生体超分子立体構造・機能解析のためのシミュレーション法開発

• 研究課題/領域番号: 16087202
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 北尾 彰朗 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授 (30252422)
• 研究期間 (年度): 2004 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 81,100千円 (直接経費: 81,100千円); 2009年度: 12,300千円 (直接経費: 12,300千円); 2008年度: 9,600千円 (直接経費: 9,600千円); 2007年度: 16,400千円 (直接経費: 16,400千円); 2006年度: 16,400千円 (直接経費: 16,400千円); 2005年度: 17,600千円 (直接経費: 17,600千円); 2004年度: 8,800千円 (直接経費: 8,800千円)
• キーワード: シミュレーション / ナノバイオ / 分子機械 / 生体超分子 / 生物物理

研究概要

分子シミュレーションによって生体超分子の機能発現の素過程を観測するために、超並列計算機を最大限に活用して高解像度で生体超分子の機能発現の素過程をコンピュータ上で実現するための手法・ソフトウエアシステムを開発した。また、実験データを基に分子シミュレーションを用いて立体構造を構築し、エネルギー的に安定な立体構造へと精密化する方法を開発した。更に、より効率的に機能のメカニズムを研究するためのシミュレーション法を創出した。

研究成果

• [雑誌論文] The Effect of End Constraints on Protein Loop Conformations (2010)
  • 著者名/発表者名: Steven Hayward, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J. 98 ページ: 1976-1985
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • 著者名/発表者名: Yumiko Saijo-Hamamoto, Katsumi Imada, Tohru Minamino, May Kihara, Masafumi Shimada, Akio Kitao, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Mol. Microbiol 76(1) ページ: 260-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng, Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Mol. Graph. Model 28 ページ: 548-554
• [雑誌論文] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng
  • 雑誌名: J.Mol.Graph.Model. 28 ページ: 548-554
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • 著者名/発表者名: Yumiko Saijyo-Hamano
  • 雑誌名: Molecular Microbiology 76 ページ: 260-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • 著者名/発表者名: Hannes H. Loeffler, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J 97 ページ: 2541-2549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba, Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Comp. Chem 30 ページ: 1850-1858
  • 査読あり
• [雑誌論文] DTA: Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(5) ページ: 628-635
• [雑誌論文] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA_NEST): Insights into Functional Dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: Lee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(5) ページ: 606-614
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba
  • 雑誌名: J.Comp.Chem. 30 ページ: 1850-1858
  • 査読あり
• [雑誌論文] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • 著者名/発表者名: Hannes H.Loeffler
  • 雑誌名: Biophys J. 97 ページ: 2541-2549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA NEST) : Insights into Functional Dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: Yang, Lee-Wei
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 606-614
  • 査読あり
• [雑誌論文] DTA : Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishima, Wataru
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 628-635
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multinle simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Sakuraba, Shun
  • 雑誌名: J. Comp. Chem. (published on line)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nakagawa, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Biophys. J 95 ページ: 2916-2923
  • 査読あり
• [雑誌論文] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗, 今田勝巳, 難波啓一
  • 雑誌名: 生物物理 40(1) ページ: 11-17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J 94 ページ: 4435-4443
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J 94 ページ: 3858-3871
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 112 ページ: 3522-3528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 雑誌名: Phys. Chem. B 112 ページ: 3522-3528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin : Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • 著者名/発表者名: Chng, Choon-Peng
  • 雑誌名: Biophys, J. 94 ページ: 3858-3861
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 雑誌名: Biophys. J. 94 ページ: 4435-4443
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, Hiroshi
  • 雑誌名: Biophys. J. 95 ページ: 2916-2923
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B Vol.112 ページ: 3522-3528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng and Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J. (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J. (In press)
• [雑誌論文] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗, 今田勝巳, 難波啓一
  • 雑誌名: 生物物理 Vol.40,(1) ページ: 11-17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation Lars Meinhold. S (2007)
  • 著者名/発表者名: Lars Meinhold, Jeremy C. Smith, Akio Kitao, Ahmed H. Zewail
