoka, S., Kuriyama, C., Kohzu, Y., Nishida, H., Brennicke, A., Shin-I, T., Kohara, Y., Kohchi, T., Fukuzawa, H., Ohyama, K.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. 104(15)

      ページ: 6472-6477

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] a database for comparative study of transcriptomes of parasites defined by full-length cDNAs2007

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, J., Wakaguri, H., Sasaki, M., Suzuki, Y., Sugano, S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 35

      ページ: 431-438

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rate of evolution in brain-expressed genes in humans and other primates2007

    • 著者名/発表者名
      Wang, HY., Chien, HC., Osada, N., Hashimoto, K., Sugano, S., Gojobori, T., Chou, CK., Tsai, SF., Wu, CI., Shen, CK.
    • 雑誌名

      PLoS Biol. 5(2)

      ページ: 13-13

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life2007

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Bioinformatics 23(13)

      ページ: 230-239

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] OReFiL: an online resource finder for life sciences2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8

      ページ: 287-287

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes2007

    • 著者名/発表者名
      Kurokawa, K. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      DNA Research 14(4)

      ページ: 169-181

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic promoter activities of primary DNA sequences in the human genome2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      DNA Research 14(2)

      ページ: 71-77

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biomedical knowledge navigation by literature clustering2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Informatics 40(2)

      ページ: 114-130

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network2007

    • 著者名/発表者名
      Koike, A. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Journal of the American Society for Information Science and Technology 58(1)

      ページ: 51-65

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution.2007

    • 著者名/発表者名
      Kasahara, M. (Fujiyama, A., Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Nature 447

      ページ: 714-719

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] UTGB/medaka: genomic resource database for medaka biology.2007

    • 著者名/発表者名
      Ahsan, B. (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sox9b/sox9a2-EGFP transgenic medaka reveals the morphological reorganization of the gonads and a common precursor of both the female and male supporting cells.2007

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, S. (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Mol Reprod Dev. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Asian Origin for the Worldwide-Spread Mutational Event in Machado-Joseph Disease.2007

    • 著者名/発表者名
      Martins, S. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Arch Neurol. Oct;64(10)

      ページ: 1502-1508

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrotransposon Silencing by DNA Methylation can Drive Mammalian Genomic Imprinting.2007

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, S. (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      PLos Genetics 3,No.4

      ページ: 55-55

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RUNX regulates stem cell proliferation and differentiation: Insights from studies of C. elegans.2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima, H. (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      J Cell Biochem. Apr 1;100(5)

      ページ: 1119-1130

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The C. elegans CBFb homologue BRO-1 interacts with the Runx factor, RNT-1, to promote stem cell proliferation and self-renewal.2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima, H.(Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Development 134

      ページ: 3905-3915

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic analysis of in vivo 14-3-3 interactions in the yeast Saccharomyces cerevisiae.2007

    • 著者名/発表者名
      Kakiuchi, K. (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 7781-7792

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and function of the PB1 domain, a protein interactionmodule conserved in animals, fungi, amoebas, and plants.2007

    • 著者名/発表者名
      Sumimoto, H.(Ito, T.)
    • 雑誌名

      Science's STKE 007

      ページ: 6-6

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distribution of stable DnaA-binding sites on the Bacillus subtilisgenome Detected using a modified ChIP-chip method.2007

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, S. (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      DNA Res. 14

      ページ: 155-168

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The entire organization of transcription units on the Bacillus subtilis genome.2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H. (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      BMC Genomics 8

      ページ: 197-197

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of a dominant negative mutant of Bacillus subtilis GTP-binding Protein, YlqF, essential for biogenesis and maintenance of the 50S ribosomal subunit.2007

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, Y. (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 282

      ページ: 25270-25277

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional gene screening system identified TRPV4 as a regulator of chondrogenic differentiation.2007

    • 著者名/発表者名
      Muramatsu, S. (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 282

      ページ: 32158-32167

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct class of putative "non-conserved"promoters in humans: Comparative studies of alternative promoters of human and mouse genes.2007

    • 著者名/発表者名
      Tsuritani, K. (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Genome Res. 17

      ページ: 1005-1014

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic Promoter Activities of Primary DNA Sequences in the Human Genome.2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y.(Sugano, S.)
    • 雑誌名

