現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

• 研究課題/領域番号: 16255006
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 海外学術
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
• 研究分担者: 五條堀 孝 (五條掘 孝) 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 教授 (50162136) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 教授 (80231372) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587) ; 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 教授 (40233069) ; 池尾 一穂 生命情報, DDBJ研究センター, 准教授 (20249949) ; 西川 建 (西川 健) 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288)
• 研究期間 (年度): 2004 – 2007
• 研究課題ステータス: 完了 (2007年度)
• 配分額: 29,900千円 (直接経費: 23,000千円、間接経費: 6,900千円); 2007年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円); 2006年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円); 2005年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円); 2004年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
• キーワード: 国際情報交換 / 多国籍 / ゲノム / 進化情報 / DDBJ / アノテーション / ヒト遺伝子 / DNA配列データベース / UniProt / Annotation / マイクロアレイデータ / イネゲノム / ヒト発現遺伝子 / チンパンジー染色体 / 非タンパク質遺伝子 / 国際DNAデータバンク実務者会議

研究概要

当科学研究費補助金の執行開始年の平成16年度から終了年の平成19年度までの4年間に、述べ67箇所(16ケ国)の大学や研究所を訪問し調査研究を実施した。特に、米国の国立バイオテクノロジー情報センターのGenBankと英国の欧州バイオインフォマティクス研究所のEMBL Bankでの調査研究は、この2機関とDDBJが組織する国際塩基配列データベース共同体の連結を密接にし、データの交換やアノテーションなどについてより堅固な協力関係を築くことができた。この結果、3国際データバンクから世界に向けて提供されるデータは、この4年間に、約3,500万配列(約400億塩基)から約8,000万配列(約820億塩基)へと急上昇した。この中には多くの生物種の完全ゲノムや種々の発現情報が含まれており、世界の研究者に必須のデータベースとなっている。
さらに、DDBJが二次データベースとして提供している、微生物ゲノムデータベース(GIB)や蛋白質構造予測データベース(GTOP)は多くの研究者に利用されている。また、世界各地での調査研究は、多くの研究成果にも繋がっている。特に、ヒトやイネ遺伝子データの国際アノテーションの成果は、Nature、Genome Res、NARなどの国際一流誌に発表されている。最近では、ゲノム配列のデータ標準化について国際共同でNature Biotchに発表している。さらにNARのデータベース特集号にはこの4年間のDDBJの活動についても報告している。
以上のように、当科学研究費補助金は初期の目的を達成する成果を挙げ、DDBJが提供している塩基配列データベース、GIBとGTOPは我が国はもとより、海外の研究者に広く利用されている。

研究成果

• [雑誌論文] The H-Invitational Database(H-InvDB),a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki, C.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ with new system and face (2008)
  • 著者名/発表者名: Sugawara H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Rice Annotation Project Database(RAP-DB):2008 update (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The minimum information about a genome sequence(MIGS)specification (2008)
  • 著者名/発表者名: Dawn Field
  • 雑誌名: Nature Biotechnology 26 ページ: 541-547
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The H-Invitational Database(H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki, C.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DDBJ with new system and face (2008)
  • 著者名/発表者名: Sugawara H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The Rice Annotation Project Database(RAP DB) : 2008 update. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The minimum information about a genome sequence(MIGS) specification. (2008)
  • 著者名/発表者名: Dawn Field
  • 雑誌名: Nature Biotechnology 26 ページ: 541-547
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. (2008)
  • 著者名/発表者名: Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 Consortium: Yamasaki, C.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36(Databaseissue)
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36(Databaseissue)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evola: Ortholog database of all human genes in H-lnvDB with manual curation of phylogenetic trees (2008)
  • 著者名/発表者名: Matsuya, A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36(Databaseissue)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development and public release of comprehensive Hepatitis virus database (2008)
  • 著者名/発表者名: Shin-I, T.
  • 雑誌名: Hepatol Res 38 ページ: 234-243
  • 査読あり
• [雑誌論文] H-DBAS:Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based on H-Invitational (2007)
  • 著者名/発表者名: Takeda, JI.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome Information Broker for Viruses(GIB-V):database for comparative analysis of virus genomes (2007)
  • 著者名/発表者名: Masaki Hirahata.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of discriminative characteristics for clusters from biologic data with InforBIO software (2007)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 281-288
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] A tree of life based on protein domain organizations (2007)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi K.
  • 雑誌名: Mol.Biol.Evol. 24 ページ: 1181-1189
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ working on evaluation and classification of bacterial genes in INSDC (2007)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp.Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana (2007)
  • 著者名/発表者名: Ito, T.
  • 雑誌名: Genome Res. 17 ページ: 175-183
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] H-DBAS : Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based onH-Invitational. (2007)
  • 著者名/発表者名: Takeda, JI.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Genome Information Broker for Viruses(GIB-V) : database for comparative analysis of virus genomes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Masaki Hirahata.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification of discriminative characteristics for clusters from biologic data with InforBIO software. (2007)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 281-288
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A tree of life based on protein domain organizations. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi K.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 24 ページ: 1181-1189
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DDBJ working on evaluation and classification of bacterial genes in INSDC. (2007)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ito, T.
