| 研究課題/領域番号 |
16H02484
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
システムゲノム科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)
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| 研究分担者 |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
亀田 倫史 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 主任研究員 (40415774)
阿部 洋 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (80415067)
櫻庭 俊 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, 主任研究員(任常) (90647380)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
45,630千円 (直接経費: 35,100千円、間接経費: 10,530千円)
2018年度: 12,090千円 (直接経費: 9,300千円、間接経費: 2,790千円)
2017年度: 16,510千円 (直接経費: 12,700千円、間接経費: 3,810千円)
2016年度: 17,030千円 (直接経費: 13,100千円、間接経費: 3,930千円)
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| キーワード | 修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 / エネルギーパラメタ / RNA2次構造 / エヒトランスプリクトーム / ＲＮＡ2次構造 / エピとランスクリプトーム解析 / エピトランスクリプトーム解析 |
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| 研究成果の概要 |
重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。
2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率の分布を計算するRintWおよび最大塩基対制約で計算を高速化したRintCを開発して発表した。その際、フーリエ変換が数値誤差に与える影響を精度保証計算を用いて解析し、大きな確率は信頼できることを示した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
重要な修飾塩基であるイノシン、m6Aの未同定のエネルギーパラメタを熱測定実験と分子シミュレーションによって同定し、イノシン、m6Aを含むRNA分子の２次構造予測が可能となった。
RNAの塩基修飾はRNA２次構造変化をもたらし、他の分子との相互作用の変化はその機能を変化させる。我々の成果により、これまで不可能であったイノシン、m6A修飾の構造・相互作用へ影響の解析が可能となった。イノシンのエネルギーパラメータはmiRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルで検証された。
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