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104(44) ページ: 17261-17265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Takemura, Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 111 ページ: 11870-11872
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Phys. Rev. E 75 ページ: 41912-41912
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • 著者名/発表者名: Tadaomi Furuta, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Akio Kitao
  • 雑誌名: Fadel A. Samatey, J. Struct. Biol 157 ページ: 481-491
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • 著者名/発表者名: Tadaomi Furuta, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba, and Akio Kitao
  • 雑誌名: Fadel A. Samatey, J. Struct. Biol. Vol.157 ページ: 481-491
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation. (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Phys. Rev. E Vol.75 ページ: 41912-41912
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Takemura and Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B Voll.111 ページ: 11870-11872
  • 査読あり
• [雑誌論文] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation Lars Meinhold. S (2007)
  • 著者名/発表者名: Jeremy C. Smith, Akio Kitao and Ahmed H. Zewail
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol.104(44) ページ: 17261-17265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • 著者名/発表者名: Tadaomi Furuta, Fadel A.Samatey, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Akio Kitao
  • 雑誌名: Journal of Structural Biology 157 ページ: 481-490
• [雑誌論文] 蛋白質の効率的機能を支えるメカニズム (2006)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌, 北尾彰朗
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 51(8) ページ: 972-978
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子シミュレーションと中性子散乱による蛋白質ダイナミクスの研究 (2006)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌, 北尾彰朗
  • 雑誌名: 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 8 ページ: 44-47
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of NAD+-induced Domain Closure in Horse Liver Alcohol Dehydrogenase (2006)
  • 著者名/発表者名: Steven Hayward, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophysical Journal 91 ページ: 1823-1831
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-coupled protein boson peak measured by incoherent neutron scattering (2006)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Atsushi Tokuhisa, I. Tsukushi, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: Physica B 385-6 ページ: 871-873
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamical heterogeneity of protein dynamics studied by elastic incoherent neutron scattering and molecular simulations (2006)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nakagawa, Atsushi Tokuhisa,, H. Kamikubo, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Material Science and Engineering A 442 ページ: 356-360
  • 査読あり
• [雑誌論文] Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Fadel A. Samatey, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci 103 ページ: 4894-4899
  • 査読あり
• [雑誌論文] Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of 15N relaxation data (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao, Gerhard Wagner
  • 雑誌名: Magn. Reson. Chem 44
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamical heterogeneity of protein dynamics studied by elastic incoherent neutron scattering and molecular simulations (2006)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nakagawa, Atsushi Tokuhisa, H.Kamikubo, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Material Science and Engineering A 442 ページ: 356-360
• [雑誌論文] Hydration-coupled protein boson peak measured by incoherent neutron scattering (2006)
  • 著者名/発表者名: H.Nakagawa, M.Kataoka, Y.Joti, A.Kitao, K.Shibata, A.Tokuhisa, I.Tsukushi, N.Go
  • 雑誌名: Physica B 385-386 ページ: 871-873
• [雑誌論文] Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of 15N relaxation data (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao, Gerhard Wagner
  • 雑誌名: Magnetic Resonance in Chemistry 44
• [雑誌論文] 蛋白質の効率的機能を支えるメカニズム (2006)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌, 北尾彰朗
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 51 (8) ページ: 972-978
• [雑誌論文] Amplitudes and directions of internal protein motions from a JAM analysis of ^<15>N relaxation data (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao, Gerhard Wagner
  • 雑誌名: Magnetic Resonance in Chemistry (In prees)
• [雑誌論文] Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Fadel A.Samatey, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci. 103(13) ページ: 4894-4899
• [雑誌論文] べん毛による細菌の泳ぎ方と方向転換の分子機構 (2005)
  • 著者名/発表者名: 今田勝巳, Fadel A. Samatey, 松波秀行, 長島重広, 北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, 難波啓一