  • 雑誌名: Genome Res. 17 ページ: 175-183
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The evolutionary emergence of cell type specific genes inferred from the gene expre ssion analysis of hydra. (2007)
  • 著者名/発表者名: Jung Shan, H.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104(37) ページ: 14735-14740
  • 査読あり
• [雑誌論文] Compensatory Change of Interacting Amino Acids in the Coevolution of Transcriptional Coactivator MBF1 and TATA-Box Binding Protein TBP. (2007)
  • 著者名/発表者名: Liu, QX.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 24(7) ページ: 1458-1463
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional interferences in cis natural antisense transcripts of human and mouse (2007)
  • 著者名/発表者名: Osato, N.
  • 雑誌名: Genetics 176 ページ: 1299-1306
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene cluster analysis method identifies horizontally transferred genes with high reliability and indicates that they provide the main mechanism of operon gain in eight species of{gamma}-Proteobacteria. (2007)
  • 著者名/発表者名: Homma, K.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 24(3) ページ: 805-813
  • 査読あり
• [雑誌論文] H-DBAS: Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based on H-Invitational. (2007)
  • 著者名/発表者名: Takeda, JI.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35(Databaseissue)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome Information Broker for Viruses(GIB-V): database for comparative analysis of virus genomes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Masaki Hirahata.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of discriminative characteristics for clusters from biologic data with Infor BIO software. (2007)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 281-288
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsically disordered regions of human plasma membrane proteins preferentially occur in the cytoplasmic segment. (2007)
  • 著者名/発表者名: Minezaki Y.
  • 雑誌名: J.Mol. Biol. 368 ページ: 902-913
  • 査読あり
• [雑誌論文] A tree of life based on protein domain organizations. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi K.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 24(5) ページ: 1181-1189
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cornichon-like Protein Facilitates Secretion of HB-EGF and Regulates Proper Development of Cranial Nerves. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hoshino H.
  • 雑誌名: Molecular Biology of the Cell 18
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ working on evaluation and classification of bacterial genes in lNSDC. (2007)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana. (2007)
  • 著者名/発表者名: The Rice Annotation Project: Ito, T.
  • 雑誌名: Gonome Res. 17(2) ページ: 175-183
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systems-level analysis and evolution of the phototransduction network in Drosophila. (2007)
  • 著者名/発表者名: Landry CR.
  • 雑誌名: PNAS 104,9 ページ: 3283-3288
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tempo and mode of evolution of the Rh blood group genes before and after geneduplication. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kitano T.
  • 雑誌名: Immunogenetics 59 ページ: 427-431
  • 査読あり
• [雑誌論文] Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana (2007)
  • 著者名/発表者名: The Rice Annotation Project: Ito, T, Gojobori, T., et al.
  • 雑誌名: Genome Res 17(2) ページ: 175-83
• [雑誌論文] H-DBAS : Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based on H-Invitational (2007)
  • 著者名/発表者名: Takeda, JI, Suzuki, Y, Nakao, M, Kuroda, T, Sugano, S, Gojobori, T, Imanishi, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35(Database issue)
• [雑誌論文] DDBJ Working on Evaluation and Classification of Bacterial Genes in INSDC (2007)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H, Abe, T, Gojobori, T., Tateno, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35(Database issue)
• [雑誌論文] A series of ENU-induced single base substitutions in a long-range cis-element altering Sonic hedgehog expression in the developing mouse limb bud. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Masuya, Hideki Sezutsu, Yoshiyuki Sakuraba, Tomoko Sagai, Masaki Hosoya, Hideki Kaneda, Ikuo Miura, Kimio Kobayashi, Kenta Sumiyama, Aya Shimizu, Junko Nagano, Haruka Yokoyama, satoko Kaneko, Noriko Sakurai, Yuka Okagaki, Tetsuo Noda, Shigeharu Wakana, Yoichi Gondo, Toshihiko Shiroishi.
  • 雑誌名: Genomics 89(2) ページ: 207-14
• [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway (2006)
  • 著者名/発表者名: Kuroki Y.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38 ページ: 158-167
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] A SNP in the ABCC11 gene is the determinant of human earwax type (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshiura K.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38 ページ: 324-330
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs (2006)
  • 著者名/発表者名: J.Takeda.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34 ページ: 3917-3928
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The concept of sampling in OMICS technology (2006)
  • 著者名/発表者名: Morrison, N.
  • 雑誌名: OMICS 10 ページ: 127-137
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data (2006)
  • 著者名/発表者名: Cochrane, G.