      DNA Res. 14

      ページ: 71-77

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network.2007

    • 著者名/発表者名
      Koike, A., (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Journal of the American Society for Information Sciences 58(1)

      ページ: 51-65

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Biomedical knowledge navigation by literature clustering.2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y., (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Informatics 40(2)

      ページ: 114-130

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] The ELT-2 GATA-Factor and the Global Regulation of Transcription in the C. elegans Intestine.2007

    • 著者名/発表者名
      J.D.McGhee., (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Developmental Biology 302

      ページ: 627-645

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Axial patterning in cephalochordates and the evolution of the organizer.2007

    • 著者名/発表者名
      Yu, J-K., (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Nature 445

      ページ: 613-617

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system.2007

    • 著者名/発表者名
      Yamato, K., (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences 104

      ページ: 6472-6477

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] RUNX regulates stem cell proliferation and differentiation : Insights from studies of C. elegans.2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima H., (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Journal of Cellular Biochemistry 100(5)

      ページ: 1119-1130

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] SAGE analysis of early oogenesis in the silkworm, Bombyxmori.2007

    • 著者名/発表者名
      Funaguma S., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Insect Biochemistry and Molecular Biology 37(2)

      ページ: 147-154

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparasite : a database for comparative study of transcriptomes of parasites defined by full-length cDNAs.2007

    • 著者名/発表者名
      Watanabe J., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 35:D

      ページ: 431-438

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] H-DBAS : Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational.2007

    • 著者名/発表者名
      Takeda, JI., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 35(1):D

      ページ: 104-109

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A synthetic protein approach toward accurate mass spectrometric quantification of component stoichiometry of multiprotein complexes.2007

    • 著者名/発表者名
      Kito, K., (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Journal of Proteome Research 6

      ページ: 792-800

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Methods for protein-protein interaction analysis. in Introduction to Systems Biology (Ed. Choi, S.).2007

    • 著者名/発表者名
      Kito, K., (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Humana Press

      ページ: 160-182

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] MetaGene: prokaryotic gene finding from environmental genome shotgun sequences2006

    • 著者名/発表者名
      Noguchi, H., Park, J., Takagi, T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 34(19)

      ページ: 5623-5630

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification2006

    • 著者名/発表者名
      Taylor, TD., Noguchi, H., Totoki, Y., Toyoda, A., Kuroki, Y., Dewar, K., Lloyd,C., Itoh, T., Takeda, T., Kim, DW., She, X., Barlow, KF., Bloom, T., Bruford, E., Chang, JL., Cuomo, CA., Eichler, E., FitzGerald, MG., Jaffe, DB., LaButti, K., Nicol, R., Park, HS., Seaman, C., Sougnez, C., Yang, X., Zimmer, AR., Zody, MC., Birren, BW., Nusbaum, C., Fujiyama, A., Hattori, M., Rogers, J., Lander, ES., Sakaki, Y.
    • 雑誌名

      Nature 440(7083)

      ページ: 497-500

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis EzrA and FtsL synergistically regulate FtsZ ring dynamics during cell division2006

    • 著者名/発表者名
      Kawai, Y., Ogasawara, N.
    • 雑誌名

      Microbiology 152(Pt4)

      ページ: 1129-1141

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome2006

    • 著者名/発表者名
      Miura, F., Kawaguchi, N., Sese, J., Toyoda, A., Hattori, M., Morishita, S., Ito, T
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. 103(47)

      ページ: 17846-17851

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway2006

    • 著者名/発表者名
      Kuroki, Y., Toyoda, A., Noguchi, H., Taylor, TD, Itoh, T., Kim, DS, Kim, DW, Choi, SH, Kim, IC, Choi, HH, Kim, YS, Satta, Y, Saitouk N., Yamada, T., Morishita, S., Hattori, M., Sakaki, Y., Park, HS, Fujiyama, A.
    • 雑誌名

      Nat. Genet. 38(2)

      ページ: 158-167

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional dissection of YabA, a negative regulator of DNA replication initiation in Bacillus subtilis2006

    • 著者名/発表者名
      Noirot-Gros, MF., Velten, M., Yoshimura, M., McGovern, S., Morimoto, T., Ehrlich, SD., Ogasawara, N., Polard, P., Noirot, P.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci 103(7)

