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大規模臨床医学用語概念オントロジーデータベースの開発手法に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 16200039
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 医用システム
研究機関東京大学

研究代表者

大江 和彦  東京大学, 医学部附属病院, 教授 (40221121)

研究分担者 小野木 雄三  国際医療福祉大学, 三田病院, 准教授 (90233593)
波多野 賢二  東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教 (60311619)
美代 賢吾  東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40302690)
篠原 信夫  東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (90345223)
山口 泉  東京大学, 医学部附属病院, 助教 (80345222)
研究期間 (年度) 2004 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
46,540千円 (直接経費: 35,800千円、間接経費: 10,740千円)
2007年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2006年度: 14,300千円 (直接経費: 11,000千円、間接経費: 3,300千円)
2005年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2004年度: 10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
キーワードオントロジー / シソーラス / 自然言語処理 / 電子カルテ / 医療情報システム / 医学用語 / 知識処理システム / 医療用語
研究概要

臨床医学オントロジーの大規模化を進めるため、
1. 医学辞書を用いた用語間関係の自動抽出手法と用語の自動分類手法
2. テキストからの人体部位関係の抽出
また、構築されたオントロジーの将来の活用方法を検討するため、
3.診断報告書からの重要所見情報の抽出手法の検討を行った。
4.大規模臨床医学オントロジーの構築の基盤となるデータベース構造の検討をおこなった。
次にパイロットオントロジーを使用した電子カルテデータベースからの記述パターンの解析が可能かどうかの試験評価、最後にその試験評価結果をもとに、約20万語を対象とする臨床医学用大規模オントロジーの構築と評価をめざした。具体的にはオントロジー構築ツール法造を使用して内科系、外科系の疾患、症状所見、手術処置、解剖学構造についてトップオントロジーの枠組みを構築した。たとえば疾患は健康状態の正常からの変化状態ととらえ、その変化状態を記述できる場合をフォーマルな疾患、症状群を定義としており状態の変化を記述できない疾患群を症候群としてフォーマルな疾患とは区別して記述することにした。また解剖学構造記述においては、学会用語集用語、NOMINA-ANATOMICAの用語をベースにして、解剖構造物とその部分名称をエントリとして、それと近接する別の解剖構造物の部分名称を記述し、その間の構造名称を併記する方法により記述することを行い、すべての用語について記述可能であることを実証した。また臨床系医学書の見出し疾患をベースとして、その病理学的定義、主要症状、診断基準、検査所見のカテゴリーごとに日本医学会用語をベースとして記述する手法をとった。これにより約3000疾患について疾患知識記述ができることを検証した。

報告書

(5件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (46件)

すべて 2008 2007 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (27件) (うち査読あり 13件) 学会発表 (18件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 情報検索尺度Okapi-BM25と交換可能語ペアを用いた自動ICDコーディングに関する研究2007

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 27(1)

      ページ: 101-107

    • NAID

      10022604900

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 情報検索尺度Okapi-BM25と交換可能語ペアを用いた自動ICDコーディングに関する研究2007

    • 著者名/発表者名
      荒牧 英治, 今井 健, 梶野 正幸, 美代 賢吾, 大江 和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 27(1)

      ページ: 101-107

    • NAID

      10022604900

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 情報検索手法による長い病名の自動ICDコーディングに関する研究2006

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 26(Suppl. )

      ページ: 852-855

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] メタ関係を利用したテキストからの人体部位関係の抽出2006

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      言語処理学会第12回年次大会

      ページ: 508-511

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要 2006 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 医学用語属性と構文情報を用いた診断報告書からの重要所見情報の抽出2006

    • 著者名/発表者名
      今井健, 荒牧英治, 梶野正幸, 美代賢吾, 小野木雄三, 大江和彦
    • 雑誌名

      言語処理学会第12回年次大会

      ページ: 89-92

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 構文情報と医学用語属性を用いた画像診断所見オントロジ-の構築の試み2006

    • 著者名/発表者名
      今井健, 荒牧英治, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25・6

      ページ: 395-403

    • NAID

      10022604184

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 情報検索手法による長い病名の自動ICDコ-ディングに関する研究2006

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      第26回医療情報学連合大会論文集

      ページ: 512-515

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 医学用語属性と構文情報を用いた診断報告書からの重要所見情報の抽出2006

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 小野木雄三, 大江和彦
    • 雑誌名

      言語処理学会第12回年次大会

      ページ: 89-92

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Toward Medical Ontology via Natural Language Processing2005

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Masayo Kashiwagi, Masayuki Kajino, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 雑誌名

      International Joint Conference on Natural Language Processing (IJCNLP)workshop OntoLex2005