  • 雑誌名: OMICS 10 ページ: 105-113
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions (2006)
  • 著者名/発表者名: Okubo, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Rice Annotation Project Database(RAP-DB):Hub for Oryza sativa ssp.japonica genome information (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohyanagi, H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exploration and grading of possible genes in 183 bacterial strains by a common fine protocol lead to new genes:Gene Trek in Prokaryote Space(GTPS) (2006)
  • 著者名/発表者名: Takehide Kosuge
  • 雑誌名: DNA Research 13 ページ: 245-254
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] BodyMap-Xs:anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway. (2006)
  • 著者名/発表者名: Kuroki Y.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38 ページ: 158-167
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A SNP in the ABCC11 gene is the determinant of human earwax type. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshiura K.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38 ページ: 324-330
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56, 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. (2006)
  • 著者名/発表者名: J. Takeda.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34 ページ: 3917-3928
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The concept of sampling in OMICS technology. (2006)
  • 著者名/発表者名: Morrison, N.
  • 雑誌名: OMICS 10 ページ: 127-137
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data. (2006)
  • 著者名/発表者名: Cochrane, G.
  • 雑誌名: OMICS 10 ページ: 105-113
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions. (2006)
  • 著者名/発表者名: Okubo, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The Rice Annotation Project Database(RAP-DB) : IIub for Oryza sativa ssp. japonica genome information. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohyanagi, H.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Exploration and grading of possible genes in 183 bacterial strains by a common fine protocol lead to new genes : Gene Trek in Prokaryote Space(GTPS) (2006)
  • 著者名/発表者名: Kosuge T.
  • 雑誌名: DNA Research 13 ページ: 245-254
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] BodyMap-Xs anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Exploration and grading of possible genes in 183 bacterial strains by a common fine protocol lead to new genes : Gene Trek in Prokaryote space (GTPS) (2006)
  • 著者名/発表者名: Takehide Kosuge, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka, Masaki Hirahata, Yutaka Maruyama, Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno, Hideaki Sugawara
  • 雑誌名: DNA Research 13(6) ページ: 245-254
• [雑誌論文] Alternative splicing in human transcriptome : functional and structural influence on proteins (2006)
  • 著者名/発表者名: Yura, K, Shionyu, M, Hagino, K, Hijikata, A, Hirashima, Y, Nakahara, T, Eguchi, T, Shinoda, K, Yamaguchi, A, Takahashi, K, Itoh, T, Imanishi, T, Gojobori, T, Go, M.
  • 雑誌名: GENE 380 ページ: 63-71
• [雑誌論文] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs (2006)
  • 著者名/発表者名: Takeda, JI, Suzuki, Y, Nakao, M, Barrero, RA, Koyanagi, KO, Jin, L, Motono, C, Hata, H, Isogai, T, Nagai, K, Otsuki, T, Kuryshev, V, Shionyu, M, Yura, K, Go, M, Thicrry-Mieg, J, Thierry-Mieg, D, Wiemann, S, Nomura, N, Sugano, S, Gojobori, T, Imanishi, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(14) ページ: 3917-3928
• [雑誌論文] TACT : Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool of H-InvDB (2006)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki, C, Kawashima, H, Todokoro, F, Imamizu, Y, Ogawa, M, Tanino, M, Itoh, T, Gojobori, T, Imanishi, T
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(Web Server issue)
• [雑誌論文] Molecular characterization of the developmental gene in eyes : Through data-mining on integrated transcriptome databases (2006)
  • 著者名/発表者名: Choy, KW, Wang, CC, Ogura, A, Lau, TK, Rogers, MS, Ikeo, K, Gojobori, T, Tang, LY, Lam, DS, Chung, TK, Pang, CP
  • 雑誌名: Clin. Biochem. 34(Web Server issue) ページ: 224-230
• [雑誌論文] Genomic annotation of 15,809 ESTs identified from pooled early gestation hman eyes (2006)
  • 著者名/発表者名: Choy, KW, Wang, CC, Ogura, A, Lau, TK, Rogers, MS, Ikeo, K, Gojobori, T, Lam, DS, Pang, CP.
  • 雑誌名: Physiol. Genomics 39(3) ページ: 9-15
• [雑誌論文] The Rice Annotation Project Database(RAP-DB) : Hub for Oryza sativa ssp. japonica genome information. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohyanagi, H, Tanaka, T, Sakai, H, Shigemoto, Y, Yamaguchi, K, Habara, T, Fujii, Y, Antonio, B, Nagamura, Y, Imanishi, T, Ikeo, K, Ito, T, Gojobori, T, Sakaki, T
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 25(1)
• [雑誌論文] DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions. (2006)
  • 著者名/発表者名: Okubo, K, Sugawara, H, Gojobori, T, Tateno, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(Database issue)
• [雑誌論文] Evolution metabolic networks by gain and loss of enzymatic in eukaryotes. (2006)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, T, Ikeo, K, Gojobori T.
  • 雑誌名: GENE 365C ページ: 88-94
• [雑誌論文] Natural selection on the influenza virus genome. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Suzuki
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 23 ページ: 1902-1911
• [雑誌論文] Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data. (2006)
  • 著者名/発表者名: Cochrane, G, Bates, K, Apweiler, R, Tateno, Y, Mashima, J, Kosuge, T, Mizrachi, I, Schafer, S, Fetchko, M.