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 50(10) ページ: 1328-1334
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生体超分子のユニバーサルジョイント-in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム (2005)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗, Fadel A. Samatey, 松波秀行, 今田勝巳, 難波啓一
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 50(10) ページ: 1335-1340
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein Boson Peak Originated from Hydration-Related Multiple Minima Energy Landscape (2005)
  • 著者名/発表者名: asumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc 127 ページ: 8705-8709
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生体超分子のユニバーサルジョイント-in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム (2005)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗, Fadel A.Samatey, 松波秀行, 今田勝巳, 難波啓一
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 50(10) ページ: 1335-1340
• [雑誌論文] べん毛による細菌の泳ぎ方と方向転換の分子機構 (2005)
  • 著者名/発表者名: 今田勝巳, Fadel A.Samatey, 松波秀行, 長島重広, 北尾彰朗, 米倉功治, 眞木さおり, 難波啓一
  • 雑誌名: 蛋白質核酸酵素 50(10) ページ: 1328-1334
• [雑誌論文] Protein Boson Peak Originated from Hydration-Related Multiple Minima Energy Landscape (2005)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: J.Am.Chem.Soc 127 ページ: 8705-8709
• [雑誌論文] Slow Protein Dynamics to be detected in Inelastic Neutron Scattering Spectra Studied by Molecular Simulations", Proceedings of 3rd International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems (2004)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: edited by M. Tokuyama & I. Oppenheim ページ: 358-359
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the bacterial flagellar hook and implication for the molecular universal joint mechanism (2004)
  • 著者名/発表者名: Fadel A. Samatey, Hideyuki Matsunami, Katsumi Imada, Shigehiro Nagashima, Tanvir R. Shaikh, Dennis R. Thomas, James Z. Chen, David J. De Rosier, Akio Kitao, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Nature 431 ページ: 1062-1068
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting collective motion in protein by inelastic neutron scattering (2004)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: Physica B 350
• [雑誌論文] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting collective motion in protein by inelastic neutron scattering (2004)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti
  • 雑誌名: Physica B 350
• [雑誌論文] Structure of the bacterial flagellar hook and implication for the molecular universal joint mechanism (2004)
  • 著者名/発表者名: FA.Samatey
  • 雑誌名: Nature 431 ページ: 1062-1068
• [雑誌論文] Slow Protein Dynamics to be detected in Inelastic Neutron Scattering Spectra Studied by Molecular Simulations (2004)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti
  • 雑誌名: Proceedings of 3^<rd> International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems ページ: 358-359
• [学会発表] タンパク質が引き起こす生体膜変形のダイナミクス(注:シンポジウムの概略説明含む) (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 日本物理学会第65回年次大会
  • 発表場所: 岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
  • 年月日: 2010-03-20
• [学会発表] 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 日本物理学会第65回年次大会
  • 発表場所: 岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
  • 年月日: 2010-03-20
• [学会発表] いくつかの蛋白質でのリガンド結合に伴う構造変化の詳細メカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 量子生命フロンティア研究特定ユニット第8回勉強会
  • 発表場所: 日本原子力研究機構システム計算科学センター(東京都)
  • 年月日: 2010-03-17
• [学会発表] 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/MotBの分子モデリング (2010)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 2009年度べん毛研究交流会
  • 発表場所: 松風園(愛知県)
  • 年月日: 2010-03-15
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法 (2010)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] 生体超分子の立体構造変化と機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 分野間連携プロジェクト「巨大計算の新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成」第6回連携研究会及成果報告
  • 発表場所: 分子科学研究所研究棟301(愛知県)
  • 年月日: 2010-02-15
• [学会発表] 分子シミュレーションによるテラヘルツ領域での蛋白質ダイナミクス-計算による中性子散乱・テラヘルツ分光スペクトル- (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第1回テラールレツーバイオ研究会
  • 発表場所: 情報通信研究機構神戸研究所未来ICT研究センター(兵庫県)
  • 年月日: 2010-02-08
• [学会発表] 大規模分子動力学によるバイオナノマシンの機能シミュレーション (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピューターワークショップ2010「大規模並列分子シミュレーションの最前線」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2010-01-13
• [学会発表] 集団座標による分子シミュレーションの解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第5回分子・物質シミュレーション中核拠点形成事業人材育成講座「第3回分子シミュレーションスクール」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] 中性子散乱と分子シミュレーションによる蛋白質の立体構造ダイナミクス-現状と今後への期待- (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: JSNS2009-中性子科学会/第9回年会
