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ピリドキサール酵素におけるプロトン移動制御機構の研究

研究課題

研究課題/領域番号 16570125
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 機能生物化学
研究機関大阪医科大学

研究代表者

林 秀行  大阪医科大学, 医学部, 教授 (00183913)

研究分担者 山本 大助  大阪医科大学, 医学部, 講師 (50240106)
研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
2005年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2004年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワードピリドキサールリン酸 / プロトン移動 / 駆動力 / トンネル効果 / アミノ基転移酵素 / アミン酸化酵素 / エネルギー障壁 / 触媒反応機構 / 蛋白質 / コンフォメーション変化 / 理論計算 / 触媒反応
研究概要

アスパラギン酸アミノ基転移酵素とC5基質の反応について速度論的・構造化学的に詳細に調べた.その結果,C5基質がAATに非共有的に結合したミハエリス複合体の状態ではAATは開いた構造のままであり,ミハエリス複合体から外アルジミン複合体に移る過程において開いた構造から閉じた構造へのコンホメーション変化が起こり,この過程でミハエリス複合体では許されていた多様なプロトン化状態が2種のみの状態に移ることが判明した.また,このプロトン移動の駆動力となる構造的要因も明らかになった.また,この解析の結果,C5基質では触媒反応の途中において酵素の大きな構造変化が起こり,その際に基質もコンホメーションを変化するという非古典的な新たな機構が発見された。長年研究が続けられてきたアスパラギン酸アミノ基転移酵素の反応機構は,本研究を以って,その全体像をほぼ明らかにすることができたと考えられる.また,ピリドキサール酵素のプロトン移動過程において重要な意義を有するピリドキサールリン酸のシップ塩基の歪みについて量子化学的計算を行い,その歪みの本質を明らかにした.これらの成果の応用として,ピリドキサール酵素に関連した反応機構を有する銅アミン酸化酵素について重水素化した基質を用いての遷移相速度論的解析を行った.2-フェニルエチルアミンの場合は温度依存的で小さな同位体効果が,チラミンの場合は温度非依存的で大きな同位体効果が観測され,後者では量子力学的なトンネル効果によって触媒反応が進行しているがことが判明した.X線結晶解析により,2-フェニルエチルアミンとチラミンの結合様式が異なり,チラミンにおいてはプロトン転移のエネルギー障壁が薄くなっていることがトンネル効果を可能にしていることが分かった.
以上の研究はまた,様々な研究方法,即ち分光学,結晶解析,反応速度論,理論計算がどのように組み合わされて酵素におけるプロトン移動過程を明らかにするかの道筋を示すことにもなった.

報告書

(3件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (21件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Quantum mechanical hydrogen tunneling in bacterial copper amine oxidase reaction.2006

    • 著者名/発表者名
      Murakawa, T.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 342(2)

      ページ: 414-23

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Kinetic and structural studies on the catalytic role of the aspartic acid residue conserved in copper amine oxidase.2006

    • 著者名/発表者名
      Chiu, Y. C.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45(13)

      ページ: 4105-4120

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular cloning, expression, and characterization of pyridoxamine-pyruvate aminotransferase.2006

    • 著者名/発表者名
      Yoshikane, Y.
    • 雑誌名

      Biochem J. (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Kinetic and Structural Studies on the Catalytic Role of the Aspartic Acid Residue Conserved in Copper Amine Oxidase.2006

    • 著者名/発表者名
      Chiu, Y.C., Okajima, T., Murakawa, T., Uchida, M., Taki, M., Hirota, S., Kim, M., Yamaguchi, H., Kawano, Y., Kamiya, N., Kuroda, S., Hayashi, H., Yamamoto, Y., Tanizawa, K.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 41055-4120

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Quantum mechanical hydrogen tunneling in bacterial copper amine oxidase reaction.2006

    • 著者名/発表者名
      Murakawa, T., Okajima, T., Kuroda, S., Nakamoto, T., Taki, M., Yamamoto, Y., Hayashi, H., Tanizawa, K.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun 342

      ページ: 414-423

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular cloning, expression, and characterization of pyridoxamine-pyruvate aminotransferase.2006