      ページ: 2368-2373

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes2006

    • 著者名/発表者名
      Kimura, K., Wakamatsu, A., Suzuki, Y., Ota, T., Nishikawa, T., Yamashita, R., Yamamoto, J., Sekine, M., Tsuritani, K., Wakaguri, H., Ishii, S., Sugiyama, T., Saito, K., Isono, Y., Irie, R., Kushida, N., Yoneyama, T., Otsuka, R., Kanda, K., Yokoi, T., Kondo, H., Wagatsuma, M., Murakawa, K., Ishida, S., Ishibashi, T., Takahashi-Fujii, A., Tanase, T., Nagai, K., Kikuchi, H., Nakai, K., Isogai, T., Sugano, S.
    • 雑誌名

      Genome Res. 16(1)

      ページ: 55-65

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MetaGene : prokaryotic gene finding from environmental genome shotgun sequences.2006

    • 著者名/発表者名
      Noguchi, H., (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 34(19)

      ページ: 5623-5630

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Improving the performance of an SVM-based method for predicting protein-protein interactions.2006

    • 著者名/発表者名
      Dohkan, S., (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      In Silico Biology 6

      ページ: 48-48

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification.2006

    • 著者名/発表者名
      Taylor, T., (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Nature 440

      ページ: 497-500

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Has the chimpanzee Y chromosome been sequenced?2006

    • 著者名/発表者名
      Kuroki, Y., (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Nature Genetics 38

      ページ: 854-855

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Neuronal atrophy and synaptic alteration in a mouse model of dentatorubral-pallidoluysian atrophy.2006

    • 著者名/発表者名
      Sakai, K., (Tsuij, S.)
    • 雑誌名

      Brain 129(PT 9)

      ページ: 2353-2362

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional dissection of YabA, a negative regulator of DNA replication initiation in Bacillus subtilis.2006

    • 著者名/発表者名
      Noirot-Gros, M., (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences 103

      ページ: 2368-2378

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] The GTP-binding Protein YlqF Participates in the Late Step of 50 S Ribosomal Subunit Assembly in Bacillus subtilis.2006

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, Y., (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 281

      ページ: 8110-8117

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis EzrA and FtsL synergistically regulate FtsZ ring dynamics during cell division.2006

    • 著者名/発表者名
      Kawai, Y., (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      Microbiology 152

      ページ: 1129-1141

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A new FtsZ-interacting protein, YlmF, complements the activity of FtsA during progression of cell division in Bacillus subtilis.2006

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, S., (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology 60

      ページ: 1364-1380

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Escherichia coli histone-like protein H-NS preferentially binds to horizontally acquired DNA in association with RNA polymerase.2006

    • 著者名/発表者名
      Oshima, T., (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      DNA Research 13

      ページ: 141-153

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Transcriptome analyses of human genes and applications for proteome analyses.2006

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Y., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Current Protein and Peptide Science 7

      ページ: 147-163

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Relationship between retinoic acid receptor alpha gene expression and growth-inhibitory effect of all-trans retinoic acid on canine tumor cells.2006

    • 著者名/発表者名
      Miyajima N., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      J Vet Intern Med 20

      ページ: 348-354

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues.2006

    • 著者名/発表者名
      Cheong, J., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      DNA Research 13

      ページ: 155-167

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs.2006

    • 著者名/発表者名
      Takeda, J., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 34

      ページ: 3917-3928

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Common inheritance of chromosome Ia associated with clonal expansion of Toxoplasma gondii.2006

    • 著者名/発表者名
      Khan, A., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Genome Research 16

      ページ: 1119-1125

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      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Activation of genes for growth factor and cytokine pathways late in chondrogenic differentiation of ATDC5 cells.2006

    • 著者名/発表者名
      Osawa, A., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Genomics 88(1)

      ページ: 52-64

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      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Deletion of angiotensin-converting enzyme 2 accelerates pressure overload-induced cardiac dysfunction by increasing local angiotensin II.2006

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, K., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Hypertension 47

      ページ: 718-726

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome.2006

    • 著者名/発表者名
      Miura, F., (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences USA 103

      ページ: 17846-17851

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A novel Cdc42-interacting domain of the yeast polarity establishment protein Bem1 : implications for modulation of mating pheromone signaling.2006

