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ソフトマシンとしてのタンパク質の機能制御

研究課題

研究課題/領域番号 16H02217
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
研究機関名古屋大学

研究代表者

笹井 理生  名古屋大学, 工学研究科, 教授 (30178628)

研究分担者 新井 宗仁  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90302801)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
44,070千円 (直接経費: 33,900千円、間接経費: 10,170千円)
2018年度: 13,650千円 (直接経費: 10,500千円、間接経費: 3,150千円)
2017年度: 13,650千円 (直接経費: 10,500千円、間接経費: 3,150千円)
2016年度: 16,770千円 (直接経費: 12,900千円、間接経費: 3,870千円)
キーワード動的ランドスケープ / 粗視化動力学モデル / マルチスケールNMR測定 / 網羅的変異解析 / 網羅的変異測定
研究成果の概要

理論と実験の協力により、タンパク質の動的ランドスケープの原理について研究を行った。タンパク質の粗視化計算モデルを開発し、タンパク質の構造転移を合理的に説明する動的ランドスケープの計算を行った。さらに、統計力学モデルによってフォールディング、タンパク質系の振動を理論的に分析した。また、マルチタイムスケールのNMR緩和測定を行い、複数の酵素や天然変性タンパク質の特性を解析した。さらに網羅的なアミノ酸置換によってアルカン合成酵素をはじめとするタンパク質を解析した。こうした成果に基づき、タンパク質機能の工学的改変の原理を分析した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

新しい粗視化計算モデル、統計力学モデルを開発するとともに、マルチスケールNMR緩和測定法により、ピコ秒からミリ秒に及ぶ構造変化ダイナミクスを解析するための学術的方法論を整備することができた。また、網羅的アミノ酸置換により、バイオ燃料を生産できるアルカン合成酵素の可溶性と酵素活性の向上のための改変、リン資源の枯渇を防ぐ上で有用な酵素の機能向上のための改変など、タンパク質工学の基礎技術を発展させ、タンパク質の基礎知識と概念の社会的問題への適用可能性を示すことができた。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (99件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (18件) (うち国際共著 2件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 12件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (77件) (うち国際学会 14件、 招待講演 14件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] State University of New York(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Effects of Stochastic Single-Molecule Reactions on Coherent Ensemble Oscillations in the KaiABC Circadian Clock2019

    • 著者名/発表者名
      M Sasai
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 123 号: 3 ページ: 702-713

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b10584

    • NAID

      120006623809

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single nucleosome imaging reveals loose genome chromatin networks via active RNA polymerase II2019

    • 著者名/発表者名
      R Nagashima, K Hibino, SS Ashwin, M Babokhov, S Fujishiro, R Imai, T Nozaki, S Tamura, T Tani, H Kimura, M Shribak, MT Kanemaki, M Sasai, K Maeshima
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: 218 号: 5 ページ: 1511-1530

    • DOI

      10.1083/jcb.201811090

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of non-conserved residues essential for improving the hydrocarbon-producing activity of cyanobacterial aldehyde-deformylating oxygenase2019

    • 著者名/発表者名
      H Kudo, Y Hayashi, M Arai
    • 雑誌名

      Biotechnology for Biofuels

      巻: 12 号: 1 ページ: 89-89

    • DOI

      10.1186/s13068-019-1409-8

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mutational analysis of a catalytically important loop containing active site and substrate-binding site in Escherichia coli phytase AppA2019

    • 著者名/発表者名
      M Wada, Y Hayashi, M Arai
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 83 号: 5 ページ: 860-868

    • DOI

      10.1080/09168451.2019.1571897

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conformational diversity in the intrinsically disordered HIV-1 Tat protein induced by zinc and pH2019

    • 著者名/発表者名
      Kunihara Tomoko、Hayashi Yuuki、Arai Munehito
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 509 号: 2 ページ: 564-569

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.12.126

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Production and characterization of recombinant P1 adhesin essential for adhesion, gliding, and antigenic variation in the human pathogenic bacterium, Mycoplasma pneumoniae2019