  • 発表場所: いばらき量子ビーム研究センター(茨城県)
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング (2009)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] I-BARドメインの脂質膜結合過程 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] 生体超分子機能解明のための大規模分子シミュレーション (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • 年月日: 2009-12-01
• [学会発表] 独立部分空間分析によるタンパク質集団運動の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 第23回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 中小企業振興会館吹上ホール(愛知県)
  • 年月日: 2009-11-30
• [学会発表] タンパク質ダイナミクスと機能における水和の役割 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 理研シンポジウム「動的水和構造と分子過程研究会III」
  • 発表場所: 理化学研究所 Spring8 上坪講堂(兵庫県)
  • 年月日: 2009-11-25
• [学会発表] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: JST-CREST「マルチスケール・マルチフィジックス現象の統合シミュレーション」研究領域 平成21年度 公開シンポジウム
  • 発表場所: 東洋大学(東京都)
  • 年月日: 2009-11-12
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合分子ダイナミクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-11-01
• [学会発表] 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果 (2009)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 第47回200年度日本生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-11-01
• [学会発表] The effect of bound water molecules on binding orientations in DCK2 inhibitors (2009)
  • 著者名/発表者名: Raghunadha Reddy Burri
  • 学会等名: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] Seeing is believing : コンピューターでみてわかるバイオ分子 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 夏の学校2009「日本バイオインフォマティクス学会」
  • 発表場所: 時の栖(静周県)
  • 年月日: 2009-09-13
• [学会発表] Motional correlation in protein dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
  • 発表場所: Telluride/CO(USA)
  • 年月日: 2009-08-05
• [学会発表] I-BARドメインの脂質膜結合過程 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
  • 発表場所: 湘南国際村センター(神奈川県)
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
  • 発表場所: 湘南国際村センター(神奈川県)
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] Multi-scale dynamics of protein complex formation (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • 発表場所: The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
  • 年月日: 2009-07-16
• [学会発表] Flexible protein-protein docking investigations on Cc-COX complex (2009)
  • 著者名/発表者名: Hao Guo
  • 学会等名: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • 発表場所: The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
  • 年月日: 2009-07-14
• [学会発表] 分子シミュレーションで探るバイオの世界:蛋白質から生体超分子まで (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 公開セミナー「第19回バイオインフォマティクスーの招待」
  • 発表場所: お茶の水女子大学理学部 2号館(東京都)
  • 年月日: 2009-06-25
• [学会発表] X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 第4回特定領域研究「革新的ナノバイオ」班会議
  • 発表場所: 万国津梁館(沖縄県)
  • 年月日: 2009-06-18
• [学会発表] Effect of Simulation Box Size and Water Model on Protein Internal Dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 特定領域研究「高次系分子科学」第3回公開シンポジウム
  • 発表場所: 東京工業大学 西9号館ディジタル多目的ホール(東京都)
  • 年月日: 2009-06-05
• [学会発表] Cellプロセッサを用いた編集距離計算の高速化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: SACSIS2009(先進的計算基盤システムシンポジウム)
  • 発表場所: 広島国際会議場(広島県)
  • 年月日: 2009-05-28
• [学会発表] A Combined Knowledge Based Scoring Function for Protein-Protein Docking (2009)
  • 著者名/発表者名: 郭皓
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-22
• [学会発表] ミオグロビン内のリガンド移動に連動したタンパク質の集団運動 (2009)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] タンパク質の分子運動におけるシミュレーションボックスサイズと水モデルの影響 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] 分子シミュレーションで探る蛋白質のテラヘルツ時間領域分光データ (2009)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 日本物理学会2009年第64回年次大会
  • 発表場所: 立教大学/東京都豊島区
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第64回日本物理学会2009年次大会
  • 発表場所: 立教大学/東京都豊島区
  • 年月日: 2009-03-27
• [学会発表] Dynamics of Protein Hydration Water Studied from The Simulated Coherent Neutron Scatterring Snectra (2009)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 学会等名: 特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] Structure and Dynamics of The Protein Hydration Water at The Protein Dynamical Transition (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, Hiroshi
  • 学会等名: 特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
  • 発表場所: 学士会館/東京都千代田
  • 年月日: 2009-03-11
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミ・ユレーションソフトウェアの研究開発 ; 第3回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-05
• [学会発表] バクテリオファージT4の感染初期過程 (2009)
  • 著者名/発表者名: 二島渉
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 ; 第3回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-05
