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コラーゲンの構造安定化機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16390016
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 物理系薬学
研究機関大阪薬科大学 (2005)
大阪大学 (2004)

研究代表者

小林 祐次  大阪薬科大学, 薬学部, 客員教授 (20127228)

研究分担者 大久保 忠恭  大阪大学, 大学院・薬学研究科, 助教授 (90272997)
吉田 卓也  大阪大学, 大学院・薬学研究科, 助手 (00294116)
西 義則  大阪薬科大学, 薬学研究科, 客員研究員 (70397727)
研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
9,500千円 (直接経費: 9,500千円)
2005年度: 2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
2004年度: 6,600千円 (直接経費: 6,600千円)
キーワードコラーゲンモデルペプチド / トリプルヘリックス構造 / 4-ヒドロキシプロリン / 4-フルオロプロリン / エンタルピー / エントロピー / 部分モル体積 / 水和 / ヒドロキシプロリン / フルオロプロリン / コラーゲンモデルペブチド / トリプルヘリックス
研究概要

コラーゲンには他の蛋白質ではほとんど見られない4(R)-ヒドロキシプロリン(Hyp^R)が存在し、トリプルヘリックス構造の熱安定性の上昇に重要な役割を果たしている。この構造の安定化機構を解明するために、最初にコラーゲンモデルペプチドである(Pro-Pro-Gly)_<10>,(Pro-Hyp^R-Gly)_<10>及び(Pro-fPro^R-Gly)_<10>(fPro^R:4(R)-フルオロプロリン)の転移に伴う熱力学量及び部分モル体積と露出表面積を求めた。その結果、(Pro-Hyp^R-Gly)_<10>は水和によるエンタルピー増加がトリプルヘリックス構造の熱安定性の上昇に寄与しているのに対して、(Pro-fPro^R-Gly)_<10>はfProのフッ素原子の低い水素結合能のためにトリプルヘリックスの周囲に存在する水分子の自由度が増加し、エントロピー変化量の減少が小さくなったために高い熱安定性を獲得しているものと結論付けた。次に(Pro-Hyp^R-Gly)_<10>と同程度の熱安定性を有する(Hyp^R-Hyp^R-Gly)_<10>の安定化機構を明らかにするために、(Hyp^R-Hyp^R-Gly)_<10>のX線結晶構造解析と部分モル体積測定の結果と併せることにより、このペプチドの水和の程度を求めた。その結果、三本鎖状態では(Hyp^R-Hyp^R-Gly)_<10>と(Pro-Hyp^R-Gly)_<10>の間に水和の程度の差はなかったが、一本鎖状態では(Hyp^R-Hyp^R-Gly)_<10>の方が(Pro-Hyp^R-Gly)_<10>より水和の程度が高いことが分かった。水和は水分子と水素結合を形成することによりエンタルピーを減少させると同時にペプチドの周囲に存在する水分子の自由度が低くなってエントロピーを減少させることから、(Hyp^R-Hyp^R-Gly)_<10>の高い熱安定性は一本鎖状態における水和の程度の増大によってもたらされたものと考察した。

報告書

(3件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (42件)

  • [雑誌論文] Conformational analysis of human calcitonin in solution2006

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Ogawa et al.
    • 雑誌名

      J. Pept. Sci. 12

      ページ: 51-57

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The solution structure of the methylated form of the N-terminal 16-kDa domain of Escherichia coli Ada protein2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Takinowaki et al.
    • 雑誌名

      Protein Sci. 15

      ページ: 487-497

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Conformational analysis of human calcitonin in solution2006

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Ogawa et al.
    • 雑誌名

      J.Pept.Sci. 12

      ページ: 51-57

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The solution structure of the methylated form of the N-terminal 16kDa domain of Escherichia coli Ada protein2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Takinowaki et al.
    • 雑誌名

      Protein Sci. 15

      ページ: 487-497

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Five Amino Acid Residues Responsible for the High Stability of Hydrogenobacter Thermophilus Cytochrome c_552 : Reciprocal Mutation Analysis2005

    • 著者名/発表者名
      Kenta Oikawa et al.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 280