    • 著者名/発表者名
      Kenri Tsuyoshi、Kawakita Yoshito、Kudo Hisashi、Matsumoto U.、Mori Shigetarou、Furukawa Yukio、Tahara Yuhei O.、Shibayama Keigo、Hayashi Yuuki、Arai Munehito、Miyata Makoto
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 508 号: 4 ページ: 1050-1055

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.11.132

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-molecular and ensemble-level oscillations of cyanobacterial circadian clock2018

    • 著者名/発表者名
      S Das, TP Terada, M Sasai
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 15 号: 0 ページ: 136-150

    • DOI

      10.2142/biophysico.15.0_136

    • NAID

      130006745268

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Interaction of the GntR-family transcription factor Sll1961 with thioredoxin in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 68032018

    • 著者名/発表者名
      Kujirai, J., Nanba, S., Kadowaki, T., Oka, Y., Nishiyama, Y., Hayashi, Y., Arai, M. and Hihara, Y.
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 8 号: 1 ページ: 6666-6666

    • DOI

      10.1038/s41598-018-25077-5

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unified understanding of folding and binding mechanisms of globular and intrinsically disordered proteins2018

    • 著者名/発表者名
      M. Arai
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 10 号: 2 ページ: 163-181

    • DOI

      10.1007/s12551-017-0346-7

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Role of ATP hydrolysis in cyanobacterial circadian oscillator2017

    • 著者名/発表者名
      S. Das, T. P. Terada, & M. Sasai
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-017-17717-z

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Formation of the chaperonin complex studied by 2D NMR spectroscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Takenaka Toshio、Nakamura Takashi、Yanaka Saeko、Yagi-Utsumi Maho、Chandak Mahesh S.、Takahashi Kazunobu、Paul Subhankar、Makabe Koki、Arai Munehito、Kato Koichi、Kuwajima Kunihiro
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 12 号: 10 ページ: 187022-187022

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0187022

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Highly Heterogeneous Nature of the Native and Unfolded States of the B Domain of Protein A Revealed by Two-Dimensional Fluorescence Lifetime Correlation Spectroscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Otosu Takuhiro、Ishii Kunihiko、Oikawa Hiroyuki、Arai Munehito、Takahashi Satoshi、Tahara Tahei
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 121 号: 22 ページ: 5463-5473

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b00546

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterogeneous spatial distribution of transcriptional activity in budding yeast nuclei2017

    • 著者名/発表者名
      N. Tokuda & M. Sasai
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 112 号: 3 ページ: 491-504

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2016.11.3201

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] ラン藻由来アルカン合成関連酵素の高活性化と軽油生産性の向上2017

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁、林勇樹、工藤恒
    • 雑誌名

      月刊ファインケミカル

      巻: 46 ページ: 19-25

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] 多彩な戦略で挑むシアノバクテリア由来の燃料生産 ― 持続可能な第三世代バイオ燃料生産の最前線2017

    • 著者名/発表者名
      日原由香子、朝山宗彦、蘆田弘樹、天尾豊、新井宗仁、粟井光一郎、得平茂樹、小山内崇、鞆達也、成川礼、蓮沼誠久、増川一
    • 雑誌名

      化学と生物

      巻: 55 ページ: 88-97

    • NAID

      130006316058

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Importance of consensus region of multiple-ligand templates in a virtual screening method2016

    • 著者名/発表者名
      T. Okuno, K. Kato, S. Minami, T. P. Terada, M. Sasai, & G. Chikenji
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 149-156

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_149

    • NAID

      130005165373

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cooperativity and modularity in protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      M. Sasai, G. Chikenji, & T. P. Terada
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 281-293

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_281

    • NAID

      130005284044

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Comparison of aldehyde-producing activities of cyanobacterial acyl-(acyl carrier protein) reductases2016

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Kudo, Ryota Nawa, Yuuki Hayashi, & Munehito Arai
    • 雑誌名

