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化学反応のゆらぎと協同現象としての細胞現象の理論生物物理

研究課題

研究課題/領域番号 16770118
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物物理学
研究機関広島大学

研究代表者

柴田 達夫  広島大学, 大学院理学研究科, 助教授 (10359888)

研究期間 (年度) 2004 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2006年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2005年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2004年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
キーワード反応のゆらぎ / シグナル伝達系ネットワーク / 走化性 / ネットワーク / 化学反応の揺らぎ
研究概要

これまで,シグナル伝達系における反応ゆらぎとシグナル増幅の関係に関する研究を進めてきた。その結果は,gain-fluctuation relationとしてまとめることが出来た。本年度はその結果を,細胞性粘菌の走化性シグナル伝達系に適用した。細胞性粘菌は,cAMPの濃度勾配を感じて,濃度の高い方へ向かって運動をする(走化性)。細胞の走化性の正確さを調べた実験によると,それは濃度勾配の大きさや,濃度の絶対値に依存していた。走化性の正確さはcAMPの濃度とともに上昇し,ある濃度で最大値を示し,さらにcAMPの濃度が上昇すると,正確さは逆に減少する。その結果を定量的に説明するために,走化性シグナル伝達系のシグナルとノイズの比,SN比を数理的求めた。実際のパラメータを代入すると,それは実験結果と見事に一致した。このことから,細胞の振る舞いには確かにシグナル伝達系における反応のノイズとその伝搬を考慮に入れる必要があることを示している。この理論を用いると,レセプターの数などのさまざまな生化学パラメータが変化したときに走化性の正確さがどのように変化するかを予言することが出来る。従って,ある変異株で走化性の効率が野生株に比較して変化したときに,どの生化学パラメータに変化があったのかを予測することが出来る。

報告書

(3件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2007 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (12件)

  • [雑誌論文] Stochastic signal processing and transduction in chemotactic response of eukaryotic cells2007

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Ueda, Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Biophysical Journal (掲載決定)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 細胞に学ぶ確率的情報処理2007

    • 著者名/発表者名
      上田昌宏, 柴田達夫
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 87

      ページ: 898-906

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 細胞のふるまいを"ゆらぎ"で読みとく2006

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 雑誌名

      BIONICS 3(12)

      ページ: 64-67

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 細胞はゆらぎに満ちている : 反応ノイズの生成,増幅と伝搬2006

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 雑誌名

      生物物理 46

      ページ: 194-200

    • NAID

      110004751708

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Nonequilibrium self-organization phenomena in active Langmuir monolayers2006

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata, Alexander S. Mikhailov
    • 雑誌名

      Chaos 16(論文番号)

      ページ: 37108-37108

    • NAID

      120000878063

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Nonequilibrium pattern formation in chiral Langmuir monolayers with transmembrane flows2006

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata, Alexander S.Mikhailov
    • 雑誌名

      Europhysics Letters 77

      ページ: 436-442

    • NAID

      120000878082

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] ゆらぐ細胞のシグナル伝達2006

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 雑誌名

      物性研究 85

      ページ: 663-667

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Cross-talking of network motifs in gene regulations that generates temporal pulses and spatial stripes2005

    • 著者名/発表者名
      Shuji Ishihara, Koichi Fujimoto, Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Genes to cells 10

      ページ: 1025-1038

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 細胞の反応ゆらぎとシグナル伝達2005

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫, 上田昌宏
    • 雑誌名

      蛋白質 核酸 酵素 50

      ページ: 1940-1947

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Cell is noisy2005

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Networks of Interacting Machines (ed.D.Armbruster, K.Kaneko, A.S.Mikhailov)

      ページ: 203-220

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Noisy signal amplification in ultrasensitive signal transduction2005

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata, Koichi Fujimoto
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 102

      ページ: 331-336

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Amplification of noise in a cascade chemical reacsion2004

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Physical Review E 69

      ページ: 56218-56218

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2016-04-21  

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