    • 著者名/発表者名
      Yoshikane, Y., Yokochi, N., Ohnishi, K., Hayashi, H., Yagi, T.
    • 雑誌名

      Biochem.J. (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Quantum mechanical hydrogen tunneling in bacterial copper amine oxidase reaction.2006

    • 著者名/発表者名
      Murakawa, T.
    • 雑誌名

      Biochem.Biophys.Res.Commun. 342(2)

      ページ: 414-423

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Kinetic and structural studies on the catalytic role of the aspartic acid residue conserved in copper amine oxidase.2006

    • 著者名/発表者名
      Chiu, Y.C.
    • 雑誌名

      Biochemistry (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Binding of C5-dicarboxylic substrate to aspartate aminotransferase : implications for the conformational change at the transaldimination step.2005

    • 著者名/発表者名
      Islam, M. M.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44(23)

      ページ: 8218-8229

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Binding of C5-dicarboxylic substrate to aspartate aminotransferase : implications for the conformational change at the transaldimination step.2005

    • 著者名/発表者名
      Islam, M.M., Goto, M., Miyahara, I., Ikushiro, H., Hirotsu, K., Hayashi, H.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 8218-8229

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Binding of C5-dicarboxylic substrate to aspartate aminotransferase : implications for the conformational change at the transaldimination step.2005

    • 著者名/発表者名
      Islam, M.M.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44(23)

      ページ: 8218-8229

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Structure and property of self-assemble valinyl bolaform amides having different chirality.2005

    • 著者名/発表者名
      Doi, M.
    • 雑誌名

      J.Pept.Res. 66(4)

      ページ: 181-189

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] L565M mutation in HIV-1 glycoprotein 41 stabilizes the coiled-coil structure.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, D.
    • 雑誌名

      Biochem.Biophys.Res.Commun. 335(1)

      ページ: 112-116

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Characterization of a murine anti-laminin-1 monoclonal antibody (AK8)produced by immunization with mouse-derived laminin-12005

    • 著者名/発表者名
      Kondo, Akane
    • 雑誌名

      Clin.Dev.Immunal. 12

      ページ: 67-73

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Significance of valine/leucine247 polymorphism of ss2-glycoprotein I in antiphospholipid syndrome2005

    • 著者名/発表者名
      Yasuda, Shinsuke
    • 雑誌名

      Arth.Rheuma. 52

      ページ: 212-218

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of a putative aspartate aminotransferase belonging to subgroup IV.2004

    • 著者名/発表者名
      Katsura, Y.
    • 雑誌名

      Proteins 55(3)

      ページ: 487-492

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystal structure of a putative aspartate aminotransferase belonging to subgroup IV.2004

    • 著者名/発表者名
      Katsura, Y, Shirouzu, M., Yamaguchi, H., Ishitani, R., Nureki, O., Kuramitsu, S., Hayashi, H., Yokoyama, S.
    • 雑誌名

      Proteins 55

      ページ: 487-492

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Reactions of serine palmitoyltransferase with serine and molecular mechanisms of the actions of serine derivatives as inhibitors2004

    • 著者名/発表者名
      Ikushiro, Hiroko
    • 雑誌名

      biochemistry 43

      ページ: 1082-1092

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Yeast Nfs1p is involved in thio-modification of both mitochondrial and cytoplasmic tRNAs2004

    • 著者名/発表者名
      Nakai, Yumi
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem 279

      ページ: 12363-12368

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures of glutamine : phenylpyruvate aminotransferase from Thermus thermophilus HB8:induced fit and substrate recognition2004

    • 著者名/発表者名
      Goto, Masaru
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 279

      ページ: 16518-16525

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of a putative aspartate aminotransferase belonging to subgroup IV2004

    • 著者名/発表者名
      Katsura, Yasuhiro
    • 雑誌名

      Proteins 55

      ページ: 487-492

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] タンパク質科学 第9章 触媒機能(後藤祐児・桑島邦博・谷澤克行編)2005

    • 著者名/発表者名
      林秀行
    • 総ページ数
      579
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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