  • 雑誌名: OMICS 10 ページ: 105-113
• [雑誌論文] The concept of sampling in 'omics technology. (2006)
  • 著者名/発表者名: Morrison, N, Cochrane, G., Faruque, N., Tatusova, T., Tateno, Y., Hancock, D., Field, D.
  • 雑誌名: OMICS 10 ページ: 127-137
• [雑誌論文] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. (2006)
  • 著者名/発表者名: J.Takeda, Y.Suzuki, M.Nakao, R.A.Barrero, S, Sugano, S.Wiemann, T.gojobori, T.Imanishi et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34 ページ: 3917-3928
• [雑誌論文] A SNP in the ABCC11 gene is the determinant of human earwax type. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshiura K., Kinoshita A., Ishida T., Ninokata A., Ishikawa T., Kaname T., Bnnai M., Tokunaga K., Sonoda S., Komaki R., Ihara M., Saenko V.A., Alipov G.K., Sekine I., Komatsu K., Takahashi H., Nakashima M., Sosonkina N., Mapendano C.K., Ghadami M., Nomura M., Liang D.S., Miwa N., Kim D.K., Garidkhuu A., Natsume N., Ohta T., Tomita H., Kaneko A., Kikuchi M., Russomando G., Hirayama K., Ishibashi M., Takahashi A., Saitou N., Murray J.C., Saito S., Nakamura Y., Niikawa N.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38(3), ページ: 324-330
• [雑誌論文] Genomewide search of gene conversions in duplicated genes of mouse and rat. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ezawa K., OOta S., Saitou N.
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 23(5) ページ: 927-940
• [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and hman Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway. (2006)
  • 著者名/発表者名: Kuroki Y., Toyoda A., Noguchi H., Taylor T.D., Itoh T., Kim D.S., Kim D.W., Choi S.H., Kim I.C., Choi H.H., Kim Y.S., Satta Y., Saitou N., Yamada T., Morishita S., Hattori M., Sakaki Y., Park H.S., Fujiyama A.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38(2), ページ: 158-167
• [雑誌論文] Phylogenetic relationship of the populations within and around Japan using 105 short tandem repeat polymorphic loci. (2006)
  • 著者名/発表者名: Li S.L, Yamamoto T, Yoshimoto T, Uchihi R., Mizutani M., Kurimoto Y., Tokunaga K., Jin F., Katsumata Y., Saitou N.
  • 雑誌名: Human Genetics 118(6) ページ: 695-707
• [雑誌論文] Escherichia coli K-12 : a cooperatively developed annotation snapshot-2005 (2006)
  • 著者名/発表者名: Riley, M., Abe, T., Amaud, B.M., Berlyn, M., Blattner, R.F., Chaudhuri, R.R., Glasner, D.J., Horiuchi, T., Keseler, M.I., Kosuge, T., Mori, H., Perna, T.N., Plunkett, G., Rudd, E.K., Serres, H.M., Thomas, H.G., Thomson, R.H., Wishart, D., Wanner, L.B.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 34 ページ: 1-9
• [雑誌論文] A large-scale Self-Organizing Map (SOM) unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes (2006)
  • 著者名/発表者名: Abe, T., Sugawara, H., Kanaya, K., Kinouchi, M., Ikemura, T.
  • 雑誌名: Gene 365 ページ: 27-34
• [雑誌論文] A novel bioinformatics tool for phylogenetic classification of genomic sequence fragments derived from mixed genomes of uncultured environmental microbes (2006)
  • 著者名/発表者名: Abe, T, Sugawara, H, Kanaya, S, Ikemura, T.
  • 雑誌名: Polar Bioscience 20 ページ: 103-112
  • NAID: 110006199745
• [雑誌論文] Intrinsically disordered loops inserted into the structural domains of human proteins. (2006)
  • 著者名/発表者名: Fuuchi, S., Homma, K., Minezaki, Y., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 355 ページ: 845-857
• [雑誌論文] Analysis of amino acid residues involved in the catalysis of polyethylene glycol dehydrogenase from sphingomonas terrae using three-dimensional molecular modeling-based kinetic characterization of mutants. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ohta, T, Kawabata, T, Nishikawa, K, Tani, A, Kimbara, K, Kawai, F.
  • 雑誌名: Appl. Environ. Microbiol. 72 ページ: 4388-4396
• [雑誌論文] Human transcription factors contain a high fraction of intrinsically disordered regions essential for transcriptional regulation. (2006)
  • 著者名/発表者名: Minezaki, Y., Homma, K., Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 359 ページ: 1137-1149
• [雑誌論文] Stabilization of E. coli ribonuclease HI by the 'stability profile of mutant protein'(SPMP)-inspired random and non-random mutagenesis. (2006)
  • 著者名/発表者名: Haruki, M., Saito, Y., Ota, M., Nishikawa, K., Kanaya, S.
  • 雑誌名: J. Biotech. 124 ページ: 512-522
• [雑誌論文] BodyMap-Xs : anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O., Otsuji M., Watanabe K., Iizuka T., Tamura T., Hishiki T., Kawamoto S., Okubo K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 1;34(Database issue)
• [雑誌論文] BodyMap-Xs : anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O, Otsuji M, Watanabe K, Iizuka T, Tamura T, Hishiki T, Kawamoto S, Okubo K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2/Mash2-lgf2-H19 region (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T
  • 雑誌名: Genome Res. 15 ページ: 154-165
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The map-based sequence of the rice genome (2005)
  • 著者名/発表者名: Iwama, H.
