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プロテオーム・臨床情報に基づく疾病関連因子探索のための統計的方法論の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16300090
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 統計科学
研究機関(財)癌研究会

研究代表者

松浦 正明  (財)癌研究会, 癌研究所物理部, 主任研究員 (40173794)

研究分担者 星川 裕  (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (80280626)
宮田 敏  (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343)
牛嶋 大  (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
三木 義男  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (10281594)
江口 真透  統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
14,900千円 (直接経費: 14,900千円)
2005年度: 6,900千円 (直接経費: 6,900千円)
2004年度: 8,000千円 (直接経費: 8,000千円)
キーワードプロテオーム / 質量分析計 / 臨床情報 / 統計学 / 機械学習 / 統計数学 / 臨床 / タンパク / タンパク発現 / 統計的手法 / OMICSデータ
研究概要

癌の種別が判明している患者データと、その患者に対する質量分析計からのタンパク発現データとを結びっけ、患者の表現型に関連するタンパクを探索するための統計的方法論として、以下の3つステップが重要であると世界的に認識されている。
1.患者ごとの発現タンパク質の同定(ピークの検出)、
2.患者間の共通発現タンパク質に対する質量xの補正(患者間タンパク質併合)
3.研究目的の表現型に対する関連タンパク質(集合)の探索、
本研究では、上記3ステップの問題に対し、それぞれ新規のアルゴリズムを開発し、実際のデータ解析において役立っようにプログラム開発も行った。本研究課題で得られた研究結果に関しては、2004年度にマイアミで開かれたプロテオームに関するシンポジウムにおいて、上記1の問題「発現タンパク質の同定」に関して、従来の手法よりもタンパク発現の有無に関して感度が良く、結果的に多くのタンパクピーク数を検出する方法を開発し報告した。また、2005年度には残る2つの問題に対して、ハワイで開催されたPacific Symposium on Biocomputing2006年1月の国際会議で報告した。さらにカナダから本研究分野に詳しいYasui教授を招聘し、最終的なレビューを受け、統計数理研究所にて本研究との共催でシンポジウムを行い、多くの研究者と討論し総括を行った。また、本研究で開発したプログラムについても、国内外の研究者への便宜を図るため、研究成果報告書にてプログラムソースを公開した。

報告書

(3件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2005 2004

すべて 雑誌論文 (17件)

  • [雑誌論文] Free-Knot Splines and Adaptive Knot Selection2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Miyata, Xiaotong Shen
    • 雑誌名

      Journal of Japan Statistical Society 32

      ページ: 303-324

    • NAID

      110003495328

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] バイオインフォマティクスがもたらす癌研究と診断2005

    • 著者名/発表者名
      松浦正明, 牛嶋 大, 宮田 敏
    • 雑誌名

      ゲノム医学 5

      ページ: 137-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] ゲノム関連データの解析2005

    • 著者名/発表者名
      松浦正明, 牛嶋 大, 宮田 敏
    • 雑誌名

      ファルマシア 41

      ページ: 427-432

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Free-Knot Splines and Adaptive Knot Selection.2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Miyata, Xiaotong Shen
    • 雑誌名

      Journal of Japan Statistical Society 32

      ページ: 303-324

    • NAID

      110003495328

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cancer Research and Diagnosis based on Bioinfomatics2005

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Matsuura, Masaru Ushijima, Satoshi Miyata
    • 雑誌名

      Genome Medicine 5

      ページ: 137-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Analyses of Genome-related Data2005

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Matsuura.Masaru Ushijima.Satoshi Miyata
    • 雑誌名

      Pharmacia 41

      ページ: 427-432

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Modeling late entry bias in survival analysis2005

    • 著者名/発表者名
      Matsuura, M., Eguchi, S.
    • 雑誌名

      Biometrics 61・2

      ページ: 559-566

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] バイオインフォマティクスがもたらす癌研究と診断2005

    • 著者名/発表者名
      松浦正明, 牛嶋 大, 宮田 敏
    • 雑誌名

      ゲノム医学 5・2

      ページ: 137-141

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノム関連データの解析2005

    • 著者名/発表者名
      松浦正明, 牛嶋 大, 宮田 敏
    • 雑誌名

      ファルマシア 41・5

      ページ: 427-432

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 乳房内再発からみた乳房温存治療の長期成績2005

    • 著者名/発表者名
      高橋かおる, 霞富士雄, 松浦正明, 山下 孝, 秋山 太, 坂元吾偉
    • 雑誌名

      乳癌の臨床 20・5

      ページ: 354-361

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] メディカルインフォマティクスのためのゲノム関連データの解析法とその問題点2004

    • 著者名/発表者名
      松浦正明, 牛嶋 大, 宮田 敏
    • 雑誌名

      計量生物学 25

      ページ: 117-134

    • NAID

      10014334931

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要 2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 適合型モデル選択基準に基づく非線型回帰モデルの推定2004

    • 著者名/発表者名
      宮田 敏
    • 雑誌名

      応用統計学 33

      ページ: 70-92

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 癌の診断・治療へ向けてのバイオインフォマティクス2004

    • 著者名/発表者名
      松浦正明
    • 雑誌名

      実験医学 122

      ページ: 1949-1953

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Statistical Analyses for Genome related data for Medical Informatics.2004

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Matsuura, Masaru Ushijima, Satoshi Miyata
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Biometrics. 25

      ページ: 117-134

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Non-parametric Regression Model Estimation based on Adaptive Model Selection Criterion2004

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Miyata
    • 雑誌名

      Japanese Journal of applied Statistics 33

      ページ: 71-91

    • NAID

      10013540340

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bioinfomatics for Cancer Treatment and Diagnosis2004

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Matsuura
    • 雑誌名

      Jikken Igaku 122

      ページ: 1949-1953

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Genotyping of Single Nucleotide Polymorphisms Based on a Mathematical Model for Two-Dimensional Data2004

    • 著者名/発表者名
      Satoh K., Otani K., Ushijima M., Isomura M, Matsuura M., Miki Y., Ohtaki M.
    • 雑誌名

      計量生物学 25

      ページ: 61-67

    • NAID

      10014334851

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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