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遺伝マーカーと数理モデルによる2次林更新過程の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16380111
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 林学・森林工学
研究機関統計数理研究所

研究代表者

島谷 健一郎  統計数理研究所, モデリング研究系, 助手 (70332129)

研究分担者 井鷺 裕司  広島大学, 総合科学部, 助教授 (50325130)
久保田 康裕  鹿児島大学, 教育学部, 助教授 (50295234)
高橋 誠  独立行政法人林木育種センター, 育種部, 室長 (90370824)
種村 正美  統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (80000214)
清水 信夫  統計数理研究所, モデリング研究系, 助手 (00332130)
研究期間 (年度) 2004 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
10,300千円 (直接経費: 10,300千円)
2006年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
2005年度: 4,300千円 (直接経費: 4,300千円)
2004年度: 4,500千円 (直接経費: 4,500千円)
キーワード造林 / 遺伝マーカー / 点過程 / 保残母樹 / 2次林 / 赤池情報量規準 / ポアソン過程 / 天然更新 / Cox過程 / 赤池情報量基準
研究概要

遺伝マーカー情報を活用した数理モデルによる2次林更新過程の再現を主テーマに置き、加えて他の極相的林分の長期データも活用しながら新たな数理解析法の開発と実データ適用により林学的知見を広げていった。
岩手県黒沢尻総合試験地ブナ2次林については、アイソザイム分析及びマイクロサテライト分析を2つの調査地で行い、それぞれに遺伝非定常ボアソン過程を適用し、現在の2次林が形成された過程復元を試みた。結果はそれぞれPopulation Ecologyで公表した。
青森県八甲田天然林施業指標林では、営林局による30年昔の調査結果と照合させながらプロット整備と毎木調査を行い、また航空写真から保残母樹生残推定も遂行した。さらにマイクロサテライト分析を行ない、前生稚樹に寄与を評価した。
北海道知床半島冷温帯性針広混交林訓査区について,トドマツ約500本の年輪解析及びマイクロサテライト遺伝子型分析を行い、その空間パターン及びそれらの年次変化を吟味した.また10年にわたる森林群集動態を空間パターン変遷から考察した論文をPlant Ecologyで公表にした。
北八ヶ岳オオシラビソ林の7年間にわたる稚樹バンク動態を解析し、論文にまとめた。
沖縄県ヤムバル地区亜熱帯林調査区では、植生調査とイタジイのマイクロサテライト遺伝子分析を進めた.また、リター動態データにベイズ型平滑化を施してからイタジイ実生動態モデル構築に利用し、赤池情報五t規準によるモデル選択を行った。結果はEcological Researchで公表した。
理論的研究では、サイズ依存死亡率解析にベイズ型ノンパラメトリック法を適用した論文をEcological Researchで公表した。さらにgene flowモデルを東京大学密良野演習林のヤチダモ個体群マイクロサテライトデータに適用させながら発展させた論文をMolecular Ecologyで発表した。

報告書

(4件)
  • 2006 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2007 2006 2005

すべて 雑誌論文 (19件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Determining the location of a deceased mother tree and estimating forest regeneration parameters using microsatellite and spatial genetic models2007

    • 著者名/発表者名
      Shimatani K., Kimura M., Kitamura K., Suyama Y., Isagi Y., Sugita H.
    • 雑誌名

      Population Ecology (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Litter dynamics and its effects on the survival of Castanopsis sieboldii seedlings in a subtropical forest in southern Japan2007

    • 著者名/発表者名
      Kubota Y., Narikawa A., Shimatani K.
    • 雑誌名

      Ecological Research (In press)

    • NAID

      10019849334

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書 2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Spatial pattern dynamics over 10 years in a conifer/broad-leaved forest, northern Japan2007

    • 著者名/発表者名
      Kubota Y., Kubo H., Shimatani K.
    • 雑誌名

      Plant Ecology (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書 2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Describing size-related mortality and size distribution by nonparametric estimates and model selection using Akaike Bayesian Information Criterion2007

    • 著者名/発表者名
      Shimatani K., Kawarasaki S., Manabe T.
    • 雑誌名

      Ecological Research (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Determining the location of a deceased mother tree and estimating forest regeneration parameters using microsatellite and spatial genetic models2007

    • 著者名/発表者名
      Shimatani K., Kimura M., Kitamura K., Suyama Y., Isagi Y., Sugita H.
    • 雑誌名