      ページ: 5527-5532

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] X-ray crystallography study on ribosome recycling : The mechanism of binding and action of RRF on the large subunit2005

    • 著者名/発表者名
      Daniel N.Wilson et al.
    • 雑誌名

      EMBO J. 24

      ページ: 251-260

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Solution NMR Structure Investigation for Releasing Mechanism of Neocarzinostatin Chromophore from the Holoprotein2005

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Takashima et al.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 280

      ページ: 11340-11346

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cloning, expression, crystallization and preliminary X-raycharacterization of cytochrome c_552 from a moderate thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus2005

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Ichiki et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F61

      ページ: 395-398

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a conserved domain in plants and prokaryotes from Pvrococcus horikoshii OT32005

    • 著者名/発表者名
      Linyen Lin et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F61

      ページ: 414-416

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Different Effects of 4-Hydroxyproline and 4-Fluoroproline on the Stability of Collagen Triple Helix2005

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Nishi et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 6034-6042

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structural and Functional Study of Anemonia Elastase Inhibitor, a "Non-classical" Kazal-type Inhibitor from Anemonia sulcata2005

    • 著者名/発表者名
      Hikaru Hemmi et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 9626-9636

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Collagen-like triple helix formation of synthetic (Pro-Pro-Gly)_10 analogues : (4(S)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl-Gly)_10, (4(R)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl-Gly)_10 and (4(S)-fluoroprolyl-4(R)-fluoroprolyl-G1y)_102005

    • 著者名/発表者名
      Masamitsu Doi et al.
    • 雑誌名

      J. Pept. Sci. 11

      ページ: 609-616

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Effect of Hydration on the Stability of the Collagen-like Triple-Helical Structure of [4(R)-Hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolylglycine]_102005

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Kawahara et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 15812-15822

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Five Amino Acid Residues Responsible for the High Stability of Hydrogenobacter Thermophilus Cytochrome c_<552> : Reciprocal Mutation Analysis2005

    • 著者名/発表者名
      Kenta Oikawa et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 5527-5532

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Solution NMR Structure Investigation for Releasing Mechanism of Neocarzinostatin Chromophore from the Holoprotein2005

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Takashima et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 11340-11346

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cloning, expression, crystallization and preliminary X-ray characterization of cytochrome c_<552> from a moderate thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus2005

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Ichiki et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F61

      ページ: 395-398

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a conserved domain in plants and prokaryotes from Pyrococcus horikoshii OT32005

    • 著者名/発表者名
      Linyen Lin et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F61

      ページ: 414-416

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Collagen-like triple helix formation of synthetic (Pro-Pro-Gly)_<10> analogues : (4(S)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl-Gly)_<10>, (4(R)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl-Gly)_<10> and (4(S)-fluoroprolyl-4(R)-fluoroprolyl-Gly)_<10>2005

    • 著者名/発表者名
      Masamitsu Doi et al.
    • 雑誌名

      J.Pept.Sci. 11

      ページ: 609-616

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Effect of Hydration on the Stability of the Collagen-like Triple-Helical Structure of [4(R)-Hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolylglycine]_<10>2005

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Kawahara et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 15812-15822

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cloning, expression, crystallization and preliminary X-ray characterization of cytochrome C_<552> from a moderate thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus2005

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Ichiki et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F61

      ページ: 395-398

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Effect of Hydration on the Stability of the Collagen-like Triple-Helical Structure of[4(R)-Hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolylglycine]_<10>2005

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Kawahara et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 15812-15822

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Different Effects of 4-Hydroxyproline and 4-Fluoroproine on the Stability of Collagen Triple Helix2005

    • 著者名/発表者名
      Nishi, Y. et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry (in press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Distributed Computing and NMR Constraint-Based High-Resolution Structure Determination : Applied for Bioactive Peptide Endothelin-1 To Determine C-Terminal Folding2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Takashima et al.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 126

      ページ: 4504-4505

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] ^1H, ^<13>C and ^<15>N Resonance Assignments of the N-terminal 16 kDa Domain of Escherichia Coli Ada Protein2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Takinowaki et al.
    • 雑誌名