• [学会発表] Free Energy Landscape of Biomolecules from Multiple Non-Equilibrium Molecular Simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Sakuraba, Shun
  • 学会等名: Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
  • 発表場所: The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
  • 年月日: 2009-03-03
• [学会発表] Linear Response of Biomolecules To External Perturbations : Revisit Induce-fit (2009)
  • 著者名/発表者名: Yang, Lee-Wei
  • 学会等名: Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
  • 発表場所: The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
  • 年月日: 2009-03-01
• [学会発表] Characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitao, Akio
  • 学会等名: Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experi ments and Simulations
  • 発表場所: KIAS / KOREA, Soul
  • 年月日: 2009-02-28
• [学会発表] 大規模分子シミュレーションの現状と細菌べん毛系の機能研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 連続研究会「イオンチャンネル」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-02-17
• [学会発表] T4ファージ蛋白質gp5の脂質2重膜貫通シミュレーション (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 次世代スパコン「ナノ統合拠点」連続研究会-ウイルス分子科学-
  • 発表場所: 東京大学/東京都文京区
  • 年月日: 2009-01-06
• [学会発表] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: つくば国際会議場/茨城県つくば市
  • 年月日: 2008-12-19
• [学会発表] 超並列計算機に適した生体分子シミュレーション法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構1第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: つくば国際会議場/茨城県つくば市
  • 年月日: 2008-12-18
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: つくば国際会議場/茨城県つくば市
  • 年月日: 2008-12-18
• [学会発表] レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の効率的自由エネルギー地形探索 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 膜変形タンパク質ドメインの分子ダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-04
• [学会発表] 時間依存・非依存線形応答理論を用いた誘導適合のメカニズムの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 楊立威
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-04
• [学会発表] ミオグロビン内のリガンド移動の解析 : 線形応答理論と主成分解析の応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場/福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-03
• [学会発表] タンパク質表面の水和水のネットワーク形成とダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 日本中性子科学会第8回年会
  • 発表場所: 名古屋大学/愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-12-01
• [学会発表] Independent subspace Analysisによるタンパク質の非線形モードの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 第22回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 岡山大学/岡山県岡山市
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] Induce-fit Revisit : Protein Conformational Changes in. Response to External Perturhatinns (2008)
  • 著者名/発表者名: Yang, Lee-Wei
  • 学会等名: Examined Using Linear Response Theories (LRT), InCoB 2008
  • 発表場所: National Yang Ming UniVersi ty / TAIWAN, Taipei
  • 年月日: 2008-10-23
• [学会発表] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 戦略的創造研究推進事業CREST平成20年度公開シンポジウム
  • 発表場所: 東洋大学/東京都文京区
  • 年月日: 2008-10-20
• [学会発表] A New Flexible Protein-Protein Docking Method (2008)
  • 著者名/発表者名: Guo, Hao
  • 学会等名: CREST Annual Meeting, University of Tokyo
  • 発表場所: 東京大学/東京都文京区
  • 年月日: 2008-10-20
• [学会発表] A New Hierarchic Protein-Protein Docking Method (2008)
  • 著者名/発表者名: Guo, Hao
  • 学会等名: Life Science Research in University of Tokyo
  • 発表場所: 東京大学/東京都文京区
  • 年月日: 2008-09-23
• [学会発表] 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱による蛋白質表面における水の集団運動の観察 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 日本物理学会2008年秋季大会
  • 発表場所: 岩手大学/岩手県盛岡市
  • 年月日: 2008-09-22
• [学会発表] Effect of hydration, temperature and pressure on protein dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitao, Akio
  • 学会等名: 5^<th> International HPBB 2008
  • 発表場所: Scripps Inst.of Oceanography/ California, USA
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] 蛋白質gp5三量体の脂質2重膜貫通シミュレーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場/兵庫県淡路市
  • 年月日: 2008-06-18
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の新規自由エネルギー計算手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場/兵庫県淡路市
  • 年月日: 2008-06-16
• [学会発表] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船掘/東京都江戸川区
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] 二面角遷移に基づくタンパク質立体構造変化の解析方法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 二島渉
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船掘/東京都江戸川区
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] MDシミュレーションを用いたユビキチン主鎖N-HダイナミクスとNMR緩和 (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船掘/東京都江戸川区
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting protein conformational motions by coherent neutron scattering (2008)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館 /東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-05