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, Y., (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 282

      ページ: 29-38

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      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Event Ontology : A Pathway-Centric Ontology for Biological Processes.2006

    • 著者名/発表者名
      Kushida, T.
    • 雑誌名

      Pacific Symposium on Biocomputing 11

      ページ: 152-163

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway.2006

    • 著者名/発表者名
      Kuroki, Y.
    • 雑誌名

      Nature Genetics 38

      ページ: 158-167

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional dissection of YabA, a negative regulator of DNA replication initiation in Bacillus subtilis.2006

    • 著者名/発表者名
      Noirot-Gros, M.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 103

      ページ: 2368-2373

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Diversification of transcriptional modulation : Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes.2006

    • 著者名/発表者名
      Kimura., K.
    • 雑誌名

      Genome Res 16

      ページ: 55-65

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] DBTSS : Database of Human Transcription Start Sites, Progress Report 2006.2006

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, R
    • 雑誌名

      Nucl.Acids Res 34

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] DNA sequence and analysis of human chromosome 182005

    • 著者名/発表者名
      Nusbaum, C., Zody, MC., Borowsky, ML., Kamal, M., Kodira, CD., Taylor, TD., Whittaker, CA., Chang, JL., Cuomo, CA., Dewar, K., FitzGerald, MG., Yang, X., Abouelleil, A., Allen, NR., Anderson, S., Bloom,T., Bugalter, B., Butler, J., Cook, A., DeCaprio, D., Engels, R., Garber, M., Gnirke, A., Hafez, N., Hall, JL., Norman, CH., Itoh, T., Jaffe, DB., Kuroki, Y., Lehoczky, J., Lui, A., Macdonald, P., Mauceli, E., Mikkelsen, TS., Naylor, JW., Nicol, R., Nguyen, C., Noguchi, H., O'Leary, SB., O'Neill, K., Piqani, B., Smith, CL., Talamas, JA., Topham, K., Totoki, Y., Toyoda, A., Wain, HM., Young, SK., Zeng, Q., Zimmer, AR., Fujiyama, A., Hattori, M., Birren, BW., Sakaki, Y., Lander, ES.
    • 雑誌名

      Nature 437(7058)

      ページ: 551-555

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      2009 研究成果報告書
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  • [雑誌論文] 5'SAGE: 5'-end serial analysis of gene expression database2005

    • 著者名/発表者名
      Kasai, Y., Hashimoto, S., Yamada, T., Sese, J., Sugano, S., Matsushima, K., Morishita, S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 33

      ページ: 550-552

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      2009 研究成果報告書
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  • [雑誌論文] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3'-end subsequences2005

    • 著者名/発表者名
      Miura, F., Uematsu, C., Sakaki, Y., Ito, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(24)

      ページ: 4363-4370

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      2009 研究成果報告書
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  • [雑誌論文] Automatic extraction of gene/protein biological functions from biomedical text2005

    • 著者名/発表者名
      Koike, A., Niwa, Y., Takagi, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(7)

      ページ: 227-1236

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      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ALICE : An Algorithm to Extract Abbreviations from MEDLINE.2005

    • 著者名/発表者名
      Ao, H.
    • 雑誌名

      J Am Med Inform Assoc 12(5)

      ページ: 576-586

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Reassembly and interfacing neural models registered on biological model databases.2005

    • 著者名/発表者名
      Ohtake, M.
    • 雑誌名

      Genome Informatics Workshop

      ページ: 76-85

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A Sentence Classification System for Multi-document Summarization in the Biomedical Domain.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y.
    • 雑誌名

      In the Proc.Of International Workshop on Biomedical Data Engineering -

      ページ: 90-95

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Automatic Extraction of Gene/protein Biological Functions from Biomedical Text.2005

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 1227-1236

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] DNA sequence and analysis of human chromosome 18.2005

    • 著者名/発表者名
      Nusbaum, C.
    • 雑誌名

      Nature 437

      ページ: 551-555

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Hagfish leukocytes express a paired receptor family with a variable domain resembling those of antigen receptors.2005

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T.
    • 雑誌名

      J.Immunol 174

      ページ: 2885-2891

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Interference of CREB-dependent transcriptional activation by expanded polyglutamine stretches-Augmentation of transcriptional activation as a potential therapeutic strategy for polyglutamine diseases.2005