      Biotechnology for Biofuels

      巻: 9 号: 1 ページ: 234-234

    • DOI

      10.1186/s13068-016-0644-5

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Experimental and theoretical design of enzymes and binding proteins2019

    • 著者名/発表者名
      M Arai
    • 学会等名
      New Frontier in Protein Design & Engineering
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 進化分子工学による大腸菌フィターゼAppAの低温高活性化2019

    • 著者名/発表者名
      和田愛未、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 統計力学モデルの拡張によるジスルフィド結合含有タンパク質のフォールディング機構の解析2019

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第8回日本生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] c-Myb-KIX間相互作用を阻害するペプチドの合理的設計2019

    • 著者名/発表者名
      季高駿士、岡芳樹、椢原朋子、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第8回日本生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来アルカン合成関連酵素の活性向上に重要なアミノ酸残基の同定2019

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第8回日本生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] シアノバクテリア Synechocystis sp. PCC 6803 におけるGntR型転写因子Sll1961の機能解析: 2. 遺伝子の発現制御2019

    • 著者名/発表者名
      難波理、鯨井純一、門脇太朗、岡芳樹、林勇樹、新井宗仁、園池公毅、日原由香子
    • 学会等名
      第13回ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻でのアルカン合成に必要な2つの酵素間の相互作用2019

    • 著者名/発表者名
      張マリ、榛葉啓悟、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      在日韓国科学技術者協会 第10回合同分科会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Heterogeneous repulsive interactions among local chromatin regions is responsible for the three-dimensional organization of human genome2018

    • 著者名/発表者名
      S Fujishiro, M Sasai
    • 学会等名
      Nuclear Organization & Function
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inferring chromatin packing from the dynamical characterization of nucleosomes in live cells2018

    • 著者名/発表者名
      SS Ashwin, T Nozaki, K Maeshima, M Sasai
    • 学会等名
      Workshop on Chromatin Biophysics
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Heterogeneous chromatin accessibility establishes human nuclear organization2018

    • 著者名/発表者名
      S Fujishiro, M Sasai
    • 学会等名
      Workshop on Chromatin Biophysics
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Inferring chromatin packing properties from the dynamical characterization of nucleosomes in live cells2018

    • 著者名/発表者名
      SS Ashwin, T Nozaki, K Maeshima, M Sasai
    • 学会等名
      International Conference on Advances in Physics of Emergent Orders in Fluctuation
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Free energy landscape for the Brownian motion of the leading head of myosin VI during the stepping motion2018

    • 著者名/発表者名
      TP Terada, Q-M Nie, M Sasai
    • 学会等名
      the 2nd workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems - Biological Systems
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Current and future perspectives of protein design2018

    • 著者名/発表者名
      M Arai
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会ワークショップ蛋白工学の過去・現在・未来:1983年からの35周年を記念して
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural analyses of Gli123 protein, essential for Mycoplasma mobile gliding2018

    • 著者名/発表者名
      D Matsuike, YO Tahara, T Hamaguchi, M Arai, M Miyata
    • 学会等名
      22nd Congress of the International Organization for Mycoplasmology
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] カメレオンモデル: タンパク質の構造転移理解のための複数の天然構造を用いたGo モデルの拡張2018

    • 著者名/発表者名
      伊藤真志保, 笹井理生, 寺田智樹
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Molecular simulation of protein conformational transition using a two-structure based model2018

    • 著者名/発表者名
      M Ito, R Mori, TP Terada, M Sasai
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Free energy landscape for the Brownian motion of the leading head of myosin VI during the stepping motion2018

    • 著者名/発表者名
      TP Terada, Q-M Nie, M Sasai
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] A study on conformational transition of adenylate kinase with an improved chameleon model2018

    • 著者名/発表者名
      R Mori, M Ito, TP Terada, M Sasai
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Diversification of P-loop protein structure simulated by imposing the functional requirement as a selection pressure2018