      Population Ecology (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Litter dynamics and its effects on the survival of Castanopsis sieboldii seedlings in a subtropical forest in southern Japan2007

    • 著者名/発表者名
      Kubota Y., Narikawa A., Shimatani K.
    • 雑誌名

      Ecological Research (in press)

    • NAID

      10019849334

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Spatial pattern dynamics over 10 years in a conifer/broad-leaved forest, northern Japan.2007

    • 著者名/発表者名
      Kubota Y., Kubo H., Shimatani K.
    • 雑誌名

      Plant Ecology (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Describing size-related mortality and size distribution by nonparametric estimates and model selection using Akaike Bayesian Information Criterion2007

    • 著者名/発表者名
      Shimatani K., Kawarasaki S., Manabe T.
    • 雑誌名

      Ecological Research (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Determining the location of a deceased mother tree and estimating forest regeneration parameters using microsatellite and spatial genetic models2007

    • 著者名/発表者名
      Shimatani K., Kimura M., Suyama Y., Isagi Y., Sugita H.
    • 雑誌名

      Population Ecology (in press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Genetic inhomogeneous Poisson processes describing the roles of an isolated mature tree in forest regeneration2006

    • 著者名/発表者名
      SHIMATANI Kenichiro, KITAMURA Keiko, KANAZASHI Tatsuo, SUGITA Hisashi
    • 雑誌名

      Population Ecology 48

      ページ: 203-214

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] An improved technique for isolating codominant compound microsatellite markers2006

    • 著者名/発表者名
      Chunlan Lian, Md.Abdul Wadud, Qifang Geng, Kenichiro Shimatani, Taizo Hogetsu
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research 119

      ページ: 415-417

    • NAID

      10018186694

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Fat-tailed gene flow in the dioecious canopy tree species, Fraxinus mandshurica var. japonica revealed by microsatellites.2006

    • 著者名/発表者名
      S.Goto, K.Shimatani, H.Yoshimaru, Y.Takahashi
    • 雑誌名

      Molecular Ecology 15

      ページ: 2985-2996

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Genetic inhomogeneous Poisson processes describing the roles of an isolated mature tree in forest regeneration.2006

    • 著者名/発表者名
      Shimatani K., Kitamura K., Kanazashi T., Sugita H.
    • 雑誌名

      Population Ecology 48

      ページ: 203-214

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] An improved technique for isolating codominant compound microsatellite markers.2006

    • 著者名/発表者名
      Lian CL, Wadud MA, Geng Q, Shimatani K, Hogetsu T
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research 119

      ページ: 415-417

    • NAID

      10018186694

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Fat-tailed gene flow in the dioecious canopy tree species Fraxinus mandshurica var. japonica revealed by microsatellites.2006

    • 著者名/発表者名
      Goto S., Shimatani K., Yoshimaru H., Takahashi Y.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology 15

      ページ: 2985-2996

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Genetic inhomogeneous Poisson processes describing the roles of an isolated mature tree in forest regeneration2006

    • 著者名/発表者名
      SHIMATANI Kenichiro, KITAMURA Keiko, KANAZASHI Tatsuo, SUGITA Hisashi
    • 雑誌名

      Population Ecology in press

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] An improved technique for isolating codominant compound microsatellite markers2006

    • 著者名/発表者名
      Chunlan Lian, Md.Abdul Wadud, Qifang Geng, Kenichiro Shimatani, Taizo Hogetsu
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research in press

    • NAID

      10018186694

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Fat-tailed gene flow in the dioecious canopy tree species, Fraxinus mandshurica var. japonica revealed by microsatellites.2006

    • 著者名/発表者名
      S.Goto, K.Shimatani, H.Yoshimaru, Y.Takahashi
    • 雑誌名

      Molecular Ecology In press

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 森林動態研究は既存試験地で間に合う一先人, 他人の残したデータの積極的活用2005

    • 著者名/発表者名
      島谷健一郎
    • 雑誌名

      日本生態学会誌 55

      ページ: 521-523

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] モデル(…?)による生態データ解析(森林の生態学-大規模長期研究からみえるもの- 森林研究之奥義書其の二)2006

    • 著者名/発表者名
      島谷健一郎, 久保田康裕
    • 出版者
      文一総合出版
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [図書] モデル(...?)による生態データ解析(森林の生態学-大規模長期研究からみえるもの- 森林研究之奥義書其の二)2006

    • 著者名/発表者名
      島谷健一郎, 久保田康裕
    • 出版者
      文一総合出版
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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