• [学会発表] Molecular Mechanisms That Control Structure of Flexible Bio-nanomachines (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitao, Akio
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challen ge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館/東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-04
• [学会発表] NMR Relaxation and backbone N-H dynamics of Ubiquitin Insight from Molecular Dynamics Simulation (2008)
  • 著者名/発表者名: Takemura, Kazuhiro
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館/東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-04
• [学会発表] Multiple Markov transition Matrix Method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2008)
  • 著者名/発表者名: Sakuraba, Shun
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館/東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-04
• [学会発表] やわらかい生体分子が形を制御する仕組み (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 東大/駒場/2008年度物性セミナー
  • 発表場所: 東京大学/東京都文京区
  • 年月日: 2008-05-23
• [学会発表] 【招待講演】 分子シミュレーションで探る生体高分子系のダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 応用物理学関係連合講演会
  • 発表場所: 千葉県 船橋市日本大学理工学部
  • 年月日: 2008-03-27
• [学会発表] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面 (2008)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾彰朗
  • 学会等名: 日本物理学会2008春季大会
  • 発表場所: 大阪府 東大阪市 近畿大学
  • 年月日: 2008-03-23
• [学会発表] 【招待溝演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第24回ライフサイエンス&HPC天城セミナー
  • 発表場所: 静岡県 伊豆市天城ホームステッド
  • 年月日: 2008-03-21
• [学会発表] 【招待溝演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: ナノテク研究会;平成19年度シンポジウム「近未来ナノテクノロジ技術シーズ」
  • 発表場所: 群馬県 桐生市群馬大学工学部
  • 年月日: 2008-03-19
• [学会発表] 【ポスター】分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌、北尾彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【ポスター】全原子モデルと粗視化モデルを組み合わせた生体高分子系のマルチスケールシミュレーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平、北尾彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面 (2008)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程 (2008)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【招待講演】大規模分子動力学シミュレーションで探るべん毛繊維とフックの構造多型 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 2008べん毛研究流会ICORP超分子ナノマシンプロジェクト終了報告会
  • 発表場所: 京都府 京都市関西セミナーハウス
  • 年月日: 2008-03-04
• [学会発表] 【ポスター】タンパク質拡散運動における水モデルとシミュレーションボックスサイズの影響 (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩、北尾彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-04
• [学会発表] 【招待講演】大規模分子動力学法による生体超分子の立体構造変化と機能 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-02-18
• [学会発表] 【ポスター】タンパク質拡散における水モデルとシミュレーションボックスサイズ (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩、北尾彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-02-18
• [学会発表] 【口頭】生体超分子の立体構造変化と機能 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第4回連携研究会;分野間連携プロジェクト「巨大計算新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市自然科学研究機構
  • 年月日: 2008-02-13
• [学会発表] 【ポスター】Hydration effects on protein dynamics studied by moleculardynamics simulation of a crystalline (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌、北尾彰朗
  • 学会等名: 第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
  • 発表場所: 奈良県 奈良市 奈良県新公会堂
  • 年月日: 2008-01-24
• [学会発表] 【ポスター】Effects of water model and simulation box size on protein diffusional motions (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩、北尾彰朗
  • 学会等名: 第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
  • 発表場所: 奈良県 奈良市 奈良県新公会堂
  • 年月日: 2008-01-24
• [学会発表] 同時ブロック対角比に基づく非線形相関モードの抽出 (2008)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 計算科学研究センターワークショップ「次世代理論化学の新展開と超並列計算への挑戦」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター/愛知県岡崎市
  • 年月日: 2008-01-19
• [学会発表] 【ポスター】Molecular Dynamics Simulations of the Periplasmic Glutamine Binding Protein (2008)
  • 著者名/発表者名: Hannes H. Loeffler、北尾彰朗
  • 学会等名: Biomolecular Simulation 2008:frontiers of biomolecular
  • 発表場所: Bristrol Zoo, UK
  • 年月日: 2008-01-07
