| 研究課題/領域番号 |
16300090
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
統計科学
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| 研究機関 | (財)癌研究会 |
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研究代表者 |
松浦 正明 (財)癌研究会, 癌研究所物理部, 主任研究員 (40173794)
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| 研究分担者 |
星川 裕 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (80280626)
宮田 敏 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343)
牛嶋 大 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
三木 義男 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (10281594)
江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
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| 研究期間 (年度) |
2004 – 2005
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| 研究課題ステータス |
完了 (2005年度)
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| 配分額 *注記 |
14,900千円 (直接経費: 14,900千円)
2005年度: 6,900千円 (直接経費: 6,900千円)
2004年度: 8,000千円 (直接経費: 8,000千円)
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| キーワード | プロテオーム / 質量分析計 / 臨床情報 / 統計学 / 機械学習 / 統計数学 / 臨床 / タンパク / タンパク発現 / 統計的手法 / OMICSデータ |
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| 研究概要 |
癌の種別が判明している患者データと、その患者に対する質量分析計からのタンパク発現データとを結びっけ、患者の表現型に関連するタンパクを探索するための統計的方法論として、以下の3つステップが重要であると世界的に認識されている。
1.患者ごとの発現タンパク質の同定(ピークの検出)、
2.患者間の共通発現タンパク質に対する質量xの補正(患者間タンパク質併合)
3.研究目的の表現型に対する関連タンパク質(集合)の探索、
本研究では、上記3ステップの問題に対し、それぞれ新規のアルゴリズムを開発し、実際のデータ解析において役立っようにプログラム開発も行った。本研究課題で得られた研究結果に関しては、2004年度にマイアミで開かれたプロテオームに関するシンポジウムにおいて、上記1の問題「発現タンパク質の同定」に関して、従来の手法よりもタンパク発現の有無に関して感度が良く、結果的に多くのタンパクピーク数を検出する方法を開発し報告した。また、2005年度には残る2つの問題に対して、ハワイで開催されたPacific Symposium on Biocomputing2006年1月の国際会議で報告した。さらにカナダから本研究分野に詳しいYasui教授を招聘し、最終的なレビューを受け、統計数理研究所にて本研究との共催でシンポジウムを行い、多くの研究者と討論し総括を行った。また、本研究で開発したプログラムについても、国内外の研究者への便宜を図るため、研究成果報告書にてプログラムソースを公開した。
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