  • 雑誌名: Nature 436 ページ: 793-800
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The transcriptional landscape of the mammalian genome (2005)
  • 著者名/発表者名: Carninci, P.
  • 雑誌名: Science 309 ページ: 1559-1563
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale analysis of human alternative protein isoforms:pattern classification and correlation with subcellular localization signals (2005)
  • 著者名/発表者名: Nakao M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33 ページ: 2355-2363
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic evolution of MHC class l region in primates (2005)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi, K.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 102 ページ: 9230-9234
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a spot evaluation score for DNA microarrays (2005)
  • 著者名/発表者名: Matsumura, Y.
  • 雑誌名: Gene 350 ページ: 149-160
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] A complete set of Escherichia coli open reading frames in mobile plasmids facilitating genetic studiesc (2005)
  • 著者名/発表者名: Saka, K.
  • 雑誌名: DNA Res. 12 ページ: 63-68
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library(H-ANGEL),the H-lnv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation (2005)
  • 著者名/発表者名: Tateno Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 33
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2/Mash2-lgf2-H19 region (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T.
  • 雑誌名: Genome Research 15 ページ: 154-65
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2/Mash2-Igf2-H19 region. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T.
  • 雑誌名: Genome Res. 15 ページ: 154-165
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The map-based sequence of the rice genome. (2005)
  • 著者名/発表者名: Iwama, H.
  • 雑誌名: Nature 436 ページ: 793-800
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The transcriptional landscape of the mammalian genome. (2005)
  • 著者名/発表者名: Carninci, P.
  • 雑誌名: Science 30 ページ: 1559-1563
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Large-scale analysis of human alternative protein isoforms : pattern classification and correlation with subcellular localization signals. (2005)
  • 著者名/発表者名: Nakao M
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33 ページ: 2355-2363
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Genomic evolution of MHC class I region in primates. (2005)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi, K.
  • 雑誌名: Proc NatlAcad Sci USA 102 ページ: 9230-9234
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Development of a spot evaluation score for DNA microarrays. (2005)
  • 著者名/発表者名: Matsumura, Y
  • 雑誌名: Gene 350 ページ: 149-160
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A complete set of Escherichia coli open reading frames in mobile plasmids facilitating genetic studies c. (2005)
  • 著者名/発表者名: Saka, K.
  • 雑誌名: DNA Res. 12 ページ: 63-68
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library(H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tateno Y
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2fMash2-Igf2-II19 region. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T
  • 雑誌名: Genome Research 15 ページ: 154-65
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tateno Y., Saitou N., Okubo K., Sugawara H., Gojobori T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 33
• [雑誌論文] Evolution of hominoids and the search for a genetic basis for creating humanness. (2005)
  • 著者名/発表者名: Saitou N.
  • 雑誌名: Cytogenetic and Genome Research 108 ページ: 16-21
• [雑誌論文] Nucleotide sequence comparison of a chromosome rearrangement on the human chromosome 12 and corresponding ape chromosomes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Shimada M., Kim C.-G, Kitano T., Ferell R.E., Kohara Y., Saitou N.
  • 雑誌名: Cytogenetic and Genome Research 108 ページ: 83-90
• [雑誌論文] Substrate-induced gene-expression screening of environmental metagenome libraries for isolation of catabokic genes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Uchiyama T., Abe T., Ikemura T., Watanabe K.
  • 雑誌名: Nature biotechnology 23 ページ: 88-93
• [雑誌論文] Direct cloning of genes encoding novel xylanases from the human gut (2005)
  • 著者名/発表者名: Hayashi H., Abe T., Skamoto M., Ohara H., Ikemura T., Sakka K., Benno Y.
  • 雑誌名: Can.J.Microbiol. 51 ページ: 251-259
• [雑誌論文] Novel Phylogenetic Studies of Genomic Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures in Environmental and Clinical Samples. (2005)
  • 著者名/発表者名: Abe T., Sugawara H., Kinouchi M., Kanaya S., Ikemura T.
  • 雑誌名: DNA Reserch 12 ページ: 281-290
• [雑誌論文] Identification of differentially expressed genes in psoriasis using expression profiling approaches. (2005)
  • 著者名/発表者名: Itoh K, Kawasaki S, Kawamoto S, Seishima M, Chiba H, Michibata H, Wakimoto K, Imai Y, Minesaki Y, Otsuji M, Okubo K.