• [学会発表] 【口頭】タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション (2007)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩、北尾彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】生体分子の自由エネルギー地形の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】Dynomics portal-An integral effort on developing and organizing dynamics web servers/databases (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei、二島 渉、北尾彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】バクテリオファージT4の感染初期過程 (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】aPCA analysis of NMR on ubiquitin proteins and the webserver tool (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei、Eran Eyal、Lvet Bahar、北尾彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【ポスター】分子シミュレーションと中性子干渉性散乱で探る蛋白質の協奏的運動 (2007)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌、北尾彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市 パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【招待講演】Conformational changes inproteins and nucleic acids which constitute biological macro-molecules (2007)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Japan-UK Symposium
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-20
• [学会発表] 【ポスター】粗視化シミュレーションと並列全原子シミュレーションを組み合わせた生体高分子系の効率的構造空間探索 (2007)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平、北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪府 豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • 年月日: 2007-12-18
• [学会発表] 【ポスター】細菌べん毛蛋白質flagellinのアンフォールディングシミュレーション:繊維形成過程の理解を目指して (2007)
  • 著者名/発表者名: Chng Choon-peng、北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪府 豊中市 千里ライフサイエンスセンター
  • 年月日: 2007-12-18
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程シミュレーション (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪府 豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • 年月日: 2007-12-08
• [学会発表] 【招待講演】サブマイクロ秒領域での蛋白質に揺らぎと機能 (2007)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第一回論理創薬研究会
  • 発表場所: 岐阜県 岐阜市岐阜大学医学部
  • 年月日: 2007-12-05
• [学会発表] 【招待講演】Role of energy frustration in function of protein and supramolecule (2007)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: The 7th KIAS-Soongsil Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Soongsil University, Seoul, KOREA
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] 【口頭】Dynomics era: How inforamation on conformational dynamics can be used to gain a deeper understanding of biological events at the molecular level? (2007)
  • 著者名/発表者名: yang Lee-Wei, A. J. Rader, Eran Eyal, Xiong Liu, Christopher J. Jursa, Chakra Chennubhotla, Mark Holliman, Shann Ching Chen
  • 学会等名: ISMB/ECCB2007
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 2007-07-22
• [学会発表] 【ポスター】Dynomics Era: Efforts in constructing a PDB-commensurate dynamics database and web servers-How dynamics data can be of use to gain insights into biomolecular function? (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei, A. J. Rader, Eran Eyal, Xiong Liu, Christopher J. Jursa, C hakra Chennubhotla, Mark Holliman, Shann Ching Chen
  • 学会等名: SMB/ECCB2007, Vienna Austria, July 2007.
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 2007-07-22
• [学会発表] 【ポスター】The dynamic predisposition of (the location of) enzyme active sites (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei, Akio Kitao, Ivet Bahar
  • 学会等名: AFP/Biosapien
  • 発表場所: Vienna, Austria
  • 年月日: 2007-07-19
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • 学会等名: 第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
  • 発表場所: 静岡県 熱海市ホテルニューアカオ
  • 年月日: 2007-07-11
• [学会発表] 【ポスター】生体分子の自由エネルギー地形の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾彰朗、有坂文雄
  • 学会等名: 第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
  • 発表場所: 静岡県 熱海市ホテルニューアカオ
  • 年月日: 2007-07-11
• [学会発表] 【招待講演】Polymorphic Supercoiling Mechanism of Bacterial Flagellar Filament and Hook (2007)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Theoretical Colloquia Series
  • 発表場所: Los Alamos, USA
  • 年月日: 2007-06-21
• [学会発表] 【ポスター】分子シミュレーションによるタンパク質分子間ドッキング計算手法の開発 (2007)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩、北尾彰朗
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 宮城県 仙台市仙台国際センター
  • 年月日: 2007-05-24
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4尾部の膜貫通機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸周司、有坂文雄、北尾彰朗
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 宮城県 仙台市仙台国際センター
  • 年月日: 2007-05-24
• [図書] Extension of the Normal Mode Concept: Principal Component Analysis, Jumping-Among-Minima Model and their Applicaions to Experimental Data Analysis(edited by Qiang Cui & lvet Bahar, in Normal Mode Analysis: Theory and Applications to Biological and Chemical Systems, Chapter 12) (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
• [図書] Normal Mode Analysis : Theory and Applications to Biological and Chemical Systems, Chapter 12 (2006)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 総ページ数: 406
  • 出版者: Chapman & Hall/CRC
• [備考]
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/
• [備考]
  • URL: http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/