    • 著者名/発表者名
      K Inukai, M Sasai, G Chikenji
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ATPase activity of individual KaiC molecules decisively influences the ensemble-level oscillation of cyanobacterial KaiABC clock2018

    • 著者名/発表者名
      S Das, TP Terada, M Sasai
    • 学会等名
      第56回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of folding mechanisms of multi-domain proteins by an extended statistical mechanical model2018

    • 著者名/発表者名
      K Ooka, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of the intrinsically disordered c-Jun and its interaction with the KIX domain of the transcriptional coactivator CBP2018

    • 著者名/発表者名
      S Yoshizaki, Y Suematsu, S Suetaka, T Kunihara, Y Hayashi, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rational design of peptides that inhibit interaction of the transcription factor c-Myb with the KIX domain of CBP2018

    • 著者名/発表者名
      S Suetaka, Y Oka, T Kunihara, Y Hayashi, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Identification of amino acid residues essential for hydrocarbon production in aldehyde deformylating oxygenase from cyanobacteria2018

    • 著者名/発表者名
      H Kudo, Y Hayashi, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Rational design of nucleotide sensors for intracellular quantitative imaging2018

    • 著者名/発表者名
      Y Oka, S Suetaka, H Ago, Y Miyachi, Y Hayashi, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Development of a protein that inhibits interleukin-33 responsible for allergic asthma2018

    • 著者名/発表者名
      M Sano, Y Oka, Y Hayashi, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Enhancing activity of dihydrofolate reductase by theoretical mutational analysis2018

    • 著者名/発表者名
      K Ohara, Y Oka, Y Hayashi, M Arai
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 変異解析によるラン藻由来アルカン合成関連酵素の機能発現に重要な部位の同定2018

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] リン酸化合物加水分解酵素フィターゼの活性に重要なループ領域の変異解析2018

    • 著者名/発表者名
      和田愛未、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内酵素活性の可視化を利用したアシルACP還元酵素の高活性変異体のハイスループットスクリーニング2018

    • 著者名/発表者名
      林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 天然変性タンパク質HIV-1 Tatの構造特性と分子認識2018

    • 著者名/発表者名
      椢原朋子、林勇樹、工藤恒、河合秀信、岡芳樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 統計力学モデルの拡張によるジスルフィド結合含有タンパク質のフォールディング反応機構の解析2018

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来アシルACP還元酵素の変異解析による炭化水素合成量の向上2018

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      日本農芸化学会2018年度大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 統計力学モデルによるジスルフィド結合含有タンパク質のフォールディング機構の解析2018

    • 著者名/発表者名
      大岡紘治、新井宗仁
    • 学会等名
      第7回日本生物物理学会関東支部会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] デザイン可能なタンパク質構造の条件2018

    • 著者名/発表者名
      千見寺浄慈(本課題の連携研究者による発表)
    • 学会等名
      第34回 計算数理工学フォーラム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Genome folding: Analogy to protein folding problems2017

    • 著者名/発表者名
      M. Sasai
    • 学会等名
      The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"
    • 発表場所
      韓国、High-1リゾート
    • 年月日
      2017-02-05
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The 3D Genome Architecture and Transcriptional Regulation2017

    • 著者名/発表者名
      S. Fujishiro, M. Sasai
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on Stochastic Physics in Biology
    • 発表場所
      カリフォルニア州、ベンチュラ市
    • 年月日
      2017-01-08
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞内GTP定量センサーの開発2017

    • 著者名/発表者名
      岡芳樹、竹内恒、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来炭化水素合成関連酵素の機能に重要なアミノ酸部位の探索2017

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      藍藻の分子生物学2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Improving activity and solubility of cyanobacterial enzymes for hydrocarbon biosynthesis2017

    • 著者名/発表者名
      H. Kudo, Y. Hayashi, M. Arai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Rational design of a novel affinity ligand for antibody purification by controlling the pH-sensitive antibody interaction2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Oka, T. Sawada, T. Watanabe, H. Kudo, M. Wada, H. Kawai, M. Chang, Y. Hayashi, M. Arai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Folding pathways of multi-domain proteins predicted by a statistical mechanical model2017

