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氷-水界面にある活性不凍化タンパク質の分子レベルの測定と数値シミュレーション

研究課題

研究課題/領域番号 16656071
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 熱工学
研究機関京都工芸繊維大学

研究代表者

萩原 良道  京都工芸繊維大学, 工芸科学研究科, 教授 (50144332)

研究期間 (年度) 2004 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2006年度: 300千円 (直接経費: 300千円)
2005年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2004年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
キーワード不凍化タンパク質 / 氷結晶 / HPLC6 / 結晶成長速度 / 分子動力学的解析 / ポリペプチドモデル / 水素結合 / 変異体 / 凝固点降下測定 / 氷結晶成長 / 分子動力学シミュレーション / 極性サイト
研究概要

極海に生息する魚から抽出される不凍化タンパク質タイプIの主要成分であるHPLC6に注目し、氷-水界面近傍にあるHPLC6の影響に関するナノレベルの測定と数値シミュレーションを行った。
測定に関しては、HPLC6を合成して、その特定のアミノ基に蛍光試薬を標識した。間隔約50ミクロンのカバーガラスにはさまれたHPLC6の水溶液を冷却し、一方向に氷結晶を成長させた。このときの微小領域における蛍光強度、温度、界面位置を高精度で計測した。その結果、(1)低い氷結晶成長速度では、タンパク質濃度が高いほど成長速度が低下すること、(2)氷の成長によりタンパク質は氷表面に集中するが、氷の融解時には表面から離脱すること、(3)結晶中に現れる筋状の不凍部はHPLC6により形成された液相領域であること、などが明らかになった。
他方、数値シミュレーションに関しては、HPLC6の一部である9個のアラニン残基、2個のトレオニン残基、1個のアスパラギン残基からなるポリペプチドモデルを作成した。またトレオニンをバリンに置き換えた変異体モデルも作成した。これらを含む水、あるいは氷-水混合系に関する分子動力学解析を行った。平均二乗変位、回転相関関数、角度分布関数、二面角分布関数、水素結合相関関数などの統計量を比較し、ポリペプチドモデルの側鎖サイトがその周辺の水分子へ及ぼす影響について検証した。計算結果より、アスパラギン残基近いトレオニン残基が水素結合により氷結晶のプリズム面に近づくこと、アラニン残基のみならずトレオニン残基にも含まれるメチル基が疎水性水和構造の形成を誘起すること、この構造が氷成長を阻害すること、複数のモデルが接近しているときにはこの構造が優勢であること、などを示した。

報告書

(3件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2007 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (17件)

  • [雑誌論文] Interaction between Antifreeze Protein and Growing Ice Crystal2007

    • 著者名/発表者名
      R.Nakanishi, R.Sakurai, Y.Morikane, Y.Hagiwara
    • 雑誌名

      Proc. of the 18th International Symposium on Transport Phenomena (掲載決定)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Analysis on Inhibition of Ice Nucleus Growth by Alanine Polypeptide Model2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Hagiwara, T.Nobekawa, K.Iwasaki
    • 雑誌名

      Proc. of the 13th International Heat Transfer Conference (Paper No. MIC-11) (CD-ROM)

      ページ: 12-12

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] On the Motion of Antifreeze Protein, Ice Growth and Temperature Drop in an Aqueous Solution of the Protein2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Morikane, Y.Hagiwara, M.Shibata
    • 雑誌名

      Proc. of the 13th International Heat Transfer Conference (Paper No. MPH-21) (CD-ROM)

      ページ: 10-10

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Analysis on Interaction between Water Molecules and Segment Model of Antifreeze Protein Type I2006

    • 著者名/発表者名
      T.Nobekawa, H.Taniguchi, Y.Hagiwara
    • 雑誌名

      Proc. of the 17th International Symposium on Transport Phenomena (2006) (Paper No. 1-D-II-1) (CD-ROM)

      ページ: 6-6

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] アミノ酸ポリペプチドモデルによる氷結晶成長抑制に関する分子動力学的解析2006

    • 著者名/発表者名
      延川 隆, 谷口 比呂美, 萩原良道
    • 雑誌名

      (社)日本機械学会熱工学コンファレンス講演論文集 No. 06-2

      ページ: 19-20

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 不凍化タンパク質の一方向結晶成長に及ぼす影響に関する研究2006

    • 著者名/発表者名
      森兼 悠介, 中西 力也, 萩原良道
    • 雑誌名

      (社)日本機械学会熱工学コンファレンス講演論文集 No. 06-2

      ページ: 33-34

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular dynamics analysis on inhibition of ice nucleus growth by alanine polypeptide model2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Hagiwara, T.Nobekawa, K.Iwasaki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 13th Int.Heat Transfer Conference

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] On the motion of antifreeze protein, ice growth and temperature drop in an aqueous solution of the protein2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Morikane, Y.Hagiwara, M.Shibata
    • 雑誌名

      Proceedings of the 13th Int.Heat Transfer Conference

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulation on interaction between water molecules and segment model of antifreeze protein type I2006

    • 著者名/発表者名
      M.Shibata, Y.Morikane, Y.Hagiwara
    • 雑誌名

      Proceedings of the 17th Int.Symposium on Transport Phenomena

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 水中のアミノ酸ポリペプチドモデルの分子動力学的解析2006

    • 著者名/発表者名
      谷口 比呂美, 延川 隆, 萩原 良道
    • 雑誌名

      第43回日本伝熱シンポジウム講演論文集 2巻

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 不凍化タンパク質が氷-溶液界面に及ぼす影響に関する実験的研究2006

    • 著者名/発表者名
      中西 力也, 森兼 悠介, 萩原 良道, 中別府 修
    • 雑誌名

      第43回日本伝熱シンポジウム講演論文集 2巻

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Micro-scale measurements on the gradually freezing aqueous solution of antifreeze protein2005

    • 著者名/発表者名
      M.Shibata, Y.Morikane, Y.Hagiwara
    • 雑誌名

      Proceedings of the 6th World Conference on Experimental Heat Transfer, Fluid Mechanics, and Thermodynamics

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2004 実績報告書
  • [雑誌論文] アミノ酸ポリペプチドモデルと水分子の相互作用に関する分子動力学的解析2005

    • 著者名/発表者名
      延川 隆, 岩崎 和久, 萩原 良道
    • 雑誌名

      第42回日本伝熱シンポジウム講演論文集 第1巻

      ページ: 91-92

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 高性能顕微鏡を用いた不凍化タンパク質の氷成長抑制に関する測定2005

    • 著者名/発表者名
      柴田雅範, 森兼悠介, 萩原良道
    • 雑誌名

      日本機械学会関西支部第80期定時総会講演会論文集

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] アミノ酸ポリペプチドモデルと水分子の相互作用に関する分子動力学的解析2005

    • 著者名/発表者名
      延川 隆, 岩崎和久, 萩原良道
    • 雑誌名

      第42回日本伝熱シンポジウム講演論文集

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulation on hydrophobic effects of alanine tetra-peptide in water2004

    • 著者名/発表者名
      K.Iwasaki, Y.Hagiwara
    • 雑誌名

      Proceedings of the 1st International Forum on Heat Transfer

      ページ: 127-128

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 水-氷界面近傍でのアラニン・テトラペプチドに関する分子動力学シミュレーション2004

    • 著者名/発表者名
      岩崎和久, 萩原良道
    • 雑誌名

      日本機械学会熱工学コンファレンス2004講演論文集

      ページ: 149-150

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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