      ページ: 53-58

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 臨床医学オントロジーとターミノロジー2005

    • 著者名/発表者名
      大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25(Suppl)

      ページ: 131-132

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 診断報告書における病理医から臨床医へのリクエスト表現の分析2005

    • 著者名/発表者名
      光石豊, 遠藤徹, 河添悦昌, 高田真美, 田中勝弥, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25(suppl)

      ページ: 688-691

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 自然言語処理による臨床医学オントロジーの自動構築の試み2005

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 柏木聖代, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25(Suppl)

      ページ: 966-969

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 自然言語処理を用いた画像診断所見オントロジー構築の試み2005

    • 著者名/発表者名
      今井健, 荒牧英治, 柏木聖代, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25(Suppl)

      ページ: 972-975

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 構文情報と医学用語属性を用いた画像診断所見オントロジーの構築の試み2005

    • 著者名/発表者名
      今井健, 荒牧英治, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25・6

      ページ: 395-403

    • NAID

      10022604184

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 医学辞書を用いた用語間関係の自動抽出手法と用語の自動分類手法に関する研究2005

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25・6

      ページ: 463-474

    • NAID

      10022604285

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要 2006 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Takeshi Imai, Masayo Kashiwagi, Masayuki Kajino, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe : Toward Medical Ontology via Natural Language Processing2005

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki
    • 雑誌名

      International Joint Conference on Natural Language Processing (IJCNLP) workshop OntoLex2005

      ページ: 53-58

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Toward Medical Ontology via Natural Language Processing2005

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Masayo Kashiwagi, Masayuki Kajino, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 雑誌名

      International Joint Conference on Natural Language Processing (IJCNLP) workshop OntoLex2005

      ページ: 53-58

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 我が国の医療情報システムの方向性2005

    • 著者名/発表者名
      大江和彦
    • 雑誌名

      映像情報Medical 37(13)

      ページ: 1347-1352

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 診断報告書における病理医から臨床医へのリクエスト表現の分析2005

    • 著者名/発表者名
      光石豊, 遠藤徹, 河添悦昌, 高田真美, 田中勝弥, 美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 25(Suppl)

      ページ: 688-691

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Mapping Japanese Medical Terms to UMLS Metathesaurus2004

    • 著者名/発表者名
      Y. Onogi, K. Ohe, M. Tanaka, A. Nozoe, T. Sakurai, M. Sato, Y. Kikuchi, T. Shinohara, H. Suzuki, S. Kaihara, Y. Setyama
    • 雑誌名

      MEDINFO 2004 Proceedings of the II th World Congress on Medical Informatics

      ページ: 406-410

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 医療情報の標準化 : 個別規格の標準化から全体の標準化へ2004

    • 著者名/発表者名
      大江和彦
    • 雑誌名

      映像情報Medical 36

      ページ: 1420-1424

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mapping Japanese Medical Terms to UMLS Metathesaurus2004

    • 著者名/発表者名
      Y. Onogi, K. Ohe, M. Tanaka, A. Nozoe, T. Sakurai, M. Sato, Y. Kikuchi, T. Shinohara, H. Suzuki, S. Kaihara, Y. Setyama
    • 雑誌名

      MEDINFO 2004 Proceedings of the II th World Congress on Medical Infnrmatics

      ページ: 406-410

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mapping Japanese Medical Terms to UMLS Metathesaurus2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Onogi, K.Ohe, M.Tanaka, A.Nozoe, T.Sakurai, M.Sato, Y.Kikuchi, T.Shinohara, H.Suzuki, S.Kaihara, Y.Setyama
    • 雑誌名

      MEDINFO 2004 Proceedings of the IIth World Congress on Medical Informatics

      ページ: 406-410

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 医療情報の標準化:個別規格の標準化から全体の標準化へ2004

    • 著者名/発表者名
      大江和彦
    • 雑誌名

      映像情報Medical 36

      ページ: 1420-1424

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 標準的電子カルテの考え方と機能モデル2004

    • 著者名/発表者名
      大江和彦
    • 雑誌名

      新医療 31(7)

      ページ: 73-76

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 効果的な医学知識提供のための電子医学教科書のアクセス分析2004

    • 著者名/発表者名
      美代賢吾, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 24(suppl)

      ページ: 456-457

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] インシデント自由入力文からインシデント種別の自動分類の試み2004

    • 著者名/発表者名
      岩橋佑佳, 大江和彦
    • 雑誌名

      医療情報学 24(suppl)

      ページ: 804-805

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [学会発表] A Statistical Selector of the Best among Multiple ICD-coding Methods2008

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Masayuki Kajino Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      MedInfo 2007
    • 発表場所
      オーストラリア・ブリスベン
    • 年月日
      2008-08-21
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Orthographic Disambiguation Incorporating Transliterated Probability2008

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko One
    • 学会等名
      International Joint Conference on Natural Language Processing (IJCNLP2008)
    • 発表場所
      Mumbai, India.
    • 年月日
      2008-01-10
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Support Vector Machine Based Orthographic Disambiguation2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      The Conference on Theoretical and Methodological Issues in Machine Translation (TMI2007)
    • 発表場所
      スエーデン・スコブデ
    • 年月日
      2007-09-08
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Support Vector Machine Based Orthographic Disambiguation2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      The Conference on Theoretical and Methodological Issues in Machine Translation (TMT2007)
    • 発表場所
      Skovede, Sweden
    • 年月日
      2007-09-08
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Statistical Selector of the Best Multiple ICD-coding Methods2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Masayuki Kajino Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Medlnfo 2007
    • 発表場所
      オーストラリア・ブリスペン
    • 年月日
      2007-08-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Finding Malignant Findings from Radiological Reports using Medical Attributes ans Syntactic Information2007

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Imai, Eiji Aramaki, Masayuki Kajino, Kengo Miyo, Yuzo Onogi, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Medlnfo 2007
    • 発表場所
      オーストラリア・ブリスペン
    • 年月日
      2007-08-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Statistical Selector of the Best Multiple ICD-coding Methods2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Masayuki Kajino Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Medlnfo 2007
    • 発表場所
      Brisbane, Australia
    • 年月日
      2007-08-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Finding Malignant Findings from Radiological Reports using Medical Attributes ans Syntactic Information2007

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Imai, Eiji Aramaki, Masayuki Kajino, Kengo Miyo, Yuzo Onogi, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      MedInfo 2007
    • 発表場所
      Brisbane, Australia
    • 年月日
      2007-08-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Finding Malignant Findings from Radiological Reports using Medical Attributes ans Syntactic Informatio2007

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Imai, Eiji Aramaki, Masayuki Kajino, Kengo Miyo, Yuzo Onogi, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      MedInfo 2007
    • 発表場所
      オーストラリア・ブリスベン
    • 年月日
      2007-08-21
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Semantic Relation Classification using Physical Sizes2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      the Association for Computational Linguistics (ACL2007) Workshop on Semant ic Evaluations (SemEval 2007)
    • 発表場所
      チェコ・プラハ
    • 年月日
      2007-06-23
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Semantic Relation Classification using Physical Sizes2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      the Association for Computational Linguistics (ACL2007) Workshop on Semantic Evaluations (SemEval 2007)
    • 発表場所
      Prague, Czech Renpublic.
    • 年月日
      2007-06-23
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] UTH:SVM-based Semantic Relation Classification using Physical Sizes2007

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      the Association for Computational Linguistics (ACL 2007) Workshop on Semantic Evaluations (SemEval 2007)
    • 発表場所
      チェコ・プラハ
    • 年月日
      2007-06-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 自然言語処理によるオントロジー構築支援の試みとその問題点2007

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 梶野正幸, 美代賢吾, 大江和彦
    • 学会等名
      言語処理学会第13同年次大会(NLP2007)併設ワークショップ「言語的オントロジーの構築・連携・利用」
    • 発表場所
      大津
    • 年月日
      2007-03-23
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 非文法的かつ断片化されたテキストからの頑健な情報抽出2007

    • 著者名/発表者名
      荒牧英治, 今井健, 美代賢吾, 大江和彦
    • 学会等名
      言語処理学会第13回年次大会(NLP2007)
    • 発表場所
      大津
    • 年月日
      2007-03-21
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Patient Status Classification by using Rule based Sentence Extraction and BM25-kNN based Classifier2006

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Workshop on Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data
    • 発表場所
      米国ソシレトンDC
    • 年月日
      2006-11-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Automatic Deidentification by using Sentence Features and Label Consistency2006

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Workshop on Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data
    • 発表場所
      米国ワシントンDC
    • 年月日
      2006-11-13
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Automatic Deidentification by using Sentence Features and Label Consistency2006

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Workshop on Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data
    • 発表場所
      Washington DC, USA
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Patient Status Classification by using Rule based Sentence Extraction and BM25-KNN based Classifier2006

    • 著者名/発表者名
      Eiji Aramaki, Takeshi Imai, Kengo Miyo, Kazuhiko Ohe
    • 学会等名
      Workshop on Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data
    • 発表場所
      Washington DC, USA
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [備考]

    • URL

      http://www.m.u-tokyo.ac.jp/medinfo/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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