    • 著者名/発表者名
      K. Ooka, M. Arai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Interaction between two enzymes essential for cyanobacterial alkane biosynthesis2017

    • 著者名/発表者名
      M.Chang, K. Shimba, H. Kudo, H. Kawai, Y. Oka, M. Wada, Y. Hayashi, M. Arai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Mutational analysis of amino acid residues important for the function of an enzyme for alkane biosynthesis2017

    • 著者名/発表者名
      M. Nomura, H. Kudo, Y. Hayashi, M. Arai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Simulated diversification of the P-loop protein fold through functional selection2017

    • 著者名/発表者名
      K. Inukai, M. Sasai, G. Chikenji
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] A stochastic simulation study on the mechanism of correlation between circadian oscillation and ATPase activity of KaiC hexamer2017

    • 著者名/発表者名
      S. Das, S. Hashimoto, T. P. Terada, M. Sasai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of the pathways and transition states of conformational transition of NtrC by the chameleon model2017

    • 著者名/発表者名
      S. Abe, M. Sasai, T. P. Terada
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] The phase-separation principle of human genome architecture2017

    • 著者名/発表者名
      S. Fujishiro, M. Sasai
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The phase-separation principle of human genome folding2017

    • 著者名/発表者名
      S. Fujishiro, M. Sasai
    • 学会等名
      CSRC Workshop on DNA Chromosome Structure and Dynamics
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural analysis of the gliding protein Gli349 from Mycoplasma mobile by domain fragmentation2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Hayashi, J. Inatomi, Y. Nomura, M. Wada, H. Kudo, H. Kawai, Y. Oka, Y. Kawakita, M. Yabe, T. Hamaguchi, A. Takamori, M. Miyata, M. Arai
    • 学会等名
      International Symposium on Harmonized supramolecular motility machinery and its diversity
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural analyses of Gli123 protein, essential for Mycoplasma mobile gliding2017

    • 著者名/発表者名
      D. Matsuike, Y. O. Tahara, T. Hamaguchi, M. Arai, M. Miyata
    • 学会等名
      International Symposium on Harmonized supramolecular motility machinery and its diversity
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるラン藻由来アルカン合成酵素の構造ダイナミクス解析2017

    • 著者名/発表者名
      新井宗仁
    • 学会等名
      ラン藻ゲノム交流会2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 天然タンパク質の慣性半径・球形度・密度についての統計解析2017

    • 著者名/発表者名
      河合秀信、新井宗仁
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来アルカン合成関連酵素群の機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、名和良太、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] c-Myb-KIX間相互作用を阻害するペプチドの合理的設計2017

    • 著者名/発表者名
      季高駿士、岡芳樹、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 合理的設計による新規抗体精製用アフィニティーリガンドの開発2017

    • 著者名/発表者名
      岡芳樹、澤田泰平、渡辺尚大、工藤恒、和田愛未、河合秀信、張マリ、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻でのアルカン合成に必要な2つの酵素間の相互作用2017

    • 著者名/発表者名
      張マリ、榛葉啓悟、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Role of dynamical DNA methylation in gene regulation2017

    • 著者名/発表者名
      S.S. Ashwin, M. Sasai
    • 学会等名
      International Conference on Biological Physics 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] カメレオンモデルを用いたNtrCの構造転移機構についての研究2017

    • 著者名/発表者名
      阿部真也、水野敦、笹井理生、寺田 智樹
    • 学会等名
      平成28年度生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来アルカン合成関連酵素の機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、名和良太、榛葉啓悟、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      日本生物物理学会関東支部 第6回支部会
    • 発表場所
      早稲田大学先端生命医科学センター
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 3D Genome Architecture Inferred from Epigenome2016

