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シロイヌナズナのフェノーム解析とデータベースの作製

研究課題

研究課題/領域番号 16710149
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

黒森 崇  独立行政法人理化学研究所, 植物ゲノム発現研究チーム, 研究員 (80332295)

研究期間 (年度) 2004 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
3,700千円 (直接経費: 3,700千円)
2006年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2005年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2004年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
キーワードシロイヌナズナ / 変異体データベース / フェノーム解析
研究概要

1.シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体の系統的表現型観察
私たちがこれまでに作製したトランスポゾン挿入変異株の中で、遺伝子コード領域への挿入変異が予測されるラインを選別し、合計4,768ラインについて種子50粒ずつをシャーレ培地に播種し幼苗の生育を観察した。シャーレ内で約3週間育成した後、各ライン8個体ずつを土に植え換えて植物体の育成を続けて、形態に異常のある個体についてデジタル画像によって記録を取った。これまでのところ植物体地上部に注目して観察を行い、比較的はっきりした目に見える表現型を示したラインに関して再現性が得られるか調べた。その結果、139ライン(219表現型項目)のデータが得られ、これは観察を行ったラインの約3%に相当した。
2.シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体の表現型データベースRAPIDの作製
上記の植物体観察によって得られた表現型情報について、主に生育段階に従って8つの大きな表現型カテゴリー(幼苗、葉、茎、花、鞘、種子、全体の成長、枝分かれ)とそれに付随した更に詳細な43の表現型サブカテゴリーに分類した。このデータを元に、表現型ワードから変異体データを検索できるデータベースを作製し公開した(RAPID : RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database)。このデータベースには約200枚の変異体写真が含まれており、検索画面で表現型の項目を選ぶことで画像データが検索できる。検索結果はサムネール形式で表示されており写真をクリックすると拡大された写真を見ることができ、言葉では表しにくい変異体の様子が閲覧できるようになっている。観察を行った各変異体について、どの遺伝子にトランスポゾンが挿入されて変異を受けているかについても示されている(http://rarge.gsc.riken.jp/phenome/)。

報告書

(3件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2007 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (12件)

  • [雑誌論文] シロイヌナズナの全遺伝子解明に向けての遺伝子破壊型変異体整備と表現型解析2007

    • 著者名/発表者名
      黒森 崇
    • 雑誌名

      実験医学 増刊 ゲノム情報と生命現象の統合的理解2007 25

      ページ: 171-177

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A trial of phenome analysis using 4000 Ds-insertional mutants in gene-coding regions of Arabidopsis2006

    • 著者名/発表者名
      Kuromori T
    • 雑誌名

      The Plant Journal 47

      ページ: 640-651

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Arabidopsis SPO11-2 functions with SPO11-1 in meiotic recombination2006

    • 著者名/発表者名
      Stacey N
    • 雑誌名

      The Plant Journal 48

      ページ: 206-216

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] An Arabidopsis chloroplast-targeted Hsp 101 homolog, APG6, has an essential role in chloroplast development as well as heat stress response2006

    • 著者名/発表者名
      Myouga F
    • 雑誌名

      The Plant Journal 48

      ページ: 249-260

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Loss of NECROTIC SPOTTED LESIONS 1 associates with cell death and defense responses in Arabidopsis thaliana2006

    • 著者名/発表者名
      Noutoshi Y
    • 雑誌名

      Plant Molecular Biology 62

      ページ: 29-42

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] ABA Hypersensitive Germination3 Encodes a Protein Phosphatase 2C(AtPP2CA) That Strongly Regulates ABA Signaling During Germination Among Arabidopsis PP2Cs.2006

    • 著者名/発表者名
      Yoshida T
    • 雑誌名

      Plant Physiology 140

      ページ: 115-126

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A Resource of 5814 Dissociation Transposon-Tagged and Sequence-Indexed Lines of Arabidopsis Transposed from Start Loci on Chromosome 5.2005

    • 著者名/発表者名
      Ito T
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology 46

      ページ: 1149-1153

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Analysis of ABA Hypersensitive Germination2 revealed the pivotal functions of PARN in stress response in Arabidopsis.2005

    • 著者名/発表者名
      Nishimura N
    • 雑誌名

      Plant Journal 44

      ページ: 972-984

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] RARGE : a large-scale database of RIKEN Arabidopsis resources ranging from transcriptome to phenome.2005

    • 著者名/発表者名
      Sakurai T
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 33

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] AtIPT3 is a key determinant of nitrate-dependent cytokinin biosynthesis in Arabidopsis.2004

    • 著者名/発表者名
      Takei K
    • 雑誌名

      Plant and Cell physiology 45

      ページ: 1053-1062

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Quantitative trait loci analysis of nitrate storage in Arabidopsis leading to an investigation of the contribution of the anion channel gene, AtCLC-c, to variation in nitrate levels2004

    • 著者名/発表者名
      Harada H
    • 雑誌名

      Journal of Experimental Botany 55

      ページ: 2005-2014

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Saturation mutagenesisが可能なシロイヌナズナにおける遺伝子破壊系統の収集とフェノーム解析

    • 著者名/発表者名
      黒森 崇
    • 雑誌名

      生物の科学 遺伝 別冊 日本の遺伝学の潮流 (印刷中)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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