      J. Blomol. NMR 29

      ページ: 447-448

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Two States of the Triple Helix in the Thermal Transition of the Collagen Model Peptide (Pro-Pro-Gly)_102004

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Kai et al.
    • 雑誌名

      J. Blomol. Struct. Dyn. 22

      ページ: 51-58

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Hydrophobic Core around Tyrosine for Human Endothelin-1 Investigated by Photochemically Induced Dynamic Nuclear Polarization Nuclear Magnetic Resonance and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of -Flight Mass Spectrometry2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Takashima et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 13932-13936

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Complete Thermal-Unfolding Profiles of Oxidized and Reduced Cytochromes c2004

    • 著者名/発表者名
      Susumu Uchiyama et al.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 126

      ページ: 14684-14685

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Solution Structure of Ribosomal Protein L16 from Thermus thermophilus HB82004

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhiro Nishimura et al.
    • 雑誌名

      J. MoL Biol. 344

      ページ: 1369-1383

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] High-Resolution X-ray Structure of the Unexpectedly Stable Dimer of the [Lys^(-2)-Arg^( 1)-des(17-21)]Endothelin-1 Peptide2004

    • 著者名/発表者名
      Francois Hoh et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 15154-15168

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] NMR Structure of Transcription Factor Sp1 DNA Binding Domain2004

    • 著者名/発表者名
      Shinichro Oka et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 16027-16035

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Distributed Computing and NMR Constraint-Based High-Resolution Structure Determination : Applied for Bioactive Peptide Endothelin-1 To Determine C-Terminal Folding2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Takashima et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 126

      ページ: 4504-4505

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] ^1H, ^<13>C and ^<15>N Resonance Assignments of the N-terminal 16 kDa Domain of Escherichia Coli Ada Protein2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Takinowaki et al.
    • 雑誌名

      J.Biomol.NMR 29

      ページ: 447-448

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Two States of the Triple Helix in the Thermal Transition of the Collagen Model Peptide (Pro-Pro-Gly)_<10>2004

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Kai et al.
    • 雑誌名

      J.Biomol.Struct.Dyn. 22

      ページ: 51-58

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Hydrophobic Core around Tyrosine for Human Endothelin-1 Investigated by Photochemically Induced Dynamic Nuclear Polarization Nuclear Magnetic Resonance and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry2004

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Takashima et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 13932-13936

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Complete Thermal-Unfolding Profiles of Oxidized and Reduced Cytochromes c2004

    • 著者名/発表者名
      Susumu Uchiyama et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 126

      ページ: 14684-14685

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Solution Structure of Ribosomal Protein L16 from Thermus thermophilus HB82004

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhiro Nishimura et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 344

      ページ: 1369-1383

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] High-Resolution X-ray Structure of the Unexpectedly Stable Dimer of the [Lys^<(-2)>-Arg^<(-1)>-des(17-21)]Endothelin-1 Peptide2004

    • 著者名/発表者名
      Francois Hoh et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 15154-15168

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Stabilization mechanism of triple helical structure of collagen molecules2004

    • 著者名/発表者名
      Nishi, Y. et al.
    • 雑誌名

      Letters in Peptide Science 10

      ページ: 533-537

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Stabilization of Triple Helical Structure of Collagen Molecule2004

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Y. et al.
    • 雑誌名

      Peptide Science 2003

      ページ: 25-28

    • NAID

      10012653774

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Two States of the Triple Helix in the Thermal Transition of the Collagen Model Peptide (Pro-Pro-Gly)102004

    • 著者名/発表者名
      Kai, T.et al.
    • 雑誌名

      J.Biamol.Struct Dyn. 22

      ページ: 51-58

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Complete Thermal - Unfolding Profiles of Oxidized and Reduced Cytochromes c2004

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama, S. et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 126

      ページ: 14684-14685

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Solution Structure of Ribosomal Protein L16 from Thermus thermophilus HB82004

    • 著者名/発表者名
      Nishimura, M. et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 344

      ページ: 1369-1383

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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