  • 雑誌名: Exp Dermatol. 14(9) ページ: 667-674
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M., Debily, MA., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh, K., Watanabe, S., de Souza, SJ., Imbeaud, S., Graudens, E.Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33
• [雑誌論文] ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待:バイオ自然言語処理最新事情 5.ゲノムデータの機械解釈 (2005)
  • 著者名/発表者名: 大久保公策, 日紫喜光良
  • 雑誌名: 情報処理 46(480) ページ: 137-142
  • NAID: 110002768351
• [雑誌論文] Predicting absolute contact numbers of native protein structure from amino acid sequence c (2005)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Horimoto, K., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Proteins 58 ページ: 158-165
• [雑誌論文] A complete set of Escherichia coli open reading frames in mobile plasmids facilitating genetic studies c (2005)
  • 著者名/発表者名: Saka, K., Tadenuma, M., Nakade, S., Tanaka, N., Sugawara, H., Nishikawa, K., Ichiyoshi, N., Kitagawa, M., Mori, H., Ogasawara, N., Nishimura, A.
  • 雑誌名: DNA Res. 12 ページ: 63-68
• [雑誌論文] Recoverable one-dimensional encoding of three-dimensional protein structures c (2005)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21(10) ページ: 2167-2170
• [雑誌論文] Predicting secondary structures, contact numbers and residue-wise contact orders of native protein structure from amino acid sequence using critical random networks c (2005)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Biophysics 1 ページ: 67-74
• [雑誌論文] Evolution of vitamin B6 (pyridoxine) metabolism by gain and loss of genes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, T., Tateno, Y., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Mol Biol Evol 22 ページ: 243-250
• [雑誌論文] Development of a spot evaluation score for DNA microarrays. (2005)
  • 著者名/発表者名: Matsumura, Y., Shimokawa, K., Hayashizaki, Y., Ikeo, K., Tateno, Y., Kawai, J.
  • 雑誌名: Gene 350 ページ: 149-160
• [雑誌論文] Genomic evolution of MHC class I region in primates. (2005)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi, K., Shiina, T., Anzai, T., Sano, K., Yamazaki, M., Inoko, H., Tateno, Y.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 102 ページ: 9230-9234
• [雑誌論文] Large-scale analysis of human alternative protein isoforms : pattern classification and correlation with subcellular localization signals. (2005)
  • 著者名/発表者名: Nakao M, Barrero RA, Mukai Y, Motono C, Suwa M, Nakai K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33 ページ: 2355-2363
• [雑誌論文] Investigation of protein functions through data-mining on integrated human transcriptome database, H-Invitational Database (H-InvDB). (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki C, Koyanagi KO, Fujii Y, Itoh T, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Takeda J, Fukuchi S, Miyazaki S, Nomura N, Sugano S, Imanishi T, Gojobori T
  • 雑誌名: Gene 364 ページ: 99-107
• [雑誌論文] The transcriptional landscape of the mammalian genome. (2005)
  • 著者名/発表者名: The FANTOM Consortium : Carninci, P., Gojobori, T., Ikeo, K., other 157 authors, Hume, D.A., Riken Genome Exploration Research Group, Genome Science Group.(Genome Network Project Core Group) : Kai, C., other 31 authors, Hayashizaki, Y.
  • 雑誌名: Science 309 ページ: 1559-1563
• [雑誌論文] The map-based sequence of the rice genome. (2005)
  • 著者名/発表者名: (International Rice Genome Sequencing Project : Annotation and Analysis) Iwama, H., Gojobori, T., Itoh, T., Niimura, Y., Fujii, Y., Habara T., Sakai, H., Sato, Y., Wilson, G., Kumar, K., McCouch, S., Juretic, N., Hoen, D., Wright, S., Bruskiewich, R., Bureau T., Miyao, A., Hirochika, H., Nishikawa, T., Kadowaki, K., Sugiura, M.
  • 雑誌名: Nature 436 ページ: 793-800
• [雑誌論文] The origin and evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome viruses. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hanada, K., Suzuki, Y., Nakane, T., Hirose, O., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Mol.Biol.Evol. 22(4) ページ: 1024-1031
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Asc12/Mash2-Igf2-H19-region. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T, Shirohzu H, Purbowasito W, Toyoda A, Iwama H, Ikeo K, Hori T, Mizuno S, Tsudzuki M, Matsuda Y, Hattori M, Sakaki Y, Sasaki H.
  • 雑誌名: Genome Res. 15(1) ページ: 154-165
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-Angel), the H-Invintegrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M., Debily, M.-A-., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh K., Watanabe, S., Souza, S.J.d., Imbeaud, S., Graucens, E., Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2/Mash2-Igf2-H19 region. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T, Shirohzu H, Purbowasito W, Toyoda A, Iwama H, Ikeo K, Hori T, Mizuno S, Tsudzuki M, Matsuda Y, Hattori M, Sakaki Y, Sasaki H.
  • 雑誌名: Genome Research 15(1) ページ: 154-165
• [雑誌論文] Eigenvalue analysis of amino acid substitution matrices reveals a sharp transition of the mode of sequence conservation in proteins (2004)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R.
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 2504-2508
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J,as defined by BAC end sequence-SNP analysis (2004)
  • 著者名/発表者名: Abe K.
  • 雑誌名: Genome Research 14 ページ: 2239-2247
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22 (2004)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, H.