    • 著者名/発表者名
      S. Fujishiro, M. Sasai
    • 学会等名
      The 3rd International Conference on Computational Science and Engineering
    • 発表場所
      ベトナム、ホーチミン市
    • 年月日
      2016-11-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Role of interdomain communication in pacemaking circadian rhythm studied by a single molecule model of KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      S. Hashimoto, S. Das, M. Sasai, T. P. Terada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Mechanism of conformational transition of NtrC studied by using chameleon model2016

    • 著者名/発表者名
      S. Abe, A. Mizuno, M. Sasai, T. P. Terada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structural and functional analysis of a cyanobacterial enzyme for alkane biosynthesis2016

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Kudo, Ryota Nawa, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Structural dynamics of a cyanobacterial alkane synthase studied by NMR and molecular dynamics simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Yuma Suematsu, Yuji O. Kamatari, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] NMR analysis of structural fluctuation of a highly active mutant of Escherichia coli dihydrofolate reductase2016

    • 著者名/発表者名
      Takuro Nobe, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Rational design of a peptide inhibitor of the c-Myb-KIX interaction2016

    • 著者名/発表者名
      Shunji Suetaka, Yoshiki Oka, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Alanine scanning mutagenesis of a cyanobacterial alkane synthase2016

    • 著者名/発表者名
      Keigo Shimba, Fumitaka Yasugi, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Alanine scanning mutagenesis reveals functional roles of conserved residues in an enzyme for alkane biosynthesis2016

    • 著者名/発表者名
      Masashi Nomura, Hisashi Kudo, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Search for the binding sites between two enzymes essential for cyanobacterial alkane biosynthesis2016

    • 著者名/発表者名
      Mari Chang, Keigo Shinba, Yuuki Hayashi, Munehito Arai
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質構造を利用したバーチャルスクリーニングとその周辺2016

    • 著者名/発表者名
      千見寺浄慈
    • 学会等名
      第5回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      東京国際交流舘プラザ平成
    • 年月日
      2016-09-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ラン藻でのアルカン合成に必要な2つの酵素間の結合部位の探索2016

    • 著者名/発表者名
      張マリ、榛葉啓悟、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] アルカン合成酵素ADのNMRと分子動力学シミュレーションによるダイナミクス解析2016

    • 著者名/発表者名
      末松佑麿、鎌足雄司、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来アルカン合成関連酵素の構造機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、名和良太、林勇樹、新井宗仁
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2016-06-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical Energy Landscape Perspective of Protein Functioning2016

    • 著者名/発表者名
      M. Sasai
    • 学会等名
      2nd Polish-Korean Conference
    • 発表場所
      ポーランド、グダンスク市
    • 年月日
      2016-05-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ラン藻由来アルカン合成関連酵素を利用したバイオエネルギー生産2016

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、名和良太、林勇樹、渡辺麻衣、池内昌彦、新井宗仁
    • 学会等名
      酵素工学研究会 第76回講演会
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ラン藻由来アルカン合成関連酵素の構造機能解析とバイオエネルギー生産への応用2016

    • 著者名/発表者名
      工藤恒、名和良太、林勇樹、渡辺麻衣、池内昌彦、新井宗仁
    • 学会等名
      第16回 東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] Chapter 6: Cyanobacterial enzymes for bioalkane production in "Synthetic Biology of Cyanobacteria"2018

    • 著者名/発表者名
      M Arai, Y Hayashi, H Kudo
    • 総ページ数
      36
    • 出版者
      Springer Nature Singapore Pte Ltd.
    • ISBN
      9789811308543
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] Modeling of genomes, Chapter 9 in Coarse-Grained Modeling of Biomolecules, ed. by G. Papoian2017

    • 著者名/発表者名
      N. Tokuda, M. Sasai
    • 総ページ数
      26
    • 出版者
      CRC Press Taylor & Francis Group
    • ISBN
      9781466576063
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 科学研究費補助金基盤研究(A) "ソフトマシンとしてのタンパク質の機能制御"

    • URL

      http://www.tbp.cse.nagoya-u.ac.jp/kiban16H02217.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2016 実績報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-10-07  

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