研究課題
基盤研究(C)
1 目的:Agrobacterium/Rhizobium群細菌には重要な植物病原細菌や有用菌が多数含まれている。本研究は、本群菌の遺伝的多様性の全体像を詳細に把握することによって、これらの菌種を検出・モニタリングするための技術開発に必要な基盤を整備することを目的としている。2 指標候補の適性評価:系統学的な情報量、多重置換の程度、GC%のばらつきに関して、分子進化学的解析の指標の候補として選んだ5遺伝子(dnaK、eno、pyrG、recAおよびrpoD)は、いずれも指標としての適性を有していることが確認できた。3 連結データを用いた解析:5つの配列を連結したデータに対して最適な進化モデルを探索したところ、AICと尤度比検定のいずれにおいても同一のモデル(GTR+I+G)とパラメーターが支持された。得られた最適条件のもとで、距離法、最大節約法、最尤法およびベイズ法に基づく9つの作成法を用いて系統樹を構築した。4 系統樹の信頼性評価:得られた9つの系統樹の樹形を尤度差検定法に基づいて比較し、信頼性の評価を行ったところ、ベイズ法による系統樹が最尤となった。そこで、最尤となったベイズ系統樹、およびそれと有意差の認められなかった最尤法、近隣結合法、最大節約法、最小二乗法による4つの系統樹のすべてにおいて、共通して支持された樹形部分のみを考察の対象とすることにした。5 本群菌における遺伝的多様性:科レベルのまとまりに関しては、5つの系統樹のいずれにおいても高い単系統性が認められた。また、AgrobacteriumとRhizobiumの両属のメンバーは、Sinorhizobium、Ensifer、Blastobacter属細菌や環境汚染物質分解菌とともにきわめて単系統性の高いクラスターを形成した。そのクラスター中でAgrobacterium/Rhizobium属のメンバーは不規則に混在しており、属ごとにまとまるような傾向はまったく認められなかった。
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