    • 著者名/発表者名
      Shimohata, M.
    • 雑誌名

      J Neurochem 93

      ページ: 654-663

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      2005 実績報告書
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    • 著者名/発表者名
      Takahashi, T
    • 雑誌名

      Neuroreport 16(3)

      ページ: 295-299

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] The C. elegans RUNX transcription factor MAB-2/RNT-1 is required for asymmetrical cell division of the T blast cell.2005

    • 著者名/発表者名
      KAGOSHIMA, H.
    • 雑誌名

      Developmental Biology 287

      ページ: 262-273

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] nfi-1 affects behavior and life-span in C. elegans but is not essential for-DNA replication or survival.2005

    • 著者名/発表者名
      Lazakovitch, E.
    • 雑誌名

      BMC Developmental Biology 5

      ページ: 24-24

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      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Synergistic regulation of competence development in Bacillus subtilis by two Rap-Phr systems.2005

    • 著者名/発表者名
      Bongiorni, C.
    • 雑誌名

      J Bacteriol 187

      ページ: 4353-4361

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Bacillus subtlis YabA is involved in determining the timing and synchrony of replication initiation.2005

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, M.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol Lett 247

      ページ: 73-79

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 5'SAGE :5'-end Serial Analysis of Gene Expression database.2005

    • 著者名/発表者名
      Kasai, Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 33

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Substitution Rate and Structural Divergence of 5'UTR Evolution : Comparative Analysis Between Human and Cynomolgus Monkey cDNAs.2005

    • 著者名/発表者名
      Osada, N.
    • 雑誌名

      Mol Biol Evol 22

      ページ: 1976-1982

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification and characterization of a canine highly similar to retinoic acid receptor alpha.2005

    • 著者名/発表者名
      Miyajima, N.
    • 雑誌名

      DNA Seq 16

      ページ: 7-15

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Cyclopedic protein expression analysis of cultured canine mammary gland adeno carcinoma cells from six tumours.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa, T.
    • 雑誌名

      Res Vet Sci 80

      ページ: 317-323

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Cell surface labeling and mass spectrometry reveal diversity of cell-surface markers and signaling molecules expressed in undifferentiated mouse embryonic stem cells.2005

    • 著者名/発表者名
      Nunomura, K.
    • 雑誌名

      Mol Cell Proteomics 4

      ページ: 1968-1976

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Signal Sequence and Keyword Trap in silico for Selection of Full-Length Human cDNAs Encoding Secretion or Membrane Proteins from Oligo-Capped cDNA Libraries.2005

    • 著者名/発表者名
      Otsuki, T.
    • 雑誌名

      DNA Res 12

      ページ: 117-126

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Centaurin-alpha 1 is a PI3K dependent activator of ERK1/2 map kinases.2005

    • 著者名/発表者名
      Hayashi H
    • 雑誌名

      J Biol Chem 281

      ページ: 1332-1337

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue specificity.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, R
    • 雑誌名

      Gene 350

      ページ: 129-136

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3'-end subsequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Miura, F.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(24)

      ページ: 4363-4370

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Automatic extraction of gene/protein biological functions from Biomedical text.2005

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      Bioinformatics (印刷中)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q2004

    • 著者名/発表者名
      Yamada, Y., Watanabe, H., Miura, F., Soejima, H., Uchiyama, M., Iwasaka, T., Mukai, T., Sakaki, Y., Ito, T.
    • 雑誌名

      Genome Res. 14(2)

      ページ: 247-266

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 5'-end SAGE for the analysis of transcriptional start sites2004

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, S., Suzuki, Y., Kasai, Y., Morohoshi, K., Yamada, T., Sese, J., Morishita, S., Sugano, S., Matsushima, K.
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology 22(9)

      ページ: 1146-1149

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 222004

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, H., Fujiyama, A., Hattori, M., Taylor, TD, Toyoda, A., Kuroki, Y., Noguchi, H., BenKahla, A., Lehrach, H., Sudbrak, R., Kube, M., Taenzer, S., Galgoczy, P., Platzer, M., Scharfe, M., Nordsiek, G., Blocker, H., Hellmann, I., Khaitovich, P., Paabo, S., Reinhardt, R., Zheng, HJ, Zhang, XL, Zhu, GF, Wang, BF, Fu, G., Ren, SX, Zhao, GP, Chen, Z., Lee, YS, Cheong, JE, Choi, SH, Wu, KM, Liu, TT, Hsiao, KJ, Tsai, SF, Kim, CG, Oota, S., Kitano, T., Kohara,Y., Saitou, N., Park, HS, Wang, SY, Yaspo, ML, Sakaki, Y.
    • 雑誌名