  • 雑誌名: Nature 429 ページ: 382-388
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biased biological functions of horizontally transferred genes on 324,653 open reading frames of 116 prokaryotic complete genomes (2004)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y.
  • 雑誌名: Nature Genetics 36 ページ: 760-6
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones (2004)
  • 著者名/発表者名: Imanishi, T.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2 ページ: 1-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ in the stream of various biological data (2004)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 32
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • 査読あり
• [雑誌論文] Eigenvalue analysis of amino acid substitution matrices reveals a sharp transition of the mode of sequence conservation in proteins. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A. R.
  • 雑誌名: Bioinformatics 20 ページ: 2504-2508
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J, as defined by BAC end sequence-SNP analysis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Abe K.
  • 雑誌名: Genome Research 14 ページ: 2239-2247
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22. (2004)
  • 著者名/発表者名: Watanabe H.
  • 雑誌名: Nature 429 ページ: 382-388
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Biased biological functions of horizontally transferred genes on 324, 653 open reading frames of 116 prokaryotic complete genomes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y
  • 雑誌名: Nature Genetics 36 ページ: 760-6
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Integrative annotation of 21, 037 human genes validated by full-length cDNA clones. (2004)
  • 著者名/発表者名: Imanishi, T.
  • 雑誌名: PLoS Biology ページ: 21-21
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DDBJ in the stream of various biological data. (2004)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 32
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] DBJ in the stream of various biological data. (2004)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, S., Sugawara, H., Ikeo, K., Gojobori, T., Tateno.Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 32
• [雑誌論文] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones. (2004)
  • 著者名/発表者名: Imanishi, T., other 152 authors, Gojobori, T., Sugano S.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2 ページ: 1-21
  • NAID: 120004667172
• [雑誌論文] Submission of microarray data to public repositories. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ball, C.A., Brazma, A., Causon, H., Chervitz, S., Edgar, R., Hingamp, P., Matese, J.C., Parkinson, H., Quackenbush, J., Ringwald, M., Sansone, S.-A., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., Tateno, Y., Taylor, R., White, J., Winegarden, N.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2 ページ: 1276-1277
• [雑誌論文] Novel algorithm for automated genotyping of microsatelites. (2004)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto, T., Yukawa, W., Nozaki, Y., Nakashige, R., Shinya, M., Makino, S., Yagura, M., Ikuta, T., Imanishi, T., Inoko, H., Tamiya, G., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 32 ページ: 6069-6077
• [雑誌論文] Evolution of gap junctions : the missing link? (2004)
  • 著者名/発表者名: Alexopoulos, H., Bottger, A., Fischer, S., Levin, A., Wolf, A., Fujisawa, T., Hayakawa, S., Gojobori, T., Davies, J., David, C., Bacon, J.
  • 雑誌名: Current Biology 14(20)
• [雑誌論文] Japanese domesticated chickens have been drived from Shamo, traditional fighting cocks. (2004)
  • 著者名/発表者名: Komiyama, T., Ikeo, K., Tateno, Y., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Molecular Phylogeny and Evolution 33 ページ: 16-21
• [雑誌論文] Comparative analysis of gene expression for convergent evolution of camera eye between octopus and human. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ogura, A., Ikeo, K., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Genome Research 14 ページ: 1555-1561
• [雑誌論文] The evolutionary origin of long-crowing chicken : its evolutionary relationship with fighting cocks disclosed by the mtDNA sequence analysis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Komiyama, T., Ikeo, K., Gojobori, T.
  • 雑誌名: GENE 333 ページ: 91-99
• [雑誌論文] Evolutionary process of the amino acids biosynthesis in Corynebacterium at the whole qenome level. (2004)
  • 著者名/発表者名: Nishio, Y., Nakamura, Y., Usuda, Y., Sugimoto, S., Matsui, K., Kawarabayashi, Y., Kikuchi, H., Gojobori, T., Ikeo, K.
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 21 ページ: 1683-1691
• [雑誌論文] Biased biological functions of horizontally transferred genes on 324,653 open reading frames of 116 prokaryotic complete genomes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y., Itoh, T., Matsuda, H., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Nature Genetics 36 ページ: 760-766
• [雑誌論文] A large variation in the rates of synonymous substitution for RNA viruses and its relationship to a diversity of viral infection and transmission modes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Hanada, K., Suzuki, Y., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 21 ページ: 1074-1080
• [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22. (2004)
  • 著者名/発表者名: The International Chimpanzee Chromosome 22 Consortium
  • 雑誌名: Nature 429 ページ: 382-388
• [雑誌論文] Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J, as defined by BAC end sequence-SNP analysis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Abe K., Noguchi H., Tagawa K., Yuzuriha M., Toyoda A., Kojima T., Ezawa K., Saitou N., Hattori M., Sakaki Y., Moriwaki K., Shiroishi T.
  • 雑誌名: Genome Research 14 ページ: 2239-2247
• [雑誌論文] Splicing Profile-based Protein Categorization between Human and Mouse Genome by use of DDBJ Web Services. (2004)
  • 著者名/発表者名: Vastermark, A., Shigemoto, Y., Abe, T., Sugawara, H.