      Nature 429(6990)

      ページ: 82-388

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SPI : A tool for incorporating gene expression data into a four-dimensional database of C.elegans embryogenesis.2004

    • 著者名/発表者名
      Yohei Minakuchi
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20

      ページ: 1097-1109

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG is lands on human chromosome 21q.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamada, Y.
    • 雑誌名

      Genome Research 14

      ページ: 247-266

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 5'-end SAGE for the analysis of transcriptional start sites.2004

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, SI.
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology 22

      ページ: 1146-1149

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Systematic analysis of SigD-regulated genes in Bacillus subtilis by DNA microarray and Northern blotting analyses.2004

    • 著者名/発表者名
      Serizawa, M.
    • 雑誌名

      Gene 329

      ページ: 125-136

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22.2004

    • 著者名/発表者名
      H.Watanabe
    • 雑誌名

      Nature 429

      ページ: 382-388

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Intrinsic promoter activities of primary DNA sequences in the human genome.

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y., (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      DNA Research (印刷中)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Sox9b/sox9a2-EGFP transgenic medaka reveals the morphological reorganization of the gonads and a common precursor of both the female and male supporting cells.

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, S., (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Molecular Reproduction and Development (印刷中)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Multiplex families with multiple system atrophy Arch.

    • 著者名/発表者名
      Hara, K., (Tsuij, S.)
    • 雑誌名

      The Journal of Comparative Neurology (印刷中)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Rate of Evolution in Brain-Expressed Genes in Humans and Other Primates.

    • 著者名/発表者名
      Wang, HY., (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      PLoS Biology (印刷中)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network.

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      J Am Soc Info Sci Tech (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] The GTP-binding protein, YlgF, participates in the late step of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis.

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, Y.
    • 雑誌名

      J Biol Chem (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis EzrA abd FtsL synergistically regulate FtsZ ring dynamics during cell division.

    • 著者名/発表者名
      Kawai, Y.
    • 雑誌名

      Microbiol (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Transcriptional activators in yeast.

    • 著者名/発表者名
      Titz, B.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [学会発表] Biomedical figure search using combination of bag of keypoints and bag of words2009

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2009-12-15
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Classification of neuroimaging figures toward automatic figure annotation system2009

    • 著者名/発表者名
      Ishii, N.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2009-12-14
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 生命科学研究者のための統合文献情報管理システム2009

    • 著者名/発表者名
      岩崎渉
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 既知複合体立体構造データベースを利用したタンパク質一リガンド相互作用パターンの解析と結合様式予測手法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 枯草菌染色体のDnaA結合配列の機能2009

    • 著者名/発表者名
      奥村元
    • 学会等名
      第3回日本ゲノム微生物学会年会
    • 年月日
      2009-03-07
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Control of RNA polymerase dynamics by GreA in B. subtilis2009

    • 著者名/発表者名
      楠屋陽子
    • 学会等名
      第3回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-06
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Effective multi-scale graph navigation system powered by fast and biologically meaningful hierarchical clustering2009

    • 著者名/発表者名
      Praneenararat, T.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 既知複合体立体構造の知識に基づいたタンパク質-リガンド結合様式予測手法の開発2008

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第31回情報化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-11-13
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Distribution of RNA polymerase on the Bacillus subtilis genome2008

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara, N.
    • 学会等名
      GENOMES 2008, Functional Genomics of Microorganisms
    • 発表場所
      Paris, France
    • 年月日
      2008-04-09
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome: Yeast as a potential model organism for ncRNA research2007

    • 著者名/発表者名
      Ito, T.
    • 学会等名
      The 7th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2007-11-28
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome: Yeast as a potential model organism for ncRNA research.2007

    • 著者名/発表者名
      Ito, T.
    • 学会等名
      The 7th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2007-11-28
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] デュアルベイト逆2ハイブリッドシステムとPCS-MSによるタンパク質間相互作用の機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆司
    • 学会等名
      日本ヒトプロテオーム機構第5回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-07-30
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Distribution of transcription elongation factor NusA and GreA in Bacillus subtilis.2007

    • 著者名/発表者名
      Kusuya, Y.
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy
    • 年月日
      2007-06-25
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Distribution of Transcription Elongatio Factor NusA and GreA in Bacillus subtilis.2007

    • 著者名/発表者名
      Kusuya, Y.(Ogasawara, N.)
    • 学会等名
      4th Conference on Functional. Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy.
    • 年月日
      2007-06-25
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of initiation of replication of the Bacillus subtilis genomeby DnaA and YabA.2007

    • 著者名/発表者名
      Cho, E.(Ogasawara, N.)
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy.
    • 年月日
      2007-06-25
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] In vivo dynamics of the Bacillus subtilis RNA polymerase on the Genome.2007

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, S.(Ogasawara, N.)
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy.
    • 年月日
      2007-06-24
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Y2H and MS approaches for annotating protein interactions and modifications, Interactome Mapping Project for Human and Model Organisms.2007

    • 著者名/発表者名
      Ito, T.
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor
    • 発表場所
      NY, USA
    • 年月日
      2007-04-24
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] 医学生物学分野におけるシソーラスとテキストマイニング技術の開発(実験医学増刊号Vol.26, No.7)2008

    • 著者名/発表者名
      小池麻子(高木利久)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] 実験医学2007

    • 著者名/発表者名
      渡邉日出海
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] 細胞工学別冊比較ゲノム学から読み解く生命システム2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      秀潤社
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] The Five Year Project for Genome Research in Japan: Genome Science 2004-2009(special issue, Bioinformatics in Japnan, (2007)11, 1030-1032)2007

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama, A
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      Asia Pacific Biotech News
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] ヒトへの進化のゲノム基盤、ヒト・霊長類の比較ゲノム解析(「実験医学」25, 226-231)2007

    • 著者名/発表者名
      渡邉日出海(藤山秋佐夫)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] ヒトーチンプY染色体の常染色体よりも早い進化male-driven evolutionの可能性(「遺伝 別冊」No.20, 138-143)2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子(藤山秋佐夫)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      裳華房
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴(「細胞工学別冊 比較ゲノム学から読み解く生命システム」pp43-49)2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子(藤山秋佐夫)
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      秀潤社
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] Chapter 9 Methods for protein-protein interaction analysis (「Introduction to Systems Biology」542, pp160-182)2007

    • 著者名/発表者名
      Kito, K.(Ito, T)
    • 総ページ数
      23
    • 出版者
      Humana Press
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] Genome Informatics 2005.2005

    • 著者名/発表者名
      Edited by Takagi, T.et al.
    • 総ページ数
      293
    • 出版者
      UNIVERSAL ACADEMY PRESS, INC
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] 東京大学バイオインフォマティクス集中講義2004

    • 著者名/発表者名
      高木利久(監修)
    • 総ページ数
      141
    • 出版者
      株式会社羊土社
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [備考] 特定領域ゲノム4領域ホームページ

    • URL

      http://www.genome-sci.jp

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] ゲノムひろば

    • URL

      http://hiroba.genome-sci.jp/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] BioTermNet

    • URL

      http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] OReFiL

    • URL

      http://orefil.dbcls.jp/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] 出芽酵母完全長cDNA解析プロジェクトHP

    • URL

      http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GCap/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] UT Genome Browser for yeast

    • URL

      http://yeast.utgenome.org/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] 特定領域ゲノム4領域ホームページ

    • URL

      http://www.genome-sci.jp/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] ゲノムひろば

    • URL

      http://hiroba.genome-sci.jp/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] Takagi, T. BioTermNet:明示的/潜在的な概念間の関係性のネットワークの可視化

    • URL

      http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考] Takagi, T. OReFiL:インターネット上のデータベースやツールなどの検索システム

    • URL

      http://orefil.dbcls.jp/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考] Ito, T.出芽酵母完全長cDNA解析プロジェクトホームページ

    • URL

      http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GCap/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考] Ito, T. UT Genome Browser for yeast

    • URL

      http://yeast.utgenome.org/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2018-03-28  

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