  • 雑誌名: Genome Informatics 15 ページ: 13-20
  • NAID: 130003997345
• [雑誌論文] Eigenvalue analysis of amino acid substitution matrices reveals a sharp transition of the mode of sequence conservation in proteins. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 20(16) ページ: 2504-2508
• [雑誌論文] Estimation of the number of authentic orphan genes in bacterial genomes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: DNA Research 11 ページ: 219-231
• [雑誌論文] Indexing anatomical concepts to OMIM Clinical Synopsis using the UMLS Metathesaurus. (2004)
  • 著者名/発表者名: Hishiki, T., Ogasawara, O., Tsuruoka, Y., Okubo.K.
  • 雑誌名: In Silico Biology 4 ページ: 31-54
• [図書] DDBJの利用法 (2005)
  • 著者名/発表者名: 五條堀 孝
  • 総ページ数: 181
  • 出版者: 共立出版
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 「DDBJの利用法」 (2005)
  • 著者名/発表者名: Gojobori, T.
  • 総ページ数: 181
  • 出版者: KYORITSU SHUPPAN
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [図書] DNAから見た日本人 (2005)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 総ページ数: 215
  • 出版者: 筑摩書房
• [図書] 「バイオインフォマティックス」、「プロテオーム」、細胞生物学事典(石川統・黒岩常祥・永田和宏編集) (2005)
  • 著者名/発表者名: 舘野義男
  • 総ページ数: 464
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] DDBJの利用法 (2005)
  • 著者名/発表者名: 五條堀 孝, 菅原 秀明(編著)
  • 総ページ数: 181
  • 出版者: 共立出版
• [図書] 「ウイルスの多様性と系統」『バイオディバーシティ・シリーズ4 菌類・細菌・ウイルスの多様性と系統』 (2005)
  • 著者名/発表者名: 花田 耕介, 五條堀 孝
  • 総ページ数: 492
  • 出版者: 裳華房
• [図書] 「マイクロアレイ遺伝子発現デーベース」, 『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用』 (2004)
  • 著者名/発表者名: 池尾 一穂
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: (株)エヌ・ティー・エス
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 「ゲノムの再編成」第一章ヒトゲノムの全貌, 『Molecular Medicine』増刊号 (2004)
  • 著者名/発表者名: 花田 耕介
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: 中山書店
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] Tsunami of data:Data resources and utilization.Microbial Genetic Resources and Biodiscovery (2004)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 総ページ数: 17
  • 出版者: National Library of Australia
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] Quantification of Gene Expression in Mouse and Human Renal Proximal Tubules.「Laser Capture Microdissection Methods and Protocols」Methods in Molecular Biology 293 (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaimori, J.
  • 総ページ数: 12
  • 出版者: Humana Press
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] 「マイクロアレイ遺伝子発現データベース」、『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開-生物情報の解析と応用』. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ikeo, K.
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: NTS Inc.
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [図書] 「ゲノムの再編成」第一章ヒトゲノム全貌『Molecular Medicine』増刊号. (2004)
  • 著者名/発表者名: Hanada, K.
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: Nakayama Shoten
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [図書] Tsunami of data : Data resources and utilization. Microbial Genetic Resources and Biodiscovery. (2004)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 総ページ数: 17
  • 出版者: National Library of Australia
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [図書] Quantification of Gene Expression in Mouse and Human Renal Proximal Tubules, Laser capture Microdissection Methods and Protocols, Methods in Molecular Bilolgy (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaimori, J.
  • 総ページ数: 12
  • 出版者: Humana Press
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [図書] マイクロアレイ遺伝子発現デーベース、『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用』 (2004)
  • 著者名/発表者名: 池尾一穂, 舘野義男
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: (株)エヌ・ティー・エス
• [図書] 総合化生命科学としての現代進化学(巻頭言)、『科学』10月号 (2004)
  • 著者名/発表者名: 五條堀 孝
  • 総ページ数: 1
  • 出版者: 岩波書店
• [図書] 「ゲノムの再編成」第一章ヒトゲノムの全貌,『Molecular Medicine』増刊号 (2004)
  • 著者名/発表者名: 花田 耕介, 五條堀 孝
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: 中山書店
• [図書] 『ゲノムと進化-ゲノムから立ち昇る生命-』ワードマップシリーズ (2004)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 出版者: 新曜社
• [図書] Tsunami of data : Data resources and utilization.(Microbial Genetic Resources and Biodiscovery.) (2004)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 総ページ数: 17
  • 出版者: National Library of Australia
• [図書] Quantification of Gene Expression in Mouse and Human Renal Proximal Tubules.「Laser Capture Microdissection Methods and Protocols」Methods in Molecular Biology 293 (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaimori, J., Takenaka, M., Okubo, K.
  • 総ページ数: 12
  • 出版者: Humana Press
• [備考] 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • URL: http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
• [備考] 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • URL: http://gib.genes.nig.ac.jp/
• [備考] 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • URL: http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/gtop.html
• [備考] 「研究成果報告書概要(和文)」より
  • URL: http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp